متن پیام تسلیت حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای به شرح زیر است:
بسمه تعالی
فقیه و عالم بزرگوار مرحوم مغفور آیت‌الله آقای حاج سید عبدالکریم موسوی اردبیلی رحمت‌الله علیه دار فانی را وداع گفته و به لقاء‌الله پیوستند. این ضایعه را به خاندان گرامی و فرزندان محترم و همه شاگردان و ارادتمندان و مقلدان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. ایشان علاوه بر تلاش‌های علمی و فقهی، در دوره‌ای دشوار مسئولیت سنگین ریاست قوه قضائیه جمهوری اسلامی را بر دوش داشتند و در همه حوادث و قضایای مهم دوران حیات مبارک امام راحل در شمار فعالان و خدمتگزاران برجسته کشور به شمار می‌رفتند. فعالیت‌های فرهنگی و تاسیس دبیرستان و دانشگاه نیز صفحات مهمّی از زندگی پربار این عالم بزرگوار را تشکیل می‌دهد. متضرعانه از خداوند متعال مسئلت می‌کنم که روح ایشان را مشمول رحمت و فضل خود قرار دهد و عمل صالح ایشان را مقرون اجر جزیل سازد و با اجداد طاهرینش محشور فرماید.
سیدعلی خامنه‌ای
۳ آذر ۱۳۹۵