وی که یکی از قدیمی‌ترین فرماندهان ارتش جمهوری اسلامی ایران بود در دوران دفاع مقدس مسئولیت‌های مختلفی از جمله ریاست دفتر مشاوره نظامی امام‌خمینی(ره) و فرماندهی ستاد جنگ‌های نامنظم را بر عهده داشت و در نبردهای متعددی از جمله آزادسازی سوسنگرد نقش‌آفرینی کرد و بعدها مفتخر به اخذ نشان «نصر» از دست فرمانده معظم کل قوا شد. او به مدت 4 سال (در حد فاصل سال‌های 1360 تا 1364) مسئولیت وزارت دفاع را بر عهده داشت. امیر سلیمی در سال 1379 پس از کناره‌گیری امیر سرلشکر علی شهبازی، به فرماندهی کل ارتش منصوب و همزمان با یک درجه ارتقا به درجه سرلشکری نائل آمد. وی تا شهریورماه 1384 به عنوان فرمانده کل ارتش جمهوری اسلامی ایران خدمت کرد و پس از آن نیز به عنوان یکی از مشاوران ارشد فرمانده معظم کل قوا در امور نظامی خصوصا ارتش منصوب شد. امیر سرلشکر محمد سلیمی فرمانده سابق ارتش جمهوری اسلامی ایران پس از تحمل یک دوره بیماری 10 بهمن ماه سال 1394 دعوت حق را لبیک گفت.