متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسمه تعالی
درگذشت عالم بزرگوار جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ حیدرعلی جلالی خمینی رحمهًْ‌الله‌علیه را به خاندان و فرزندان مکرم و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. آن مرحوم از شاگردان قدیمی امام راحل و متکفل مسئولیت‌هایی از سوی معظم‌له پس از انقلاب بودند و نمونه‌ای از یک روحانی فعال و پرنشاط محسوب می‌شدند. از خداوند رحمت و مغفرت و رضوان برای ایشان مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۱۶ بهمن ۱۳۹۹