انتخاب موضوعات در درس‌های خارج، نشان دهنده دغدغه عمیقی است که رهبر انقلاب نسبت به شرعی و فقهی بودن کامل اداره امور کشور دارند. مثلاً بحث جهاد از آن بحث‌هایی نیست که خیلی تفصیل یافته باشد. متأسفانه فقهای شیعه هیچگاه متصدی امور سیاسی- اجتماعی نبودند و لذا طبیعتاً به مواردی مثل جهاد که جنبه‌های سیاسی- اجتماعی دارد، کمتر توجه شده است.
رهبر انقلاب توجه ویژه‌ای به این موضوع داشتند. مثلاً یکی از مباحث مربوط به ولایت فقیه که در کتاب‌الجهاد هم آن را بحث می‌کنند، این است که آیا «جهاد ابتدایی» در زمان غیبت هم ممکن است؟ یعنی آیا جهاد ابتدایی مشروط به حضور امام معصوم علیه‌السلام است یا نه؟ اینکه هر فقیه عادلی می‌تواند این کار را انجام دهد، مخالفینی دارد. حتی امام رحمهًْ‌الله که به ولایت مطلقه قائل بودند و در «کتاب البیع» و «تحریرالوسیله» تصریح کرده‌اند که ولی فقیه از تمام اختیارات حکومتی امام معصوم علیه‌السلام برخوردار است (مگر مواردی که استثناء شده باشد و دلیلی بر استثناء آن وجود داشته باشد) در کتاب تحریرالوسیله می‌فرمایند که یکی از موارد استثناء، جهاد ابتدایی است و در این، تأمل وجود دارد که فقیه در زمان غیبت بتواند «جهاد ابتدایی» بکند. از طرفی فقیه برجسته‌ای مثل مرحوم صاحب جواهر با جواز «جهاد ابتدایی» در زمان غیبت مخالف بوده و یکی از استدلال‌های مهم ایشان عدم امکان وقوع این مسئله است. یعنی اصلاً چنین چیزی واقع نخواهد شد که فقیهی در زمان غیبت لشکر یا سلاح و تجهیزاتی داشته باشد و امکان جنگ و فرماندهی برای او پدید بیاید! اما به یاد دارم که رهبر انقلاب در همین درس خارج، این احتمال را رد کردند و با دلایلی اثبات کردند که جهاد ابتدایی در زمان غیبت و توسط فقیه عادل و با کفایت ممکن است و این را نظر اقوی دانستند.
(خاطراتی از جلسات درس خارج رهبر انقلاب به روایت دکتر محسن اسماعیلی، به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای).