وی در گفت‌وگو با ایسنا، از تأخیر روحانی در معرفی نامزد پیشنهادی برای وزارت علوم انتقاد کرد و مدعی شد: علت طولانی شدن معرفی وزیر علوم به روش آقای روحانی برمی‌گردد. ایشان می‌خواهد رضایت همه نهادها و دفتر رهبری را جلب کند و چنین چیزی ممکن نیست. در واقع حق مجلس ضایع می‌شود. تنها نهادی که باید نظر بدهد، مجلس است. رئیس‌جمهور باید گزینه پیشنهادی خود را معرفی کند و مجلس باید نظر بدهد.
وی افزود: الان در معرفی وزیر علوم آقای روحانی باید آن کسی را که خودشان اصلح می‌دانند، معرفی کنند و منتظر اعلام رضایت دیگران نباشند. همین سرپرست فعلی وزارت علوم آقای دکتر سید ضیاء هاشمی به نظرم مناسب است. چرا کار را معطل کرده‌اند؟ آقای احمدی‌نژاد در اینگونه موارد مستقل‌تر عمل می‌کرد و کمتر اجازه دخالت می‌داد.
درباره این اظهارات چند نکته شایسته یادآوری است. اولاً نامزد پیشنهادی رئیس‌جمهور برای وزارت علوم، در ساعات آخر منصرف شد و این انصراف هیچ ربطی به نهادهای دیگر نداشت. ثانیاً آقای روحانی یک بار به صراحت ادعای دروغی را که مطهری مجدداً مطرح می‌کند، رد و تکذیب کرده و با این وجود معلوم نیست کسی که درست یا غلط عنوان نایب رئیسی مجلس را یدک می‌کشد، اصرار دارد به شایعه‌پراکنی مسموم رسانه‌ها و محافل ضد انقلاب فریب بدهد؟ چه کسانی مطهری را تحریک به این فضاسازی مسموم می‌کنند؟!
ثالثاً مطهری در حالی از ضایع شدن حق مجلس سخن می‌گوید که در طول 4 سال گذشته اغلب در قواره وکیل‌الدوله عمل کرده و فاقد کمترین اراده و استقلال رأی بوده است. نمونه فاحش این قضیه، در تصویب 20 دقیقه‌ای برجام در مجلس است که مطهری در واکنش به اعتراض‌ها درباره این شتابزدگی مدعی شد 20 دقیقه هم برای بررسی و تصویب برجام زیاد بود«!» چنین شخصی چگونه می‌تواند از حق و حرمت مجلس سخن بگوید؟
رابعاً ستایش استقلال عمل آقای احمدی‌نژاد از سوی مطهری هم قابل تأمل است. علی مطهری اولین بار با اصرار احمدی‌نژاد و دولت وی، در فهرست اصولگرایان وارد مجلس شد. او در عین حال این اواخر به موضع مقابله به هر قیمت با احمدی‌نژاد و دولت وی افتاد و از همین مستقل عمل کردن احمدی‌نژاد شاکی بود؛ حالا معلوم نیست که چگونه همان روحیه مورد اعتراض مطهری، تبدیل به روحیه مورد تحسین شده است.
مطهری در بازی مشترک - و به ظاهر مقابله‌جویانه- با حلقه انحرافی، افتضاح و بی‌آبرویی دو طرفه استیضاح وزیر کار در زمستان 91 را پدید آوردند که این هم از حوادث عبرت‌آموز است. در آن قضیه نیز، طرف دعوا و منازعه مطهری احمدی‌نژاد و روحیه خاص او بود و وزیر وقت کار و رفاه دستمایه این دعوا شد.