وی با صدور احکام جداگانه‌ای محمدباقر قهرمانی را به عنوان معاون بین‌الملل دانشگاه به جای محمدعلی موسوی، احمدرضا خضری (مدیر روابط عمومی دانشگاه تهران از سال 1381 تا 1385)  را به عنوان مشاور و مدیرکل حوزه ریاست و روابط عمومی دانشگاه تهران به جای محمدصادق ضیایی و محمدرضا حاتمی را به عنوان مدیرکل منابع انسانی و امور رفاهی به جای بوذری‌نژاد منصوب کرد.
پیش از آغاز سرپرستی نیلی احمدآبادی در دانشگاه تهران، محمدحسین امید نیز با حضور خود به عنوان سرپرست در این دانشگاه دو تغییر در معاونت‌ها و بخش‌های مختلف این دانشگاه داشت.