پس از گذشت ۵ سال از تدوین آیین‌نامه اجرایی مواد ۵ و ۶ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، سامانه جامع تجارت هنوز هم مورد بهره‌برداری کامل قرار نگرفته و برخی از دستگاه‌های دولتی مانند گمرک به صورت عامدانه با این سامانه همکاری نمی‌کنند. به گزارش خبرگزاری دانشجو، قاچاق کالا همواره به عنوان یکی از موانع جدی تحقق جهش تولید مطرح بوده است. به همین خاطر، قانون‌گذار با تصویب قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز در سال 92، در صدد پیشگیری از ارتکاب قاچاق و شناسایی نظام‌مند آن از طریق راه‌اندازی سامانه‌های الکترونیکی برآمد و بنا بر این شد تا با تجمیع این اطلاعات و اتصال این سامانه‌ها به سامانه جامع تجارت، امکان مبارزه سیستمی با قاچاق کالا و ارز میسر شود. بنا بر اظهارات رئیس‌ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز چنانچه سامانه جامع تجارت به‌صورت کامل فعال شود، انقلابی در تجارت کشور رخ خواهد داد. اما در حال حاضر، با وجود گذشت سال‌ها از ابلاغ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز و همچنین راه‌اندازی بخش‌هایی از سامانه جامع تجارت، جای پرسش است که چرا این سامانه تاکنون به ظرفیت بهره‌برداری 100 درصدی خود نرسیده است؟
بر اساس مواد ۵ و ۶ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز مصوب سال ۱۳۹۲، دولت موظف شد، سامانه‌های الکترونیکی مورد نیاز جهت نظارت بر فرآیند واردات، صادرات، حمل، نگهداری و مبادله کالا و ارز را ایجاد و راه‌اندازی کند. در همین راستا، سامانه جامع تجارت ایران پس از تصویب آیین‌نامه اجرایی مواد ۵ و ۶ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز در سال ۱۳۹۵ آغاز به کار کرد.
۱۳ زیرسامانه در سامانه جامع تجارت تعریف شده است. با این وجود، بعد از گذشت 5 سال از عمر سامانه جامع تجارت، سایر زیرسامانه‌ها همچنان به دلیل عدم انجام تکالیف قانونی توسط سازمان‌های دولتی و خصوصی فعال نشده است و به نظر می‌رسد برخی از دستگاه‌های دولتی به صورت عامدانه حاضر به تبادل اطلاعات خود با سامانه جامع تجارت نیستند.
این در حالی است که روحانی، در اواخر مهرماه سال گذشته، از تاریخ 9/9/99 برای رونمایی از سامانه جامع تجارت سخن گفته بود اما دقیقاً در تاریخ 9 آذر‌ماه زمانی که سامانه جامع تجارت هنوز به صورت کامل قابل بهره‌برداری نبود، گفت: «برخی از انبارها متعلق به بخش خصوصی و نهادهای عمومی غیردولتی هستند. بنا بر تصمیم اتخاذ شده از سوی اعضای این جلسه قرار بر این شد که کلیه اقدامات لازم برای اتصال انبارها تا بهمن‌ماه و در دهه مبارک فجر انجام شود؛ بنابراین امیدواریم در 11 بهمن‌ماه 99 شاهد تکمیل این سامانه با الحاق همه انبارها به این سامانه باشیم.» اما با گذشت زمان، این وعده هم محقق نشد. به گفته مقامات مسئول در وزارت صمت و شورای فناوری اطلاعات، پیشرفت پروژه از نظر فنی کامل است، اما از نظر عملیاتی هیچ داده‌ مناسبی از طریق گمرک و بعضی دیگر از ارگان‌‌ها مانند مناطق آزاد به سامانه جامع تجارت ارسال نمی‌شود.