پس از تشکیل سازمان اطلاعات و امنیت کشور و ریاست سپهبد تیمور بختیار بر آن، که خود از اعضایِ اولیه سازمان کوک بود، اختلافات فی مابین سپهبد کیا در جریان فعالیت سازمان کوک با وی بالا گرفت و باوجود اینکه سازمان کوک تحت نظارت و حمایت مستقیم شاه قرار داشت، به علت نقشی که برای ساواک تعریف شده بود، به طور طبیعی در این تعارضات، سازمان امنیت با بهره‌گیری از پشتوانه‌ی قوی نیروهای آمریکایی؛ درحالی که سازمان کوک صبغه‌ی انگلیسی داشت، از جایگاه محکمتری برخوردار شد؛ از این رو تشکیل سازمان مقاومت ملی با توجه به پیشینه حزب جنگل در سال‌های بعد از شهریور 1320ش، در دستور کار قرار گرفت و دکتر حبیب دادفر نیز که از اعضای سازمان کوک بود، برای مطالعه پیرامون ساختار تشکیلاتی سازمان مقاومت ملی فرانسه به آن کشور فرستاده شد.
 طرح تشکیل سازمان مقاومت ملی، برای بررسی به بخش مستشاری ارتش امریکا در ایران ارسال شد که در تاریخ 3 دسامبر 1957[12 آذرماه 1336] به علت «دوباره‌کاری در موارد متعدد در دستگاههای اداری و نظامی، در سیستم سازمانی و مأموریت‌های محوله» و «با توجه به وجود سازمان‌هایی همچون ساواک، ژاندارمری، سازمان اطلاعاتی ارتش، بدون شک وجود سازمان نظامی پایداری کشور، موجب تداخل هر چه بیشتر وظایف خواهد شد.»، مورد مخالفت واقع شد.
در نامه‌ای که رئیس سازمان اطلاعات و امنیت آذربایجان در این موقع برای تیمور بختیار ارسال نمود، معلوم شد که اعضای نیروی مقاومت ملی، همان اعضای سازمان کوک می‌باشند که در این شرایط، با این نام قصد فعالیت دارند:
«سازمان نیروی مقاومت که به ریاست تیمسار سرتیپ امین در آذربایجان شرقی تشکیل شده، با این بنده سوابق خانوادگی دارند و برای تعیین صلاحیت سربازان کوک، در نظر دارند با این سازمان هماهنگی بنمایند. با عرض مراتب بالا، دیگر نیازی به سؤال از اشخاص نخواهد بود؛ برای تعیین صحت عرایضم می‌توانند مستقیماً از خود تیمسار امین استعلام فرمایند.»
اولین نامه‌ی مخالفت داخلی با تشکیل این سازمان، در آبان ماه سال 1336ش توسط سرهنگ بازنشسته عزیزالله امیررحیمی که در سال 1334ش وکیل مدافع آیت‌الله طالقانی (ره) بود و پس از پیروزی انقلاب اسلامی فرمانده دژبان مرکز شد، نوشته شد:
«طبق اطلاع، سازمانی به نام نیروی مقاومت ملی، تحت سرپرستی تیمسار سرلشگر کیا و تیمسار سرلشگر همایونی تشکیل گردیده است. مشاهده وضع مردم گرسنه و برهنه این مملکت، که بایستی مخارج این قبیل سازمان‌ها را به عهده بگیرد و با دادن مالیات، بودجه آن را تأمین کنند؛ اینجانب را که در زندگانی خود هیچ راهی جز خدمت به میهن هدفی نداشته‌ام، بر آن داشت که ستاد ارتش را متوجه یک نکته اساسی که متأسفانه در تشکیل این سازمان مراعات نشده است، بنمایم و آن حسن انتخاب کادر رهبری آن است.
 گرچه مردم بدبین، اصولاً معتقدند که این قبیل سازمان‌ها فقط به منظور کمک مادی به عده معینی است و نظر این است که به عده‌ای از افسران بازنشسته، که مورد توجه می‌باشند، کمک مادی بشود؛ ولی اینجانب که هر عمل را مورد توجه قرار می‌دهم، به این حرف‌ها نظری نداشته و جنبه مثبت آن را در نظر می‌گیرم و به همین جهت، چون عدم موفقیت در این مورد، به حیثیت ارتش، که خود و خانواده‌ام جزو آن بوده و هستیم، لطمه می‌زند، اجباراً به تقدیم این گزارش مبادرت می‌شود.
آیا ستاد ارتش معتقد است که واقعاً تیمسار سرلشکر کیا دارای نفوذ معنوی در اجتماع و حتی در ارتش است که می‌تواند در یک زد و خورد احتمالی، افراد این ملت را هدایت کند؟ و مردم از او حرف‌شنوی خواهند داشت و تیمسار مزبور که مهمترین شغلشان رئیس مرزبانی زمان تیمسار سپهبد رزم‌آرا بوده است و بعد از آن در موقع بازنشستگی به شغل تجارت مشغول بوده‌اند را می‌توان به صورت یک رهبر اجتماعی که مردم تحت نظر ایشان جانبازی[افتادگی در اصل سند است]... این جانب بنا به سوابق گذشته و بررسی افکار عمومی، به عرض می‌رسانم که این آقایان انتخاب شده، قادر نیستند در قلوب مردم وطن‌پرست جای گرفته و در موقع خود، عملی انجام دهند و در حقیقت سازمانی که در حال تشکیل است، فقط یک کار در آتیه خواهد داشت و آن دادن حقوق به عده‌ای معین و از بین بردن قسمتی از بودجه مملکتی است...»
ولی باوجود این مخالفت‌ها، سازمان مقاومت ملی شکل گرفت و به فعالیت مشغول شد. نمونه زیر، بخشی از گزارشی است که سرهنگ پزشکیان «فرماندهی سازمان نیروی مقاومت ملی، ناحیه 5 کردستان» در فروردین ماه سال 1337ش ارسال نموده است:
«به طور کلی وضع منطقه کردستان از لحاظ روحیه اهالی بسیار خوب و از آنجایی که‌ نژاد خالص ایرانی دارند، قاطبه شاهدوست و میهن‌پرست و علاقمند به حفظ آب و خاک و کشور خود می‌باشند و به همین جهت، فرمانبردار و مطیع اوامر شاهنشاه معظم و ارتش شاهنشاهی و سازمانهای وابسته می‌باشند و عمده نواقص فعلی که حائز اهمیت است، فقر عمومی و اختلاف عمیق طبقاتی و وجود یک عده مالک بزرگ و اضطرار و پریشانی عموم کشاورزان است؛ که مالکین بدون توجه به ترفیه حال رعایا و بهبود زندگانی و رفع نیازمندیهای ضروری آنان، عواید سرشار خود را وصول و در طهران به مصارف زندگی تجملی و غیره می‌رسانند.»