طی روزهای اخیر و با بی‌ثباتی قیمت ارز و طلا مطالبی درباره استعفای مشاور اقتصادی رئیس‌جمهور در فضای مجازی منتشر
 شده است.
دوشنبه شب محسن جلال‌پور رئیس سابق اتاق بازرگانی در توئیترش مدعی شد که مسعود نیلی 10 ماه است که از سمت خود استعفا داده و در جلسات دولتی شرکت نمی‌کند.
جلال‌پور نوشت: «به واسطه یکی از دوستان دولت باخبر شدم دکتر مسعود نیلی بیش از ١٠ ماه است که استعفا کرده‌ و از ابتدای امسال در هیچ نشست دولتی شرکت نکرده‌‌است. درچند هفته گذشته بارها می‌خواستم نظرشان را درباره سیاست‌گذاری‌های ارزی بدانم. امروز بدون آن‌که با ایشان تماس بگیرم پاسخم را یافتم».
پس از مطرح شدن این شایعه از سوی این عضو سابق اتاق بازرگانی، بسیاری از کاربران فضای مجازی و کانال‌های تلگرامی نیز این مطلب را باز نشر دادند.
اما تصاویری از جلسات اقتصادی دولت وجود دارد که نشان می‌دهد مسعود نیلی در این جلسات- از جمله در جلسه ۲۳ فروردین ماه-  حضور دارد. تصویر زیر حضور نیلی را نشان می‌دهد.
۲۷ فروردین ماه هم جلسه بررسی مسائل اقتصادی کشور با حضور اسحاق جهانگیری معاون اول رئیس‌جمهوری در مقر ریاست جمهوری برگزار شد که نیلی در تصاویر آن جلسه دیده می‌شود.
حتی مسعود نیلی به عنوان یکی از سخنرانان بیست‌وهشتمین همایش سالانه سیاست‌های پولی و ارزی در این مراسم حضور پیدا کرده و سخنرانی داشته است.
به نظر می‌رسد با توجه به نتایج مخرب سیاستهای پیشنهادی مسعود نیلی برای اقتصاد ایران، وی همانند اوایل دهه هفتاد مجددا از صحنه اصلی مدیریت اقتصادی رانده شده تا پس از  مساعد شدن وضعیت اقتصادی، مجددا به عرصه سیاست‌گذاری کشور بازگردد.
گفتنی است مسعود نیلی دستیار ویژه حسن روحانی در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی دولت، فروردین امسال در مقاله‌ای گران شدن ارز را تئوریزه کرده و راه را برای افزایش قیمت دلار
 هموار کرد.
مسعود نیلی همچنین از مهرماه سال ۱۳۹۲ با حکم محمد نهاوندیان رئیس دفتر روحانی، ریاست موسسه عالی آموزش و پژوهش مدیریت و برنامه‌ریزی را بر عهده داشته است؛ موسسه‌ای که بودجه اختصاص یافته به آن در لایحه بودجه امسال خبرساز شده بود.
در شرایطی که دولت در لایحه بودجه 97 و در اقدامی سوال‌برانگیز، برای 293 طرح مطالعاتی و اجرائی تنها 20 میلیارد تومان پیش‌بینی کرده بود، برای اداره موسسه تحت نظر نیلی، 33 میلیارد تومان در نظر گرفته بود!