سازماندهی سازمان کوک در پوششِ مأموریتِ سازمانی سپهبد کیا در مرزبانی صورت می‌گرفت تا محملِ مناسبی برای اقداماتِ بعدی باشد؛ از این رو، در این موقع بخشنامه‌ای به شرح ذیل صادر نمود:
«بخشنامه. به طوری که از مقامات مسئول اطلاع می‌رسد، عناصری در مناطق مرزی مشغول فعالیت برعلیه کشور گردیده و اغلب با ارتباطاتی که به وسیله اشخاص بومی فراهم می‌کنند، ممکن است خسارات فراوانی به امنیت کشور وارد آورند. قدغن نمایید با تمام قوا در کشف این قبیل عناصر کوشش نموده و چنانچه مأمورینی که به همین منظور از مرکز اعزام شده‌اند به آن مرزبانی مراجعه و تقاضای کمک نمودند، نهایت تسهیل و همکاری را فراهم نمایید. همان‌طوری که قبلاً نیز دستور داده شده، مأمورین اعزامی از طرف مقامات مرکزی، به وسیله اوراق مخصوص عکس‌دار خود را معرفی می‌نمایند، ولی چنانچه نخواستند اسم خود را ببرند، در صدد پرسش نباشید، چه این مأمورین مجاز نیستند حتی به امور مرزبانی اسم خود را بدهند. رئیس امور مرزبانی. سرهنگ ستاد علی کیا»
و پس از آن، در بخشنامه‌ی دیگری با مهر «بکلی سرّی» به تاریخ هشتم خرداد ماه سال 1331ش، تشکیل گروه‌های پارتیزانی با نام «سازمان کوک» در دستور کار قرار گرفت:
«به فرمان شاهنشاه ایران محمدرضا شاه پهلوی
وقتی مصلحت خدایی اقتضاء کند که قسمتی از خاک ایران میهن عزیز ما به طور موقت در تصرف اجنبی درآید، فرد فرد ایرانیان ساکن منطقه اشغالی از مرد و زن، پیر و جوان، به هر سن و در هر حرفه باشند، وظیفه ادامه دفاع از میهن عزیز را با هر وسیله که در دسترس دارند، عهده‌دار خواهند بود.
برای آنکه مجاهدات و فداکاری‌های افراد میهن‌پرست ساکن مناطق اشغالی تحت تعلیمات خاصی با یکدیگر هماهنگی داشته و بتوانند از کمک و حمایت دولت قانونی خود برخوردار شوند، مقرر می‌گردد سازمان کوک طبق اصول زیرین تشکیل گردد.»
پیشینه‌ی سازمان کوک در سال 1336ش، به نقل از یکی از افسران ارشد ارتش، که به دربار شاهنشاهی نیز رفت و آمد داشته و نام وی ذکر نشده، به این شرح بیان شده است:
«سازمان کوک ... از مدت‌ها قبل وجود داشته، با این اختلاف که در گذشته، رکن دوم پادگان‌ها در نقاط مختلف کشور فقط مأمور کسب اخبار و اطلاعات بودند، ولی در زمان دکتر مصدق، عده‌ای از افسران بازنشسته که با مشارالیه اختلاف نظر و عداوت داشتند، با رکن دو در تهران و شهرستان‌ها به همکاری پرداخته و برای سقوط دولت مصدق، ضمن رابطه با افراد سویل، تشکیلات منظمی به وجود آوردند.
پس از 28 مرداد و سقوط دولت مصدق، رکن 2 ستاد ارتش[که] از وجود افسران بازنشسته و افراد سویل وابسته به آنان، حداکثر استفاده را نموده بود، تصمیم گرفت رابطه و همکاری آنان را با رکن 2 حفظ نماید؛ روی این اصل، برای تعمیم و توسعه این تشکیلات در زمان عادی، به رکن دوم پادگان‌ها دستور داد که کماکان با افسران بازنشسته ارتش و افراد سویل رابطه برقرار نمایند. پس از 28 مرداد نیز، سرلشگر کیا شخصاً رهبری این تشکیلات را به عهده گرفته، افسران بازنشسته یا افسرانی که بازنشسته خواهند شد، قبلاً از محل و حوزه عملیاتی خود مطلع و سپس با اخذ دستورات لازم به محل مأموریت عزیمت می‌نماید.»
سازمان کوک در کودتای 28 مرداد 1332
برکناری سپهبد حاجعلی کیا از ریاست مرزبانی کشور در دوران نخست‎وزیری دکتر محمد مصدق، که به علتِ گزارش‌هایِ فراوان مبنی بر سوءاستفاده‌های او صورت گرفت، موجب خرسندی افرادی گردید که مورد ظلم و ستم او در مناطق شمالی کشور واقع شده بودند:
«از اینکه سرتیپ کیا خائن همکار رزم‌آرا جاسوس که مرتب مشغول توطئه بر ضد آزادی و استقلال کشور بوده و به سیره گذشته همواره سعی داشت وسیله نوکران خود سراسر محال تنکابن، کجور و کلارستاق را متشنج سازد از صحنه ارتش برکنار شد. ما به نمایندگی ده‌ها هزار نفر مردم کالج2 بخش کجور با ابراز تشکر از آن جناب این اقدام خیرخواهانه و خداپسندانه را تأیید نموده استدعای جدی داریم دست‌نشاندگان این عنصر خائن را شدیداً تحت تعقیب قانونی قرار دهند.»
باوجود این برکناری، ارتباط تنگاتنگ سپهبد کیا با دربار و شخصِ محمدرضا پهلوی در این زمان ادامه یافت تا با ایجاد و سازماندهی «سازمان کوک»، در جریانِ سرنگونی دولت مصدق، در ذیل دیگر گروه‌ها و تشکل‌هایی مانند: «شبکه بدامن» که تحت نظر انگلیسی‌ها و آمریکایی‌ها در این راستا فعالیت می‌نمودند، بخشی از عملیاتِ تخریبی در کودتا را عهده‌دار شود.
وی درخصوص بیانِ ایفایِ این نقش، البته با قدری بزرگنمایی، در نقل خاطرات خود می‌گوید:
«وقتی که شاه روز 28 مرداد برگشت، چون من یک سازمانی تشکیل داده بودم... به گوشش رسید که بیشتر کمک‌ها از طرف سازمان کوک شده ... بر ضد مصدق ... برای 28 مرداد ... سپهبد زاهدی وقتی روی کار آمد،
به او حکم داده بودند که نخست‌وزیر بشود، ولی رفت و قایم شد. و البته سازمان ما هم آن وقت به او کمک می‌کرد؛ حتی کمک مالی به او می‌کرد ... به طوری که وقتی شاه برگشت، همینطور دسته دسته از خارج، یعنی از ایالات و ولایات و اینها، رؤسای عشایر، نمی‌دانم اعیان، رجال، ملاکین فلان می‌آمدند، همه تشکر را از من داشتند به شاه که بعد شاه فرستاده بود پی من و خیلی به اصطلاح مورد لطف قرار دادند مرا که بعدها باعث شد گفت برو اداره دو را تشکیل بده.»
چهار سال پس از کودتای 28 مرداد، یکی از افسران ارشد ارتش که نام وی ذکر نگردیده، در این‌باره گفت:
«عده‌ای از افسران بازنشسته که با مشارالیه [دکتر مصدق] اختلاف‌نظر و عداوت داشتند، با رکن دو در تهران و شهرستان‌ها به همکاری پرداخته و برای سقوط دولت مصدق، ضمن رابطه با افراد سویل، تشکیلات منظمی به وجود آوردند.»