متن پیام حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای به این شرح است:
بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم
به‌مناسبت هفتمین روز درگذشت عالم جلیل‌القدر مرحوم حجه‌ًْالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محمّد فاضل استرآبادی رضوان‌الله‌علیه مراتب تسلیت خود را به خاندان گرامی و شاگردان و ارادتمندان آن بزرگوار معروض می‌دارم و علو درجات ایشان را که عالمی عامل و پرورش‌دهنده‌ طلاب و فضلاء و پدر گرانقدر شهید بودند از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سیّد علی خامنه‌ای
۱۶ آذر ماه ۱۳۹۵