در بیانیه کارکنان سازمان پژوهش و نوآوری دفاعی (سپند) آمده است: خبر شهادت فرزند انقلاب، دانشمند بزرگ ایران‌زمین، فناور و مهندس چیره‌دست، فیلسوف و ادیب کم‌نظیر، دکتر محسن فخری‌زاده مهابادی قلب‌های آزاده را آتش زد. از سر ایمان گفتیم انالله و انا الیه راجعون، اما معترفیم به اینکه این خبر دلهایمان را سخت فشرده است، زیرا بوی پستی دشمن‌ترین دشمن‌ها به مشام می‌رسد و مگر می‌توان دانست و آرام بود؟ کارکنان سپند تأکید کردند: بر همگان مسلم است که شهادت پاداش مجاهدت‌های علمی و مقاومت ایشان و راهی بود که برای رسیدن به اهداف علمی بنا نهاد و خدای متعال بر او منت نهاد تا در کنار امام شهدا و یاران شهیدش قرار گیرد. این بیانیه افزوده است: اکنون با دلی غمگین، اما سینه‌ای پرافتخار، به خوبی می‌دانیم که آنچه باعث وحشت دشمنان قسم‌خورده ایران بود و دستان خون‌آلوده قاتلان دانشمندان این مرز و بوم را، بار دیگر از آستین بیرون آورد، ترس از قوی‌تر شدن لحظه به لحظه ایران و نزدیک‌تر شدن روز موعود و پیچیده شدن طومار ظلم صد‌ها ساله صهیونیسم جهانی است. کارکنان سازمان پژوهش و نوآوری دفاعی خاطرنشان کردند: شهید دکتر محسن فخری‌زاده راهی را در سرزمین فناوری و نوآوری کشور آغاز کرد که طلیعه‌های آن در صنعت و فناوری‌های پیشرفته دفاعی از جمله پدافند هسته‌ای، پشت دشمنان را به لرزه در آورد و این راه، پایانی جز شکست ظالمانه و پیروزی مستضعفان جهان نخواهد داشت. در پایان این بیانیه آمده است: ما کارکنان این سازمان ضمن تبریک و تسلیت این شهادت به ملت شریف و شهیدپرور ایران ضمن تجدید پیمان با ملت عزیز ایران امام و شهیدان انقلاب خصوصا شهدای عرصه علم و فناوری و شهید عزیزمان استاد دانشمند شهید دکترمحسن فخری‌زاده مهابادی اعلام می‌داریم که، چون او راهش را در مسیر آزادگی، بالندگی و اقتدار علمی و فناورانه کشور در سایه توجهات حضرت، ولی‌عصر(عج) و فرماندهی رهبر اندیشمند و فرزانه خود ادامه خواهیم داد.