متن حکم رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای شیخ مصطفی رستمی دامت توفیقاته
اکنون که پس از یک دوره فعالیت ارزشمند و پرثمر، جناب حجت‌الاسلام آقای محمدیان از ریاست نهاد نمایندگی در دانشگاه‌ها کناره‌گیری کرده‌اند، ضمن تقدیر و تشکر فراوان از تلاش دلسوزانه و سلوک مهربانانه‌ ایشان، جنابعالی را که از فضلای جوان و پرانگیزه و آشنا و مرتبط با محیط دانشگاه می‌باشید، به پیشنهاد شورای نهاد، به ریاست نهاد مزبور منصوب می‌کنم.
دانشگاه مهم‌ترین مرکز تولید و گسترش و افزایش دانش و دانشمند است و همت و تعهّد و تلاش مبارک استادان و مدیران این مرکز حساس، ترسیم‌کننده‌ چشم‌انداز آینده‌ کشور و رقم‌زننده‌ سرنوشت ملت است. حضور علمای دین و فضلای روشن بین حوزه‌های علوم دینی در کنار استاد و دانشجو و مدیر دانشگاهی، باید بتواند – به توفیق و هدایت الهی – خروجی مطلوب این تلاش مبارک و تعهّد اخلاقی را تضمین کند و دانشگاه را پرورشگاه انسان‌های بزرگ و مدیران کارآمد آینده کشور و دانش آموختگان صالح و فرزانه و پُرکار و پُرنشاط سازد. انشاءالله.
لازم است مجموعه‌های مرتبط از جمله شورای عالی انقلاب فرهنگی و وزارت‌های علوم و بهداشت و مدیران مؤسسات آموزش عالی حمایت و همکاری لازم را با این نهاد معمول دارند.
توفیق همگان را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۲ شهریور ۱۳۹۷