رهبر انقلاب اسلامی در این دیدار با گرامیداشت «روز جوان»، مهمترین ویژگی جهاد دانشگاهی را برخورداری از نیروی جوان و در عین حال متخصص و دارای تفکر جهادی برشمردند و گفتند: جهاد دانشگاهی، نهادی مهم است زیرا هم با دانشگاه به عنوان سنگر علم و مرکز پیشرفت علمی کشور مرتبط است و هم دارای تلاش جهادی است و در مقابل موانع و مزاحمت‌‌ها از حرکت نمی‌ایستد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر اینکه پرهیزگاری، نیت الهی و توکل به خداوند متعال، از لوازم تلاش و حرکت جهادی است، افزودند: چنین تفکر و روحیه‌ای در کارهای علمی، موجب عنایت پروردگار و باز شدن راه‌ها بسوی پیشرفت علمی خواهد شد.
ایشان در همین خصوص به شبهه‌ای اشاره کردند و گفتند: ممکن است برای برخی این سؤال پیش بیاید که اگر تقوای الهی زمینه ساز پیشرفت علمی است، پس چگونه برخی دانشمندان که تقوا نداشتند و حتی به خدا هم معتقد نبودند، توانسته‌اند به پیشرفتهای علمی دست پیدا کنند.؟
رهبر انقلاب اسلامی برای پاسخ به این سؤال، به وعده الهی در قرآن کریم مبنی بر اینکه هر فردِ برخوردار از تلاش و پشتکار، به محصول و هدف مورد نظر در مسیر حرکت خود، خواهد رسید، اشاره کردند و افزودند: اما میان کیفیت محصول و پیشرفتی که در چارچوب تلاش با جهت گیری الهی و حرکت در مسیر غیرخدایی به دست می‌آیند، تفاوت اساسی وجود دارد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در تبیین این تفاوت گفتند: امروز با وجود پیشرفت‌های گسترده علمی در عرصه‌های مختلف، خطرات، ضررها، انحطاط‌‌ها و قدرت‌طلبی‌هایی نیز برای بشریت بوجود آمده و این آفات انسان‌ها را دچار رنج ‌ها و گرفتاریهای فراوانی کرده است.
ایشان خاطرنشان کردند: اگر تلاش‌‌ها و حرکت‌های علمی در چارچوب جهت‌گیری‌ها و تقوای الهی باشند، قطعاً نتایج و محصولات آنها، از ضرر‌ها و فجایع به دور و برای بشریت نافع خواهند بود.
رهبر انقلاب اسلامی افزودند: با چنین دیدگاهی می‌توان نتیجه گرفت که دستاوردهای علمی مجموعه دانشگاهی و تحقیقاتی کشور در 35 سال گذشته، قطعاً از دستاوردهای 35 سال بدون شرایط و روحیه جهادی، بیشتر و با کیفیت‌تر است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خاطرنشان کردند: بر همین اساس اگر این حرکت علمی 150 سال دیگر نیز ادامه یابد، پیشرفت‌ها و دستاوردهای ملت ایران، به مراتب بیشتر از حرکت علمی کشوری همانند آمریکا،  در 150 سال گذشته خواهد بود.
ایشان با اشاره به فاصله روز افزون علمی دنیای غرب با کشورهای شرقی و آسیایی، تأکید کردند: پُر کردن این شکاف و فاصله علمی، نیازمند حرکت جهادی است.
رهبر انقلاب اسلامی نیت خالص، ارتباط با خداوند، خشوع در مقابل پروردگار و زاویه پیدا نکردن با اهداف الهی را از پایه‌های اصلی حرکت و مدیریت جهادی برشمردند و افزودند: اگر این روحیه بوجود آمد، خداوند در همه میدان‌ها اعم از مدیریت کشور و مدیریت علمی، سیاسی، اجتماعی و تعاملات جهانی کمک خواهد کرد و راه‌ها را برروی بندگان خود خواهد گشود.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، تقویت روحیه خود باوری و «ما می‌توانیم» را از ضروریات حرکت جهادی دانستند و گفتند: متأسفانه در سالهای متمادی تلاش شد تا به ایرانی تلقین شود که«نمی تواند» اما بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، امام بزرگوار(ره)، روحیه «ما می‌توانیم» را وارد  فرهنگ و ادبیات سیاسی و انقلابی کشور کرد و نتیجه آن اکنون، بصورت بروز توانایی‌های ملت ایران، در عرصه‌های گوناگون، قابل مشاهده است.
ایشان خاطرنشان کردند: با وجود تزریق روحیه خودباوری در سالهای بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، اما همچنان ریشه فرهنگ غلط «مانمی‌توانیم» قلع و قمع نشده است و متأسفانه هنوز عده‌ای در زمینه‌های مختلف، نگاه به بیگانگان و پیشرفتهای علمی، سیاسی، نظامی و مادی آن‌ها دارند.
رهبر انقلاب اسلامی در همین خصوص یک نکته را متذکر شدند و گفتند: «ما می‌توانیم»، به معنای اِبا داشتن از فراگیری علم و دانش از دیگران و صاحبان پیشرفتهای علمی نیست اما آنچه که باید توجه کرد، آموختن دانش است و نه، گرفتن دانش به همراه ارزش‌ها و جهت گیریهای غلط آنها.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای تأکید کردند: در موضوع حرکت و پیشرفت علمی، آنچه که باید به عنوان هدف مد نظر قرار گیرد، افزودن بر دانش جهانی و تولید فرآورده‌های جدید دانش بشری است.
ایشان گفتند: امروز ما به واسطه پیشرفتهای علمی کشور، می‌توانیم برخی از پیچیده‌ترین و پیشرفته ترین فناوریهای دنیا را بسازیم که مایه افتخار است اما این پیشرفت‌ها قبلاً بوسیله دانشمندان دیگر کشور‌ها به دست آمده، بنابراین باید به دنبال تولید محصولات جدید علمی باشیم که دانش بشری تاکنون نتوانسته است آن‌ها را به دست آورد و دارای آثار مخربی هم برای بشریت نباشند.
رهبر انقلاب اسلامی در همین خصوص به دانش هسته‌ای به عنوان یکی از پیشرفتهای مهم و پیچیده علمی بشریت اشاره کردند و افزودند: این دانش، با وجود اهمیت بالایی که دارد اما زمینه ساز تولید سلاح مخرب اتمی شده که صددرصد بر ضد بشریت است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خاطرنشان کردند: ما باید در مسیر پیشرفت علمی خود بدنبال کشف ناشناخته‌های علمی باشیم که زندگی انسان‌ها را متناسب با ارزشهای انسانی، ارتقاء دهد و در عین‌حال آثار مخربی برای بشریت نداشته باشد.
ایشان در ادامه سخنان خود به شکل گیری جهاددانشگاهی براساس تفکر انقلابی اشاره کردند و گفتند: باید جهت گیری و مسیر انقلابی جهاد دانشگاهی حفظ شود و نباید گذاشت این مرکز مهم علمی گرفتار آسیب‌های ناشی از پیچ و خم‌های سیاسی و «چپ روی ها» و «راست روی های» غلطِ عرصه سیاسی شود.
رهبر انقلاب اسلامی یکی از آسیب‌های فراز و فرودهای محیط‌های سیاسی را دگردیسی برخی افراد دانستند و افزودند: افرادی که روزی با انگیزه‌های تند انقلابی حرکت می‌کردند، اکنون دیدگاههای آن‌ها 180 درجه تغییر کرده و حتی بیّنات انقلاب اسلامی برای آن‌ها نامفهوم است. باید مراقب بود، این خصوصیات به مجموعه جهاد دانشگاهی راه پیدا نکند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، مسئولان جهاد دانشگاهی را به استفاده از جوانان انقلابی و تقویت و تثبیت عناصر جوان انقلابی در دانشگاه‌ها از طریق حرکت علمی توصیه و خاطرنشان کردند: یک نمونه از عناصر مؤمن، انقلابی و تأثیرگذار در حرکت علمی کشور، مرحوم دکتر کاظمی است که با ایمان و اخلاص خود، توفیقات زیادی را در مؤسسه رویان به دست آورد و دانشمندان برجسته‌ای را نیز تربیت کرد.
ایشان تأکید کردند: یکی از مهمترین کارها، در جهاد دانشگاهی تربیت شخصیت‌های مؤمن و برجسته علمی، با جهت گیریهای انقلابی و دلبسته به آرمانهای انقلاب، است.
رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر لزوم تدوین چشم انداز میان مدت و بلندمدت جهاد دانشگاهی در چارچوب جایگاه و وظایف این مجموعه در نقشه جامع علمی کشور، افزودند: مسئولان جهاد دانشگاهی باید با یک کار علمی و دانش بنیان، تعریف صحیحی از نحوه تعامل با دستگاههای مختلف و مدیریت این تعامل ارائه دهند تا براساس یک هدف گذاری دقیق بتوانند خانه‌های مربوط به خود را در جدول بزرگ نقشه علمی کشور، به درستی پُر کنند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پایان تأکید کردند: جهاد دانشگاهی باید با پرهیز از کارهای جزئی، به سراغ کارهای اساسی و عمیق‌تر برود.
در ابتدای این دیدار آقای دکتر طیبی رئیس جهاد دانشگاهی در گزارشی با تشریح اهداف، چشم‌انداز و برنامه‌های جهاد دانشگاهی گفت: پشتوانه معنوی، دینی و سرمایه انسانی و نیروهای جهادی ما را بر آن داشته تا با روحیه و عزمی راسخ از گفتمان انقلاب اسلامی صیانت کنیم و مجاهدت انقلابی را با محیط دانشگاهی پیوند بزنیم.
وی باور به ظرفیت‌‌ها و توانمندی‌های داخلی، تقویت خلاقیت و نوآوری همراه با حفظ مولفه‌های بومی، طراحی ساختارهای علمی- تحقیقاتی، ایجاد فضای عمل برای دانشجویان، ساخت و طراحی تجهیزات و سیستم‌های صنعتی، دستیابی به دانش سلول‌های بنیادی، تقویت روحیه خودباوری و اعتماد به نفس در محققان، تدوین برنامه پنجم جهاد دانشگاهی متناسب با اقتصاد مقاومتی و تاسیس شرکت‌های دانش بنیان را از مهمترین رویکرد‌ها و برنامه‌های جهاددانشگاهی خواند و برای ایفای نقش‌های جدید ملی از سوی این نهاد انقلابی اعلام آمادگی کرد.