شکرخدا موسوی نماینده مردم اهواز در این زمینه رأی‌آوری نیلی را بعید دانست و گفت:  آقای نیلی در کارنامه کاری خود مسئولیتی در حد معاونت وزیر نیز ندارد و اگر ما از بحث فتنه هم بگذریم توانمندی ایشان برای ریاست بر وزارت علوم مورد بحث است از این رو خیلی سخت است که آقای نیلی بتواند در مجلس رأی بیاورد.
وی تصریح کرد: در خوش‌بینانه‌ترین حالت آقای نیلی 70 درصد مخالف و 30 درصد موافق دارد.
همچنین امیرحسین قاضی‌زاده نماینده مردم مشهد در مصاحبه با آریا خاطرنشان کرد: مشکل ما با آقای فرجی دانا و نیلی نیست، مسئله بر سر حلقه‌ افراطی‌ای است که وزارت علوم را اداره می‌کند و اطراف فرجی‌دانا بودند. وی اظهار داشت: معرفی شخصی که برای ریاست بر دانشگاه تهران نتوانسته است نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی را جلب کند دو تحلیل به دنبال دارد اول اینکه این کار آقای روحانی یا از سر لجبازی بوده و یا اینکه ایشان خواسته‌اند زهر مجلس را بگیرند تا بعد فرد اصلی را معرفی کنند و مجلس تن به آن انتخاب دهد. وی تأکید کرد: بنده نسبت به وزیر پیشنهادی علوم نظر منفی دارم و معتقدم معرفی فردی که شرایط ریاست بر یک دانشگاه را نداشته نمی‌تواند به عنوان وزیر علوم انتخاب شود.
اما علیرضا محجوب از نمایندگان حامی دولت، استدلال جالبی را در مصاحبه با «آفتاب» مطرح کرده است. او می‌گوید: من معتقد هستم که هیچ کدام از ما چیز خاصی درباره آقای احمدآبادی نمی‌دانیم. من به حسب اعتمادی که به شخص آقای رئیس جمهوری دارم و معتقد هستم کسی را که ایشان معرفی می‌کنند به صلاح کشور و وزارت علوم است؛ به ایشان رأی می‌دهم.
وی ادامه داد: هر چند که ایشان سابقه اجرایی بالایی ندارند ولی این یکی از بهترین اقدام‌های دولت برای میدان دادن و آوردن مدیران میانی برای بالاترین مدیریت‌ها است.
برخلاف اظهارات محجوب، نیلی احمدآبادی مدیر میانی نبوده است.
اما عابد فتاحی دیگر نماینده حامی دولت گفت: مشکل آقای نیلی این است که دیر به مجلس معرفی شد و ایشان نتوانستند با فراکسیون‌های مختلف مجلس ملاقات داشته باشند.
وی در عین حال می‌گوید: کسانی که مستقل یا اصلاح‌طلب هستند همه به دکتر نیلی رأی مثبت می‌دهند. اما کسانی که در این دو گروه نیستند سعی دارند تا مسئله را سیاسی کنند و احتمال اینکه به ایشان رأی دهند کم است.
فتاحی در واکنش به صحبت‌های برخی از نمایندگان که خواسته بودند تا نیلی احمدآبادی از حوادث 88 اعلام برائت کند، می‌گوید: اگر قرار بود کسی توبه کند آقای کروبی و آقای موسوی توبه می‌کردند. این شرط و شروط‌ها پیش پا افتاده است. اگر واقعاً برادران اصولگرا فکر می‌کنند که آقای نیلی در «فتنه» دست داشته باتوبه هم این فرد نباید برای آنها قابل قبول باشد. او در ادامه خطاب به نیلی احمدآبادی وزیر علوم پیشنهادی دولت یازدهم می‌گوید: آقای نیلی اگر قرار باشد که چنین کاری (توبه) کنند و دست به اعلام برائت بزنند ما به ایشان رأی نخواهیم داد.(!)
در این میان احمد امیرآبادی نماینده مردم قم در مصاحبه با سایت نماینده تأکید کرد: به نظر می‌رسد معرفی چنین گزینه‌هایی در راستای ایجاد تعامل بیشتر با مجلس نیست زیرا دولت می‌داند اکثریت قریب به اتفاق نمایندگان مجلس با موضوع فتنه و فتنه‌گران زاویه دارند و به آنها رأی نمی‌دهند و وزارت علوم باید بدست فردی عادل و معتدل که بیشتر دنبال رشد علمی کشور باشد، داده شود.
عضو کمیسیون برنامه و بودجه مجلس بیان داشت: بنظر می‌رسد آقای روحانی به این زودی‌ها نمی‌خواهد گزینه اصلی وزارت علوم را معرفی کنند. در مجموعه وزارت علوم و در سطح دانشگاه‌های کشور افراد قوی، فرهیخته و توانمندی داریم که ایشان می‌توانستند معرفی کنند.
نماینده مردم قم یادآور شد: با صحبت‌ها و واکنش‌های هفته قبل رئیس جمهور و برخی اعضای مجموعه اصلاح‌طلبان در ارتباط با طرح آمران به معروف و ناهیان منکر که مراحل قانونی خود را طی می‌کند، آنها بنوعی می‌خواهند بین مجلس و دولت تقابل ایجاد کنند.
امیرآبادی تصریح کرد: در معرفی وزیر علوم از ابتدا که می‌نگریم بنظر می‌رسد وزارت علوم از ابتدا سهمیه اصلاح‌طلبان افراطی است و این روند در حال ادامه است و امروز مردم مشکلات اساسی بسیاری دارند و لذا دولت و مجلس بایستی با تعامل، همدلی و وحدت بیشتری براساس فرمایشات رهبر معظم انقلاب برای حل این مشکلات گام بردارند.
حمیدرضا فولادگر نماینده مردم اصفهان نیز معتقد است: این رفتار دولت با شعار اعتدال مغایر است. یکی از جاهایی که می‌تواند اعتدال را نشان دهد در عرصه آموزش عالی است. آقای فرجی‌دانا  مستقل عمل نمی‌کردند و در نتیجه استیضاح پیش آمد. وی با اشاره به سوابق اجرایی اندک آقای نیلی احمدآبادی تأکید کرد: اگر بنا باشد که وزیر بعدی نیز در مسائل سیاسی مستقل عمل نکند مزیتی نسبت به آقای فرجی‌دانا نخواهد داشت حتی می‌توان گفت که به لحاظ سوابق و رزومه آقای فرجی دانا بهتر از وزیر پیشنهادی بودند.
وی در خصوص احتمال رأی‌آوری وزیر پیشنهادی تصریح کرد: برآورد اولیه ما نشان می‌دهد که مزیت‌هایی که باید لحاظ می‌شد در نظر گرفته نشده است. مگر اینکه به مجلس اثبات شود که وزیر پیشنهادی ویژگی‌های بالاتری دارند و در مسائل سیاسی مستقل عمل خواهند کرد.
رئیس کمیسیون ویژه اصل 44 قانون اساسی در ادامه تصریح کرد: سؤالی که مطرح است اینست که چرا ریاست ایشان برای دانشگاه تهران در شورای عالی انقلاب فرهنگی مطرح نشده بود و چند ماهی ایشان سرپرست بودند. یکی از جاهایی که به هیچ وجه در آن قحط‌الرجال نداریم دانشگاه است و اعضای بسیار قوی در هیأت علمی دانشگاه‌ها داریم که می‌توانستند معرفی شوند.
یادآور می‌شود فراکسیون رهروان و اصولگرایان در بررسی‌های خود به رأی مثبت درباره نیلی احمدآبادی دست نیافتند. ترکیبی از نمایندگان دو فراکسیون باعث سلب رأی اعتماد از فرجی دانا شد که به عنوان گماشته افراطیون عمل می‌کرد. اکنون روزنامه زنجیره‌ای آفتاب یزد در تیتر صفحه اول خود خاطر همه را آسوده می‌کند و می‌نویسد «نیلی ادامه (فرجی) داناست.»