حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور حکمی آقای دکتر علی‌اکبر ولایتی را به عنوان رئیس‌هیئت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی منصوب کردند. متن حکم رهبر معظم انقلاب به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
اعضای محترم هیئت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی
با عنایت به فقدان تأثرانگیز رئیس‌محترم هیئت مؤسس و هیئت امناء دانشگاه و سکوت اساسنامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی در چگونگی انتخاب رئیس‌هیئت مؤسس و ضرورت تسریع در انتخاب فرد عهده‌دار این مسئولیت، جناب آقای دکتر علی اکبر ولایتی از اعضای آن هیئت را به‌ عنوان رئیس‌هیئت مؤسس منصوب می‌کنم تا هیچ‌گونه وقفه‌ای در تمشیت قانونی امور آن دانشگاه- که نقش مؤثری در امر آموزش عالی کشور دارد- بوجود نیاید. همکاری اعضای محترم هیئت مؤسس و هیئت امناء و شورای عالی انقلاب فرهنگی در تکمیل اعضای هیئت مؤسس و هیئت امناء مورد انتظار جدّی اینجانب است.
سید علی خامنه‌ای
30 دی ماه