احمد نقیب‌زاده  که 2 دهه پیش پیگیر حذف دروس اسلامی از رشته علوم سیاسی در دانشگاه تهران بود، در نامه‌ای سرگشاده به حضرات آیات مکارم شیرازی و محمد یزدی نوشت: رئیس‌جمهور روحانی  ما مطلبی گفتند که من فکر می‌کردم توضیح واضحات می‌دهند که می‌گویند  وظیفه پلیس اجرای شرع و قرآن نیست و نمی‌دانستم که کار شرع و اجرای قوانین آن را می‌توان به دست هر کس سپرد. وقتی اعتراض آیات عظام را دیدم از خود پرسیدم پس تخصص خود این حضرات چه می‌شود؟ مگر نه اینکه قاضی مجتهد شرع باید به اجرای احکام شریعت بپردازد که سالیان دراز از عمر خود در گوشه حوزه‌ها صرف آموختن این احکام کرده است؟
 در بخش دیگری از این نامه آمده  است: «از قضا روحانیت ما پیش از این هم یک اشتباه مهلک دیگر مرتکب شده است که برای من بسیار جای سوال بوده است و آن اینکه کار منبر و وعظ را به مداحانی سپرده است که بعضا جز یک صوت خوش و گاهی ناخوش چیز دیگری در منقار ندارند.»
وی می‌افزاید: «ما در کار بزرگان فضولی نمی‌کنیم، فقط سوال داریم که اگر افراد پلیس صلاحیت رسیدگی به امور دینی را دارند تا پس از این مسائل دینی خود را از پلیسان و پاسبانان بپرسیم و مزاحم روحانیون والاتبار نشویم. حقیقتا عجب رئیس‌جمهور ناواردی داریم و گویا همان احمدی‌نژاد مکلا متشرع‌تر بود و ما نمی‌دانستیم.»
آنچه قابل تأمل است مواضع بعضا نادرست و لیبرالی آقای روحانی درباره اسلام است که موجب گستاخی عناصری از این دست علیه روحانیت می‌شود. پیش از این اظهارات روحانی با اعتراض حضرات آیات مکارم شیرازی، صافی‌گلپایگانی و نوری ‌همدانی مواجه شد. اما آنچه درباره نامه اخیر قابل تأمل است، هویت نویسنده آن است که تظاهر به نگرانی برای منبر و روحانیت و مرجعیت می‌کند، حال آن که خود  سابقه‌دار معارضه با دروس اسلامی است.