گویانیوز با مرور سوابق این سازمان نوشت: هیچ گروه سیاسی و یا سازمان و حتی دولتی نمی‌تواند با آمریکا هماهنگ باشد، بدون آنکه با اسرائیل کار کند. بهترین نمونه آن تشکیلات خودگردان فلسطین به رهبری محمود عباس است. مجاهدین (منافقین) نیز از این قاعده کلی مستثنی نبودند، بخصوص چون دولت پرزیدنت بیل‌کلینتون در ماه جولای 1997 آنها را یک سازمان تروریستی اعلام نمود، که این تخصیص تا سپتامبر 2011 باقی ماند. بنا بر این مجاهدین تلاش داشتند تا با کار کردن با اسرائیل برای خود در واشنگتن حامی و لابی‌گر درست کنند.
اولین فرصت در سال 2002 بوجود آمد. آمریکا از طریق ماهواره آگاه شده بود که دو گودال عظیم در نزدیکی نطنز حفر شده بودند. دولت آمریکا آگاه بود که تأسیسات در حال ساخت احتمالاً برای برنامه هسته‌ای بودند، ولی قصد انتشار این اطلاعات را نداشت، چون آگاه بود که بر طبق پادمان، یا توافق ایمنی، با آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای، ایران هیچگونه تعهد قانونی برای اطلاع‌دادن به آژانس نداشت. تنها تعهد قانونی ایران در آن زمان این بود که دست کم 180 روز قبل از بردن مواد هسته‌ای به داخل تأسیسات وجود تأسیسات را به آژانس اطلاع دهد.
ولی مطابق معمول، اسرائیل نیز از کشف سازمان‌های جاسوسی آمریکا آگاه شده بود و برخلاف آمریکا مایل بود که آن اطلاعات هرچه زودتر فاش شود. دلیل آن روشن بود. در آن زمان تهدیدهای آمریکا علیه عراق در حال اوج‌گیری بود، ولی رهبران اسرائیل بارها  ادعا کردند که برنامه واقعی تولید سلاح کشتار جمعی در ایران است و می‌گفتند اگر قرار است به کشوری و یا تأسیساتی حمله شود، باید به ایران حمله نمود.
اسرائیل آن اطلاعات را در اختیار مجاهدین قرار داد و مجاهدین با برگزاری یک کنفرانس مطبوعاتی در 23 مرداد 1381 ] 14 اوت 2002‌[ ادعا کردند که تأسیسات در حال ساخت ایران را در نطنز و اراک «کشف» کرده‌اند، در حالی که مجاهدین کوچکترین نقشی در کشف آن نداشتند.
آقای سیمور هرش روزنامه‌نگار برجسته در کتاب خود، تأیید می‌کند که اسرائیل اطلاعات نطنز و اراک را در اختیار مجاهدین قرار داد. در مقاله‌ای که خانم کانی براک در 6 مارس 2006 در مجله معتبر نیویورکر منتشر کرد، نیز ذکر شده بود که اسرائیل اطلاعات هسته‌ای را در اختیار مجاهدین قرار داد.
در آن مقاله خانم براک به یک نکته مهم دیگر نیز اشاره می‌کند: اسرائیل به خوبی آگاه بود که مردم در ایران از مجاهدین متنفرند، و در خارج از ایران نیز به دلیل همکاری خود با رژیم صدام حسین، مجاهدین چهره بسیار منفی داشتند. به همین دلیل، اسرائیل اول با چند نفر از سلطنت‌طلبان شناخته شده ایران در آمریکا صحبت کرد تا آنها را متقاعد کند که آن اطلاعات را فاش کنند، ولی حتی سلطنت‌طلبان نیز این کار را خیانت به کشور ارزیابی کردند و تقاضای اسرائیل را رد کردند، چون به خوبی آگاه بودند که مردم واکنش بسیار منفی درباره آن خواهند داشت. در نتیجه اسرائیل مجبور شد که اطلاعات را در اختیار مجاهدین قرار دهد. سازمان بارها به اسرائیل در جوسازی‌های مشابه کمک کرد و دروغ‌های متعددی را در سال‌های 2010، 2013 و 2015 منتشر نمود. دروغ سال 2015 درباره کشف تاسیسات «لویزان 3» بود، که براساس ادعایی بود که سال‌ها قبل درباره تاسیسات لویزان شده بود. مقاله آقای جفری لوئیس، یکی از کارشناسان مهم هسته‌ای آمریکا، را در وبسایت فارین پالیسی بخوانید که چگونه این ادعا را مسخره کرده است.
سازمان همچنین ترور شخصیت‌های کلیدی برنامه هسته‌ای ایران را به نیابت از اسرائیل به انجام  رساند و مسعود علی‌محمدی، فریدون عباسی، مجید شهریاری، داریوش رضایی، مصطفی احمدی‌روشن را ترور کرد.
در تمامی مدتی که ترور دانشمندان و کارکنان هسته‌ای ایران در جریان بود، مجاهدین شرکت خود در آن ترورها را انکار می‌کردند. ولی، چند روز بعد از ترور مرحوم احمدی‌روشن در فوریه سال 2012، تلویزیون ان‌بی‌سی‌آمریکا گزارش داد که دو نفر از مقامات دولت پرزیدنت اوباما تائید نموده بودند که موساد اسرائیل اعضای مجاهدین را برای ترور دانشمندان هسته‌ای ایران آموزش داده بود.
آقای سیمور هرش، روزنامه‌نگار برجسته آمریکایی، در 5 آوریل سال 2012، دو ماه پس از گزارش تلویزیون ان‌بی‌سی، گزارش مفصلی در مجله معتبر نیویورکر منتشر کرد که در آن گزارش داد که یک ژنرال چهار ستاره‌ آمریکا که هم مشاور دولت آقای جورج بوش پسر و هم دولت آقای اوباما بود، گزارش تلویزیون ان‌بی‌سی را تائید نمود. آقای هرش همچنین گزارش داد که دولت آقای بوش و فرماندهی نیروهای ویژه آمریکا از سال 2005 تا سال 2008 گروهی از اعضای سازمان مجاهدین را در یک مجموعه در صحرای نوادا که توسط وزارت انرژی آمریکا اداره می‌شود، آموزش می‌دادند.
گویانیوز در پایان گزارش خود تائید می‌کند که سازمان با گروه تروریستی داعش و رژیم عربستان سعودی همکاری می‌کند.