محمدرضا باهنر در مصاحبه با روزنامه اعتماد و درباره اینکه اصلاح‌طلبان و کسانی چون خاتمی خود را از نظام می‌دانند و می‌خواهند با حاکمیت همکاری کنند، گفت: نظام یک گردنه بسیار سنگینی را به نام فتنه 88 پشت سرگذاشته است. درباره فتنه 88 هم برخی تصورشان این است که به هر حال گذشته و تمام شده نه، ما این را قبول نداریم فتنه از نظر ما یک زخم کاری بود و این زخم تا جبران شدنش و تا ترمیمش فاصله است. البته نظام در همین راستا یک 9دی داشت که اقتدار بسیار خوبی به نمایش گذاشت.
وی افزود: این اسامی که شما بردید به هر حال در جریان فتنه 88 موثر بودند. باید این مساله روشن شود. یعنی به فرض همین اتهام تقلب باید روشن و شفاف شود و باید درباره آن موضع‌گیری روشن انجام شود. یا کسانی که باعث فتنه شدند. و جریانات خیابانی به راه انداختند و خون‌هایی ریخته شد. ظلم عظیمی است و باید جبران کنند. باید محکوم شوند و باید اعلام برائت شود. اما اگر اینکه بگویند ما نه کاری به این طرف داریم و نه آن طرف. نمی‌شود. سر همدیگر را که نمی‌خواهیم کلاه بگذاریم. اولا باید درباره اتهام تقلب موضع‌گیری کنند و ثانیا تمام آنهایی که فتنه کرده‌اند را محکوم کنند.
وی در پاسخ این سوال که محکومیت به چه معنا؟ گفت: یعنی بیایند بگویند که به نظام چه ظلمی روا داشته شده است. حتی باید به همین آدم‌هایی که سران فتنه بودند تشر بزنند که چرا چنین کاری را کردند.
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی درباره نامه خاتمی برای رهبر معظم انقلاب و آرزوی سلامتی برای ایشان تأکید کرد: البته من هم نمی‌خواهم پیش خودم داوری کنم که چرا این نامه را نوشتند. اما اگر آن را در راستای آن چیزی که شما گفتید فرض کنیم، من می‌پرسم آیا می‌شود آن همه ظلمی که در حق نظام انجام شد را با یک نامه از یاد برد؟ من اعتقاد دارم آن ظلم بزرگی بود. کسانی که در آن ظلم شریک بودند قطعا با یک نامه نمی‌توانند برگردند.
باهنر در ادامه این مصاحبه خاطر نشان کرد: اصلاح‌طلبانی که می‌خواهند وارد میدان شوند، آن تندروها را داخل خودشان راه ندهند. ما الان در دولت آقای روحانی وقتی بحثی می‌شود و مثلا گفته می‌شود که فلان استاندار یا فلان مسئول اصلاح‌طلب است، می‌گوییم این حق دولت است. اما این اصلاح‌طلبی اگر به فتنه‌گری نزدیک شد ما موضع می‌گیریم. صرفا اصلاح‌طلب بودن که جرم نیست، برای ما مرز فتنه مهم است. اینکه من از بدخیم و خوش‌خیم حرف می‌زدم. اصولا آقایانی که آب به آسیاب دشمن می‌ریزند نباید کنار اصلاح‌طلبانی که قصد ورود به نظام را دارند و می‌خواهند به رقابت سیاسی برگردند، حضور داشته باشند.
وی درباره استیضاح و برکناری فرجی‌دانا از وزارت علوم گفت: «ما استیضاح آقای فرجی‌دانا را شش‌ماه در مجلس معطل کردیم و صحبت می‌کردیم و بارها جلسه تشکیل شد. آنجا یک سری تفاهم‌هایی می‌شد اما بیرون اتفاقات دیگری می‌افتاد. حتی زمانی که استیضاح  را اعلام وصول کردیم ما یکی دو جلسه با آقای وزیر گذاشتیم و قرار شد یکی دو مورد از این درخواست‌ها را که ما به حق می‌دانستیم، عملی کنند حتی تا روز قبل از استیضاح من پنج شش تماس داشتم با آقایان وزرا و می‌گفتم این کارها را آقای فرجی‌دانا قول داده که انجام دهد بالاتفاق من با هرکدام از این پنج وزیر صحبت کردم، می‌گفتند این کار باید انجام شود و حق با شما است. آنها از وزرای کاملا موثر دولت بودند حتی بعد از استیضاح گفتند گله‌ای نداریم وحق‌تان بود.»
باهنر گفت: من آن روز به استیضاح رای مثبت دادم، یعنی رای به برکناری آقای فرجی‌دانا دادم. قبلا هم گفته بودم اگر این توافقات انجام نشود من این‌گونه رای خواهم داد. روز قبل از استیضاح هم برخی آقایان می‌پرسیدند که فضای استیضاح چگونه است. من هم می‌گفتم که بسیار روشن است. اگر این توافقات انجام شود استیضاح رای نمی‌آورد و اگر نشود استیضاح رای خواهد آورد می‌گفتم تردید هم نکنید.