عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان با اشاره به ایرادات این شورا به لایحه برنامه ششم توسعه، اظهار داشت: در جلسه اخیر اعضای شورای نگهبان با توجه به عدم اصلاح ایراد شورا در تبصره 38 لایحه برنامه ششم توسعه و اصرار مجلس بر همان مصوبه قبلی، لذا ایراد شورای نگهبان به مصوبه همچنان به قوت خود باقی است و شورای نگهبان آن را تأیید نکرد.
کدخدایی پیش از این نیز درباره ایراد این تبصره که مربوط به سقف حقوق مدیران کشور است، گفته بود: مصوبه ابتدایی مجلس شورای اسلامی در لایحه برنامه ششم که به شورای نگهبان واصل شد، به این دلیل که امکان اخلال در نظام اداری ایجاد می‌کرد، مورد ایراد اعضای شورای نگهبان قرار گرفت.
وی افزود: البته نحوه اصلاح ایرادات شورای نگهبان به طرح‌ها و لوایح بر عهده مجلس شورای اسلامی و نمایندگان مجلس است، اما ایراد از این جهت بود که اگر منجر به خروج برخی از متخصصین و نخبگان کشور شود، موجب اخلال در نظام اداری کشور می‌شود به همین دلیل مغایر قانون اساسی شناخته شد.
سخنگوی شورای نگهبان همچنین تأکید کرد: شورای نگهبان هیچ وقت دخالتی در تعیین میزان حقوق مدیران نمی‌کند و دخالتی هم نداشته است، این موضوع حسب نظر کارشناسی نمایندگان مجلس شورای اسلامی تعیین خواهد شد.
کدخدایی همچنین درباره نظر اعضای شورای نگهبان در زمینه مصوبه جدید مجلس، توضیح داد: این مصوبه باید به شورای نگهبان واصل شود و ما در شورا آن را مورد بحث و بررسی قرار دهیم تا ببینیم چه وضعیتی دارد و سپس اعلام‌نظر کنیم.
وی در پایان با تأکید بر اینکه میزان و سقف حقوق مدیران کشور برای شورای نگهبان تفاوتی نمی‌کند، گفت: ایراد شورای نگهبان ناظر به آن ساز و کاری است که پیش‌بینی می‌شود، اگر ساز و کاری پیش‌بینی شود که منجر به خروج نخبگان و متخصصین از کشور نشود، سقف حقوق یا اینگونه مسائل دیگر برای شورای نگهبان ملاک نخواهد بود.
به گزارش فارس، نمایندگان مجلس پیش از این در جریان بررسی تبصره 38 برنامه ششم توسعه مصوب کرده بودند که مجموع پرداختی ماهانه مقامات و مدیران و کارکنان دستگاه‌های موضوع ماده 5 قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده 35 این قانون حداکثر 2 برابر حداکثر حقوق و مزایای مستمر قابل پرداخت به کارکنان موضوع تبصره ماده 76 قانون مدیریت خدمات کشوری می‌باشد.
طبق تبصره این مصوبه، شورای حقوق و دستمزد می‌تواند با پیشنهاد روسای قوا، وزرا یا معاونان رئیس‌جمهور که ریاست دستگاه‌های اجرایی را بر عهده دارند و بالاترین مقامات دستگاه‌های اجرایی برای مشاغل تخصصی، واحدهای عملیاتی، مناطق مرزی و محروم تا «30 درصد» دریافت‌های موضوع این ماده علاوه بر سقف مقرر در این ماده منظور نماید.
این مصوبه مجلس مورد ایراد شورای نگهبان واقع شد و این شورا معتقد بود اجرایی شدن مصوبه مذکور موجب اخلال در سیستم اداری کشور می‌شود فلذا این مصوبه رد شد و به مجلس بازگشت.
سپس مجلس شورای اسلامی برای اصلاح ایراد شورای نگهبان «مدیران کشور» را نیز جزو آن 4 دسته فوق قرار داد و از طرفی افزایش 30 درصدی را به 60 درصد نیز ارتقا داد و 11  اسفندماه برای رفع این ایراد شورای نگهبان مصوب کرد شورای حقوق و دستمزد می‌تواند با پیشنهاد رؤسای قوا، وزرا یا معاونان رئیس‌جمهور که ریاست دستگاه‌های اجرایی را بر عهده دارند و بالاترین مقام دستگاه‌های اجرایی، برای مشاغل تخصصی، «مدیریتی»، واحدهای عملیاتی، مناطق مرزی و محروم «تا 60 درصد» دریافت‌های موضوع این ماده علاوه بر سقف مقرر در این ماده منظور نماید.
این مصوبه موجب افزایش 60 درصدی حقوق مدیران کشور تا 24 میلیون تومان در ماه می‌شد، که واکنش جدی و انتقادات و اعتراضات گسترده‌ای را در کشور به دنبال داشت و عده‌ای معتقد بودند مدیران نجومی‌بگیر برای حقوق‌های میلیونی خود از مجلس مجوز گرفتند.
پس از این نمایندگان مجلس مجدداً مصوبه 11 اسفند ماه خود را اصلاح کردند و به مصوبه اسبق خود بازگشتند، بدین ترتیب که افزایش 60 درصدی حقوق گروه‌های مستثنی‌شده (شامل مشاغل تخصصی، واحدهای عملیاتی، مناطق مرزی و محروم) به 30 درصد کاهش یافت و از طرفی مجلس کلمه «مدیریتی» را از آن مصوبه حذف کرد تا مدیران کشور نیز مانند سایر حقوق‌بگیران دولتی «حقوق» دریافت کنند که طبق اعلام حمیدرضا حاجی‌بابایی رئیس ‌کمیسیون تلفیق برنامه ششم توسعه، سقف دریافتی همه حقوق‌بگیران از جمله مدیران کشور با اصلاح مصوبه 11 اسفندماه 12 میلیون و 600 هزار تومان تعیین شد.