کنگره سراسری اعتماد ملی بالاخره  روز جمعه (6 مهر) در هتل المپیک تهران برگزار شد. نکته قابل تامل کنگره دو روز قبل اعتماد ملی این بود که برگزارکنندگان آن به منظور جلوگیری از رسانه‌ای شدن حواشی احتمالی، اجازه حضور خبرنگاران در سالن محل برگزاری را ندادند. پیش از این در ماه‌های گذشته درگیری میان دو طیف این حزب از مرحله لفظی فراتر رفت و به درگیری فیزیکی رسید.
نتایج  انتخابات شورای مرکزی اعتماد ملی که  به گفته مسئول اطلاع‌رسانی جدید حزب، قرار بود ساعت 6 بعدازظهر جمعه اعلام شود، با تاخیری چند ساعته در ساعات پایانی روز جمعه در خروجی سایت رسمی حزب اعتماد ملی قرار گرفت و اسامی 55 نفر به عنوان شورای مرکزی حزب اعتماد ملی معرفی شد.
ماجرای پرحاشیه انتخاب اعضای شورای مرکزی در حزب اعتماد ملی از چند ماه قبل آغاز شد و همین موضوع باعث شد اختلاف‌های شدید میان اعضای حزب علنی شود. آخرین کنگره عمومی‌ حزب اعتماد ملی یک دهه قبل برگزار شده بود تا اینکه در چهارم خرداد سال جاری این حزب اقدام به برگزاری مجمع عمومی کرد تا ضمن تطبیق اساسنامه حزب با قانون جدید احزاب، تکلیف اعضای شورای مرکزی را نیزمشخص کند.
چنانکه تسنیم گزارش داد؛ انتخابات مجلس دهم و نحوه تعامل حزب با شورای سیاست‌گذاری اصلاح‌طلبان بر سر بستن لیست امید سبب شد تا اختلاف‌های اعضای این حزب وارد مرحله تازه‌ای شود. دو طیف طرفداران حجت‌الاسلام منتجب‌نیا و طرفداران الیاس حضرتی که در متن این اختلافات قرار داشتند در بخش پایانی کنگره چهارم خرداد، بر سر نحوه رأی‌گیری برای انتخاب اعضای جدید شورای مرکزی، ابتدا وارد درگیری لفظی و سپس فیزیکی با یکدیگر شدند که  ماحصل این درگیری‌ها نیمه‌کاره ماندن کنگره بدون هیچ مصوبه‌ای بود.
حواشی ایجادشده در کنگره چهارم خرداد به‌مرور زمان در دست فراموشی بود که ناگهان الیاس حضرتی در حاشیه مراسمی با اعلام اینکه به‌عنوان رئیس‌شورای اجرایی حزب، جلسه شورای مرکزی را برگزار کرده و در پایان این جلسه، اعضای شورا به قائم‌مقامی او رأی داده‌اند، اختلافات درون حزبی را وارد مرحله‌ جدیدی کرد.
خبر قائم‌مقامی حضرتی با واکنش تند حامیان منتجب نیا روبرو شد. آنها با غیرقانونی خواندن جلسه انتخاب الیاس حضرتی به عنوان قائم‌مقامی، وی را به انجام کودتا در حزب متهم کردند. علاوه‌بر آن  منتجب‌نیا  که تا آن زمان قائم‌مقام حزب معرفی می‌شد، طی بیانیه‌ای در واکنش به این ادعا، خطاب به تمامی دفاتر و شاخه‌های  حزب در سراسر کشور  اعلام کرد  تا زمانی که انتخابات شورای مرکزی جدید انجام نشود، هیچ یک از مصوبات شورای مرکزی وجاهت قانونی ندارد. همچنین حامیان منتجب نیا با پیگیری‌های خود،  دستور توقف کلیه اقدامات حضرتی در حزب اعتمادملی را از دستگاه قضایی اخذ کردند. البته با تلاش‌های روزهای بعد حضرتی، حکم قضایی علیه او موقتا به حالت تعلیق درآمد.
بهرام سرمست رئیس‌کمیسیون ماده 10 احزاب پس از سکوتی طولانی در نشست خبری 5 شهریور، با بیان اینکه در جریان برگزاری کنگره اعتماد ملی بویژه در بخش انتخابات شورای مرکزی تخلفاتی صورت گرفته، اعلام کرد که انتخابات شورای مرکزی این حزب باید در چارچوب کنگره‌ای دیگر مجددا برگزار شود.
پس از این خبر، منتجب‌نیا در بیانیه‌ای  خطاب به دفاتر و شاخه‌های اعتماد ملی اعلام کرد که به عنوان قائم‌مقام قانونی حزب، کنگره آتی اعتماد ملی را برگزاری می‌کند. حامیان حضرتی نیز با اسنتاد به نامه‌‌ای منتسب به کروبی که در آن مسئولیت برگزاری کنگره آتی حزب را به حضرتی واگذار کرده بود، عملا منتجب نیا را از دایره نقش‌آفرینی در حزب خارج کردند. در همین راستا و در آستانه برگزاری کنگره سراسری ششم مهر ماه، رئیس‌کمیته تشکیلات حزب اعتماد ملی در گفت‌وگو با تسنیم گفت که 110 نفر از اعضای حزب در سراسر کشور طی بیانیه‌ای اعلام کرده‌اند که  به‌دلیل آنچه انحصارطلبی شاخه الیاس حضرتی در این حزب نامیده‌اند، از عضویت اعتماد ملی استعفا دادند و کنگره سراسری این حزب با استعفای گسترده اعضای آن جمعه به ترتیبی که در ابتدای این گزارش گفته شد برگزار گردید.