جمعی از اساتید و اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها در واکنش به اظهارات وزیر علوم مبنی براینکه بازدید آژانس از دانشگاه‌ها طبق تصمیم شورای عالی امنیت ملی بوده، طی نامه‌ای به علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی نوشتند: ادعای وزیر علوم بعد از مدتها انکار و متوجه کردن تهمت به سمت شما و عدم تکذیب حضرتعالی نگرانی جامعه اساتید را بیش از پیش نموده، ما انتظار داشتیم که حتی با فرض فشار شدید بین‌المللی برای بازرسی مراکز علمی و تحقیقاتی حضرتعالی به حمایت از ما اساتید برخواسته و هرگز اجازه این توهین به جامعه علمی را به دشمن ندهید، همچنین اساتید انقلابی از شما انتظار دارند این روند ایجاد شده در بازرسی از نوامیس علمی این کشور را متوقف ساخته و پاسخ شفاف در این رابطه به آنها و مردم بدهید.
در بخش دیگری از این نامه آمده است: چند روزی است که خبر بازدید بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی از دانشگاه‌های کشور به شدت اساتید انقلابی و متعهد کشور را نگران کرده است و متاسفانه علیرغم اعتراضات و انتقادات صورت گرفته دانشگاهیان و چهره‌های دلسوز انقلاب تا به امروز پاسخ شفافی به این اتفاقات داده نشده است.
در بخشی از این نامه تاکید شده است: اساتید انقلابی دانشگاه جنابعالی را از مسئولان متعهد و انقلابی می‌دانند که همواره در راستای حفظ ارزش‌های انقلاب و دفاع از میهن اسلامی‌مان تلاش کرده و از جان مایه گذاشته‌اید، اما اخیرا وزیر علوم طی اظهاراتی بعد از تکذیب و در نهایت تائید خبر بازدید بازرسان آژانس از دانشگاه‌های کشور اعلام کردند که این بازرسی‌ها بدون اطلاع وی بوده و اجازه بازرسی از جانب شورای عالی امنیت داده شده است!... اما به راستی این کدامین مسئله امنیتی است که با ورود جاسوسان بین‌المللی به اتاق کار و مراکز تحقیقاتی و آزمایشگاه‌های پژوهشی اساتید، حل می‌شود؟
به گزارش فارس، در بخش دیگری از این نامه آمده است: حضرتعالی که همواره در خط ولایت گام برداشته‌اید به خوبی از این فرمایش مقام معظم رهبری مطلعید که فرمودند «اجازه هیچگونه بازرسی از هیچ یک از مراکز نظامی و همچنین گفت‌وگو با دانشمندان هسته‌ای و سایر رشته‌های حساس و اهانت به حریم آنها، داده نخواهد شد، من اجازه نخواهم داد که بیگانگان بیایند و با دانشمندان و فرزندان عزیز و برجسته این ملت صحبت و از آنان بازجویی کنند» پس چگونه است که عده‌ای از جاسوسان و بیگانگان برای بازرسی از دانشگاه ‌ها قد علم کرده‌اند و در مقابل آنها سکوت می‌شود؟
در بخشی از این نامه تاکید شده است: حضرتعالی مدتها عهده‌دار مسئولیت وزارت دفاع بودید و می‌دانید که بسیاری از پروژه‌های وزارت دفاع در همین دانشگاه‌ها و توسط همین اساتید به سرانجام رسیده است لذا اتاق کار و مرکز تحقیقات اساتید دانشگاه‌ها جزو ناموس این ملت بزرگ به شمار می‌آیند، که قلب تپنده توسعه علمی در همین اتاق‌های ساده و به ظاهر بی‌زرق و برق می‌تپد.
در بخش‌های پایانی این نامه آمده است: با عنایت به این مطلب اساتید انقلابی دانشگاه از شما انتظار دارند این روند ایجاد شده در بازرسی از نوامیس علمی این کشور را متوقف ساخته و پاسخ شفاف در این رابطه به آنها و مردم بدهید.
گفتنی است علیرغم اینکه وزیر علوم در روزهای گذشته مدعی شده بود که هیچ بازدیدی از دانشگاه‌های کشور توسط آژانس صورت نگرفته، وی با گذشت کمتر از 24 ساعت از این موضع گیری، با چرخش ۱۸۰ درجه‌ای گفت که این امر براساس تصمیم شورای عالی امنیت ملی بوده و همه باید تبعیت کنند!
اقدام مغایر با منافع ملی حضور بازرسان آژانس در دانشگاه‌های کشور با واکنش گسترده اساتید و تشکل‌های دانشجویی مواجه شده است.