اسحاق جهانگیری در مراسم تودیع فرجی دانا و معارفه محمدعلی نجفی سرپرست وزارت علوم  با بیان این که امروز ما در آغاز هفته دولت نتیجه کار مجلس را افتتاح می‌کنیم، افزود: ما هم از رفتن فرجی دانا ناراحتیم، هم از آمدن نجفی خوشحالیم.
وی ادامه داد: در این جلسات صحبت کردن سخت است، چون باید کسی که آن همه توانمندی داشت برود و کسی که این همه سجایا دارد بیاید؟ در واقع صد حیف که آن رفت و صد شکر که این آمد.
جهانگیری در ادامه با بیان این که فرجی دانا خاطره خوشی از خود در وزارتخانه بر جای گذاشت اظهار کرد: وی فردی اخلاقی، متدین و دانشمند است که جز به برنامه‌های دولت عمل نکرد. مشی او اعتدال و پرهیز از حاشیه بود. دانشگاهیان وی را می‌خواهند و این بزرگ ترین فرصت برای دولت و نظام است.
معاون اول رئیس جمهور همچنین گفت: اکنون همه باید بر ضرورت مردم سالاری و پذیرش حق مجلس برای استیضاح را قبول کنیم؛ اما حقیقت را از یاد نبریم. دولت خود را برای این گونه تغییرات آماده کرده است. امروز نخبگان همراه دولت هستند و این تغییر برای دولت سختی ایجاد نمی‌کند زیرا در وزارت علوم ده‌ها فرجی دانا حضور دارد.
وی در ادامه به تلاش‌های رئیس جمهور برای دفاع از وزیر علوم گفت: آقای روحانی در چندین جلسه هیئت دولت از وزرا خواست تا از وزیر دفاع کنند و ابهامات مجلس را از بین ببرند.
به گزارش ایسنا جهانگیری در بخش دیگری از سخنان خود با بیان این که دولت به دنبال ایجاد تنش با سایر قوا نیست گفت: ما یادمان نمی‌رود دولت قبل چه تعاملی با مجلس داشت، ما اکنون به جایگاه مجلس واقفیم و استیضاح را حق مجلس می‌دانیم، اما از نظر ما بدترین اتفاق این است که نتیجه انتخابات 92 به رقابت سیاسی داخلی تبدیل شود. مردم از بی‌تدبیری‌ها و افراطی گری‌ها دوری گزیده‌اند و به اصلاح روی آورده‌اند. اکنون کشور باید از رکود سیاسی، علمی، فرهنگی، اقتصادی خارج شود و امید نشاط مردم افزایش یابد نباید اجازه دهیم امید مردم به یأس تبدیل شود.
معاون اول رئیس جمهور همچنین با بیان این که دولت در مبارزه با فساد جدی است، خاطرنشان کرد: فساد در کشور سیستماتیک شده است. ای کاش فقط بابک زنجانی وجود داشت اما فساد به سطوح مدیریت عالی کشیده شده است اکنون نباید از بورسیه‌های وزارت علوم در گذشته به راحتی گذشت، زیرا عده‌ای بدون داشتن حداقل‌ها بورسیه شده‌اند. نجابت فرجی دانا بود که اطلاعات درباره این افراد بیان نشد، اما دولت این موضوع را پیگیری می‌کند حتی اگر 10 وزیرعلوم هم عوض شود.
وی در ادامه اظهار کرد: در 12 مرداد بودجه‌ای از دولت قبل به مبلغ 16 میلیارد تومان به یک دانشگاه غیر انتفاعی که برخی از اعضای هیئت دولت قبل در آن عضو هستند تصویب شد اما سیاست ما این است که این پول‌های غیرقانونی بازگردانده شود. اگر خاتمی 16 میلیون تومان به جایی برده بود حیثیت او را به باد برده بودند. ما راه مقابله با فساد را ادامه می‌دهیم.
اظهارات معاون اول رئیس جمهور در خصوص بورسیه‌های غیر قانونی و پرهیز از افراطی‌گری در حالی است که یکی از دلایل استیضاح وزیر علوم توسط مجلس شورای اسلامی، به کارگیری عناصر فعال در فتنه 88 و افراطیون در پست‌های کلیدی در این وزارتخانه بود.
علاوه بر این از زمان آغاز به کار دولت یازدهم تاکنون رشد تولید علم در کشور با دو پله سقوط مواجه شده است. همچنین موضوع بورسیه‌های غیر قانونی در حالی مطرح شده است که پیش از این و در خرداد ماه سال جاری، وزارت علوم ضمن گلایه از رسانه‌های حامی دولت مبنی بر تهمت زدن به دانشجویان بورسیه، خواستار رعایت انصاف از سوی آنها شد. دروغ بزرگ 3000 بورسیه غیر قانونی که توسط رسانه‌های مدعی اصلاحات با آب و تاب منتشر شد در حالی است که از جمع 3002 نفر بورسیه اعلام شده، 933 نفر مربیان دانشگاه‌های کشور بوده‌اند و 185 نفر هم با استفاده از آیین‌نامه ایثارگران بورسیه شده‌اند و 1884 نفر نیز دارای قبولی برای خارج از کشور بوده‌اند که بورس خود را به داخل تبدیل کرده‌اند و در نهایت تعداد اندکی به صورت غیر قانونی بورسیه شده بودند که اختلاف فاحشی با رقم اعلام شده از سوی رسانه‌های حامی دولت داشت. علاوه بر این، سخن آقای جهانگیری مبنی بر حضور ده‌ها فرجی دانا در وزارت علوم، نوعی تقابل با رأی نمایندگان مجلس شورای اسلامی و در تناقض با اظهارات رئیس جمهور مبنی بر تعامل دولت و مجلس می‌باشد.
لازم به ذکر است که در جلسه تودیع فرجی دانا از ورود خبرنگاران ممانعت ایجاد شد و فقط رسانه‌های حامی دولت اجازه حضور پیدا کردند.