به گزارش رسا، در این نامه آمده است: ضمن عرض ارادت و تسلیت ایام اربعین سید و سالار شهیدان حضرت اباعبدالله الحسین(علیه‌السلام)، پیرو انتشار تصاویری در فضای مجازی از حضرتعالی در کنار برخی افراد مسئله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری«دام ظله العالی» احترامی قائل نیستند؛ بدین وسیله به عرض می‌رساند، این موضوع ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان را در پی داشته است. لازم به ذکر است، اینجانب نیز در دو مرحله با حضرتعالی مکاتباتی در مورد برخی از مسائل دیگر داشته‌ام که جواب قانع‌کننده‌ای دریافت نکردم؛ لذا این نامه را به ناچار به صورت سرگشاده خدمتتان ارسال ‌کردم.
در ادامه این نامه خاطرنشان شده است: چگونه می‌شود، حضرتعالی که فرصتی برای ملاقات با هیئت‌رئیسه مجمع عمومی اساتید را ندارید، فرصت می‌کنید در منزل آقایی در تهران حاضر شوید و با این آقایان ملاقات داشته باشید! یادآور می‌شوم مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمائید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد. انشاءالله
لازم به ذکر است، آیت‌الله شبیری زنجانی با حضور در منزل سیدمحمد خاتمی با وی دیدار داشته است.