در واقع دانشگاهی که حضرت امام جعفر صادق (علیه السلام) بنیادگذاردند، نخستین الگوی دانشگاه و حوزه علمیه اسلامی بود که در آن دین و مذهب و دانش الهی و قرآنی به طور تنگاتنگی با علوم دیگر اعم از علوم انسانی و علوم تجربی در هم آمیخته بود و فارغ‌التحصیلان این دانشگاه بیش و پیش از هرگونه تخصصی، در علوم قرآنی و دینی، عالم و دانشمند بودند. فی المثل ابوعلی سینا اگر در طب استاد بود اما پیش از آن در فلسفه و حکمت اسلامی، علامه بود و از همین روی به وی «حکیم» اطلاق می‌شد و از همه مهمتر، هدایت و رهبری این دانشگاه را فقیهان و عالمان اسلامی برعهده داشتند که با مقام امامت و ولایت پیوند می‌خوردند.
دراین دانشگاه اسلامی نه تنها دوستداران اهل بیت بلکه حتی مخالفان حضرت مانند ابوحنیفه تحصیل می‌کردند و انواع و اقسام علوم اعم از قرآن و سنت و فقه و تاریخ و اصول، عقیده و کلام و فلسفه و ستاره شناسی، پزشکی و جانور شناسی و گیاه شناسی و شیمی و فیزیک و...تدریس می‌شد.
استاد شهید مطهری در کتاب «خدمات متقابل اسلام و ایران» درباره جامعیت دانشمندان اسلامی در دوران تمدن اسلامی می‌نویسد:
... در دوره بعد از دوره ترجمه، تا قرن ششم و هفتم، (و تا اندازه‌ای در دوره ترجمه) اکثریت قریب به اتفاق فلاسفه، ضمن اینکه فیلسوفند، در فن پزشکی مهارت دارند. همچنانکه بوعلی هم فیلسوف است و هم پزشک، در بسیاری از آنها پزشکی بر فلسفه غلبه دارد. این دوره... دوره (فیلسوف پزشکی) است...
مثلا ابو الفرج بن الطیب که معاصر ابن سینا است از نظر پزشکی در مرتبه‌ای است که ابن سینا آن را می‌ستاید. ولی در فلسفه به هیچ وجه مورد توجه ابن سینا و غیر ابن سینا نبوده است. ابو البرکات بغدادی و حتی ابو الخیر حسن بن سوار، می‌توانند استثنایی از این جهت به شمار روند، زیرا ابو البرکات یک فیلسوف صاحب نظر یهودی بود و ابو الخیر یک فیلسوف مسیحی. ولی چنانکه می‌دانیم این دو نیز بر دین اولی باقی نماندند و هر دو آخر کار مسلمان شدند. این آمارها می‌تواند موضوع مطالعه جالبی از نظر جامعه شناسی باشد. که مثلا در طبقه (مترجمان فیلسوف و فیلسوفان مترجم) فیلسوفان صاحب نظر همه مسلمانند و یا در طبقه پزشکان فیلسوف و فیلسوفان پزشک، فیلسوفان صاحب نظر همه مسلمانند و غیر مسلمانان با اینکه پزشکان بسیار عالی قدر دارند، فیلسوف صاحب نظر ندارند. این، دلیل اینست که روح اسلامی با تعقلات فلسفی از سایر روح‌های حاکم بر مذاهب دیگر سازگارتر است.
الف)دانشمندان اسلامی از دیدگاه پدر تاریخ علم
«جرج سارتن» در کتاب وزین و معتبر خود،«مقدمه‌ای بر تاریخ علم»، علاوه بر اینکه جزء جزء تاریخ علم را از 10 قرن پیش از میلاد مسیح تا 14 قرن پس از آن می‌کاود و نشانه‌های آن در هر گوشه‌ای از این کره خاکی را بیرون کشیده و بر صفحه کاغذ می‌نگارد، اعصار و قرون مختلف را به نام دانشمندانی که در هر قرن و عصر موثرتر از دیگران بودند، نامگذاری کرده و در این نامگذاری‌ها از قرن هشتم میلادی به بعد(که تمدن اسلامی در جهان معاصرش گسترش می‌یابد) تمامی قرون و اعصار را به نام دانشمندان اسلامی نام نهاده است ؛ همچون عصر جابر بن حیان، عصر زکریای رازی ، عصر بیرونی، عصر ابوالوفا بوزجانی ، عصرمسعودی ، عصر قطب الدین شیرازی و...
در همین مسیر، سارتن نیمه دوم قرن هشتم میلادی را به نام عصر جابر بن حیان نامیده و وی را بزرگترین کیمیاگر عربی قرون وسطی، کاشف «نظریه تشکیل فلزات در زمین»، نظریه موسوم به «فلزات گوگردی و جیوه‌ای برای تهیه اجسام مختلف» معرفی کرده است.
علمای مسلمان؛ معیار و ملاک تمدن
جرج سارتن در مورد نیمه اول قرن نهم که به نام «عصر خوارزمی» نامیده ، ضمن اینکه وی را ریاضی دان، منجم و جغرافی دان مسلمان خوانده، می‌نویسد:
«...سده نهم اساسا سده اسلامی بود...فعالیت علمای مسلمان بی‌نهایت والاتر بود. آنان در آن روزگار، معیار و ملاک تمدن بودند. فعالیت آنان تقریبا در هر زمینه‌ای برتر بود... با توجه به نیمه اول قرن و مردان ممتاز علم مانند کندی، بنو موسی، خوارزمی و فرغانی همگی مسلمان بودند...»
اختراعات بزرگ در بیت الحکمه بغداد
از مهمترین و تاثیر گذارترین دانشمندان سده‌های اولیه حضور تمدن اسلامی پسران «موسی بن شاکر» یا «بنو موسی» بودند که در یکی از نخستین دانشکده‌ها و مراکز آکادمیک اسلامی یعنی «بیت الحکمه بغداد» فعالیت علمی داشتند.
پروفسور زیگرید هونکه (مورخ، پژوهشگر و نویسنده کتاب «خورشید الله برفراز مغرب زمین») می‌گوید:
«... پسران موسی بن شاکر از استاد سالخورده شان یحیی بن منصور جدا شده و نیز رصدخانه بغداد را ترک کردند. محمد بن موسی که بزرگترین آنانست دارای شخصیتی بسیار مستقل و مردی ظریف الطبع بود... به هرحال در نزدیکی دجله، به نام «باب التاج» صاحب رصدخانه خصوصی می‌شوند. در اینجاست که محمد بن موسی تمام همّ خودش را صرف مشاهدات و محاسبه علمی ستارگان می‌کند. یکی از هموطنانش تصدیق می‌کند که این مرد در اینجا جوهر عقلش را به کار می‌اندازد و صاحب پشتکار است. او در اینجا کتاب‌هایی درباره نجوم علمی می‌نویسد. اولین اثر بسیار ضروری درباره نجوم علمی به زبان عربی درباره مسائل کلی افلاک و با همکاری دو برادر دیگر، کتابی درباره اندازه گیری سطوح مسطح و مدور می‌نویسد که بعدها بوسیله «گرهاردفون کرمونا» به زبان لاتین ترجمه و قبل از رنسانس در اروپا به نام کتاب «سه برادران» معروف می‌شود. ولی محمد بن موسی فقط یک منجم و ریاضی دان با پشتکار نیست بلکه او در کار فلسفه نیز هست، به خصوص منطق و اثری می‌نویسد درباره علت وجودی جهان. او به هواشناسی توجه می‌کند و مشاهداتی درباره اتمسفر و همچنین علاقه فراوانی به دستگاههای مکانیکی دارد...»
بزرگترین پزشک بالینی
سارتن نیمه دوم قرن نهم میلادی را به نام محمد بن زکریای رازی نامید و آن را «عصر رازی» خواند. او رازی را اینگونه معرفی می‌کند:
«ابوبکر محمد بن زکریای رازی، پزشک، فیزیک دان، کیمیاگر و بزرگترین پزشک بالینی»
محمد بن زکریای رازی و 230 جلد کتاب مهم
آنچه از رازی به جای مانده دارای عظمت است. نتایج یک عمر کار مجاهدانه و خستگی ناپذیر که خدیجه (خواهرش) به شمارش آنها می‌پردازد:
«... دویست و سی جلد کتاب مهم که عبارتند از شرح‌های علمی (مونوگرافی)، رسالات کوچک و کتاب‌هایی که تنها منحصر به علم پزشکی یا شیمیایی نیستند. تقریبا نیمی از آنها در مورد فلسفه، مذهب، ستاره شناسی، فیزیک، ریاضیات و غیره‌اند. مثلا جزو اینها کتابی است به نام «چرا مغناطیس آهن را جذب می‌کند» به ضمیمه رساله‌ای درباره «خلاء»، کتابی درباره شکل جهان با اثبات اینکه کره زمین دو نوع حرکت دارد (دارای دو محور حرکت است) و کره خورشید بزرگتر و کره ماه کوچکتر از کره زمین است، نقدی بر ادیان، دانش ازلیف رازی قائل بر پنج اصل ازلی موثر بر جهان می‌گردد، و کتابی که اخلاق بدون توجه به مذهب را اعلام  می‌کند و می‌آموزد و خواستار آن می‌شود که بشر به زندگی بله گفته و باید با شجاعت زندگی کند، به خاطر زندگی و بقاء آن و حفظ جامعه و بهبود آن، نه به خاطر وعده بهشت یا ترس از جهنم. باید هرکس صحیح و غلط یا خوب و بد اعمال خود را بشناسد و برحسب آن عمل کند. همچنین در میان آنها،کتاب‌های پخت و پز و کنسرو کردن مواد غذایی و شعر نیز یافت می‌شوند...»