در این شرایط، شایعه‌ کنار گذاشتنِ افسرانی که وابسته به سپهبد کیا بودند از ساختار ارتش نیز مطرح شد و این درحالی بود که صدرالدین که از اعضای کمیته فرهنگیان سازمان کوک و زمانی مدیر کل فرهنگ استان مرکز بود، می‌گفت:
«در بین نمایندگان فعلی مجلس شورای ملی 48 نفر آنها عضو سازمان سری کوک می‌باشند، که از شهرستان‌های مختلف ایران به نمایندگی مجلس انتخاب شده‌اند. این عده که فقط با تیمسار سپهبد کیا ارتباط دارند، نظریات و برنامه‌های او را در مواقع لازم و ضروری مورد اجرا قرار خواهند داد.»
باوجود اینکه در این ایام کمیته‌های اصلی و فرعی سازمان کوک در وزارتخانه‌های مختلف دولتی و دیگر سازمان‌ها و ادارات به فعالیت‌های خود مشغول بود، سپهبد کیا این فعالیت‌ها را «صوری و سطحی» می‌دانست و ضمن اظهار گله‌مندی از برکناری خود می‌گفت:
«سازمان کوک و سازمان نیروی مقاومت ملی که من آنها را با اجازه اعلیحضرت همایونی به وجود آوردم، تنها سازمان مورد اعتمادی بود که طبقات مختلف مردم را با شاهنشاه نزدیکتر می‌کرد و این سازمان اگر به صورت سابق اداره می‌شد و توسعه می‌یافت، بهترین سازمان حافظ تاج‌وتخت سلطنت و استقلال میهن بود؛ ولی متأسفانه سیاست خارجی از وجود سازمان کوک نگران شد و به انواع مختلف کارشکنی کردند و حتی به عرض شاهنشاه رساندند که این سازمان که به دست سپهبد کیا اداره می‌شود، ممکن است کودتایی بنماید و در نتیجه شاهنشاه بر اثر مخالفت شدید سیاست خارجی، ناچار شدند از قدرت و توسعه سازمان مزبور جلوگیری کنند و اکنون دیگر سازمان فوق و سازمان نیروی مقاومت ملی نمی‌تواند مانند سابق عمل کند و منشأ خدمتی برای میهن و شاهنشاه باشد و سازمان مزبور اکنون کاملاً صوری و سطحی است.»
در اسفند ماه سال 1343ش، درحالی که فعالیت‌های سازمان مقاومت ملی تحت نظر ساواک قرار داشت، در گزارشی پیرامون سازمان کوک نوشته شد:
«گردانندگان این سازمان اصولاً افسران عالی‌رتبه ارتش می‌باشند و در بدو امر این سازمان همطراز و پا به ‌پای سازمان نیروی مقاومت ملی شروع به فعالیت نموده. پس از دستگیری سپهبد حاجعلی کیا، تا اندازه‌ای از فعالیت این سازمان کاسته گردیده است و از طرفی رسیدگی به پرونده موجود در بایگانی مربوط به افسران و درجه‌داران، از وظایف بخش انتظامی 314 می‌باشد و این گونه پرونده‌ها در اختیار کارمندان بخش‌های دیگر قرار نمی‌گیرد.
با عرض مراتب فوق، طبق دستور شفاهی صورت اسامی افراد مذکور در پرونده سازمان کوک که جمعاً 361 نفر افسران، درجه‌داران 32 نفر، افراد غیرنظامی 311 نفر و افرادی که نام آنان به عللی در گزارشات و نامه‌های مربوطه ذکر گردیده، ولی انتصاب یا عضویت آنان معلوم نیست، 18 نفر به‌ ضمیمه تقدیم می‌گردد. صدور هرگونه دستوری درباره رسیدگی به پرونده سازمان کوک و تعیین بخش مربوطه منوط به رأی عالیست.»
در این موقع، سپهبد نصیری که او نیز از اعضایِ اولیه سازمان کوک بود و اینک به جای پاکروان به ریاست سازمان امنیت رسیده بود، از الحاق سازمان مقاومت ملی و سازمان کوک خبر
داد.
پس از این الحاق، باز هم دستورالعمل‌هایی به سبک و سیاق سازمان کوک برای کمیته‌های اصلی صادر شد
«پیرو دستوراتی که در مورد نگاهداری و حفاظت سوابق مکاتباتی داده شده است، خواهشمند است دستورات زیر را انجام و نتیجه را اعلام فرمایند.
1. نامه‌هایی که از ستاد سازمان می‌رسد، با ذکر شماره و تاریخ به طور خلاصه در دفتری که برای این کار تخصیص داده می‌شود، ثبت نموده و عین نامه رسیده از ستاد سازمان [را] در حضور برادران معدوم فرمایند.
2. صورت جلسات را هم در دفتر دیگری ثبت نموده و رونوشتی از صورت‌جلسه فقط به امضای دبیر کمیته تهیه شده و به ستاد سازمان فرستاده شود.
بنابراین هرگونه سوابقی به جز دو دفتر در کمیته باقی نمانده و موضوع حفاظت مکاتباتی تأمین خواهد شد. بدیهی است اوراق بیوگرافی و قسم‌نامه و آیین‌نامه و فرمان، از این دستور مستثنی بوده و بایستی به مسئولیت دبیر کمیته در محل مناسب به طور محرمانه نگهداری شده و عنداللزوم مورد استفاده قرار گیرد.»
«چون بر طبق فرمان و آیین‌نامه‌های مصوبه، یکی از بزرگترین وظایف برادران سازمانی، مبارزه با عناصر ناپاک و جلوگیری از پیشرفت سازمان‌های انحرافی در کشور است، خواهشمند است برادران سازمانی از نظر حفظ امنیت و حراست تاج ‌و تخت و میهن عزیز، در راه مبارزه با عناصر اخلالگر، سعی و کوشش وافی مبذول فرمایند و عنداللزوم چنانچه اطلاعاتی در این زمینه کسب می‌نمایند، مراتب را بی‌درنگ با مدارک مثبته، در صورت جلسه کمیته مربوطه تصریح و با مراجعه مستقیم به ستاد سازمان، چگونگی را اعلام دارند تا بدینوسیله از دسته‌بندی اشخاص منحرف و مخالفینی که با شعائر ملی ایران، علناً به کشور خیانت می‌نمایند، جلوگیری شده و بتوانیم توفیق خدمتگزاری به میهن و شاهنشاه را حاصل نماییم.»
ولی باوجود این بخشنامه‌ها، گزارش گردید که:
«در حال حاضر سازمان مزبور با بی‌نظمی و بی‌توجهی شدید اعضای خود مواجه شده و اکثر کمیته‌ها تشکیل جلسه نمی‌دهند و شدیداً از طرز عمل اولیاء سازمان انتقاد می‌کنند و چون طبق معمول در اکثر حوزه‌ها هنگام تشکیل جلسات آنها یک نفر نماینده از سازمان کوک معرفی و در جلسات کمیته‌ها شرکت می‌کند، اعضاء کمیته‌ها به نماینده اعزامی از مرکز سازمان کوک فوق‌العاده بی‌اعتنایی می‌کنند و به آنها می‌گویند (شما به عنوان کارمند سازمان کوک از دستگاه حقوق می‌گیرید و باید در مقابل دریافت حقوق انجام وظیفه کنید، ولی اعضای کمیته‌ها [ که] هیچ پولی دریافت نمی‌کنند، وظیفه‌ای در مقابل سازمان ندارند.)، به ویژه آنکه سرلشکر همایونی و سایر اولیای کوک، توجهی به خواسته‌ها و نظرات اعضای کمیته‌ها ندارند.»
که این بی نظمی به درگذشت سرهنگ ابراهیم خسروی نسبت داده شد:
«سازمان کوک مخصوصاً پس از فوت مرحوم سرهنگ ابراهیم خسروی دچار بحران زیادی شده و اکثر کمیته‌ها تشکیل جلسه نمی‌دهند و بقیه هم حتی در صورت جلسه خودشان شدیداً نسبت به ستاد سازمان کوک انتقاد می‌نمایند. از این جهت سرتیپ حاتمیان که به جای مرحوم سرهنگ خسروی انجام وظیفه می‌کند و در حقیقت معاون سرلشکر همایونی در آن سازمان می‌باشد، شدیداً به افسران بازنشسته (اعضای مرکزی ستاد سازمان)، فشار آورده که باید دبیران کمیته‌ها را تشویق و حتی خواهش و استدعا کنند که جلسات خود را حتی لااقل ماهی یک بار تشکیل دهند و صورت‌جلسه آن را به ستاد سازمان بفرستند تا آمار عملکرد سازمان بالا برود.»
در این حال و هوا اختلاف در بین مسئولین سازمان کوک بالا گرفت، تا جایی که گفته شد:
«سازمان کوک در حال حاضر در درجه اول به دفتر کار شخصی تیمسار همایونی تبدیل شده است.»