مرحوم حجت‌الاسلام شجونی عضو جامعه روحانیت مبارز و عضو شورای مرکزی حزب موتلفه اسلامی بوده و در طول رژیم طاغوت به دفعات به دلیل مبارزات سیاسی به زندان افتاده و تحت شکنجه‌های سخت قرار گرفته بود.
حجت‌الاسلام شجونی که از همرزمان شهید نواب صفوی در دوران مبارزه با رژیم طاغوت محسوب می‌شد در طول مبارزات 25 بار دستگیر و به زندان افتاده بود.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی از سوی مردم کرج به مجلس شورای اسلامی راه یافت.
حجت‌الاسلام شجونی دایرهًْ‌المعارف خاطرات انقلاب و اتفاقات پیرامون نهضت اسلامی بود، وی که از ابتدای شکل‌گیری جریان انقلاب به عنوان یکی از خطبا و منبری‌های توانا در این جریان حضور داشته، تمام اتفاقات مربوط به انقلاب را به ‌خوبی در خاطر داشت.
بازداشت در دوران پهلوی
مرحوم حجت‌الاسلام شجونی درخصوص زندان رفتن خود در زمان رژیم پهلوی می‌گوید: «سال ۱۳۳۴ اولین زندان ما بود با شهید نواب صفوی و اولین عکس متعلق به ۵۹ سال قبل است و عکس دیگر نیز مربوط به سال ۱۳۵۲ در کمیته مشترک است. من ۲۵ بار زندان بودم اما مدت آن کم و زیاد بود.»
وی در بازگویی خاطرات خود از آن روزها این‌گونه نقل می‌کند: «در سال ۱۳۵۲ چند وقتی بود که از طرف رژیم شاه به خاطر سخنرانی‌ها و مطالبی که در منبرهایم طرح می‌کردم ممنوع‌المنبر شده بودم. روزی آقایی از من برای سخنرانی در مسجد حجت واقع در خیابان اتابک خیابان خاوران، روبروی پارک فدائیان اسلام (مسکرآباد سابق) دعوت کرد. با خودم گفتم اینجا کسی من را نمی‌شناسد، دعوت آنها را قبول می‌کنم. سر وقت در مسجد حجت حضور یافته و بالای منبر رفتم. حدود نیم ساعت صحبت کرده بودم که ناگهان سر و کله مأمورین شهربانی پیدا شد ، فهمیدم که برای دستگیری من آمده‌اند و به ناچار سخنرانی را نیمه‌تمام گذاشته و از منبر پایین آمدم. مرا دستگیر کرده و به پاسگاه هاشم‌آباد بردند و تا پاسی از شب در آنجا بودم. سپس یک عینک لاستیکی به چشمم زدند و دیگر جایی را نمی‌دیدم و مرا به کمیته مشترک ضدخرابکاری رژیم شاه واقع در میدان توپخانه بردند...»
روایت شجونی از قیام 15 خرداد
حجت‌الاسلام جعفر شجونی در ۱۳ خردادماه سال ۱۳۹۲ در گفت‌وگویی با خبرگزاری فارس به عنوان کسی که در ۱۵ خردادماه ۱۳۴۲ حضور داشته، از خاطرات خود در آن روز این‌گونه یاد کرد: «رئیس ‌ساواک بازار، آشکارا می‌گفت شجونی روزی بدنه بازار را با سخنرانی به آتش می‌کشد. بنده آن زمان روزی ۱۰ تا ۱۲ بار سخنرانی داشتم ساعت ۱۲ شب ۱۵ خرداد همسر سید غلامحسین شیرازی به من زنگ زد که همسرم را دستگیر کردند و مأموران ساواک در هنگام دستگیری به شما فحاشی می‌کردند...
تا لباس‌هایم را گم و گور کنم صدای زنگ خانه من به صدا درآمد تا مأموران موفق شوند در خانه مرا بشکنند، من از دیوار همسایه پریدم و فرار کردم... چند وقتی که از قم فرار کردم در باغ‌های کرمانشاه پنهان بودم تا اینکه دوستانی را که دستگیر کردند بعد از سه ماه آزاد کردند. بعد از آنکه به ملاقات دوستان آزادشده‌ام رفتم مرا دستگیر کردند و بعد از یک روز، آزادم کردند.»
 ضبط اموال پهلوی به حکم امام
مرحوم حجت‌الاسلام شجونی با اشاره به اینکه یک ماه پس از انقلاب حکم سرپرستی را دریافت کرده بود، می‌گوید: «عین حکم امام(ره) برای سرپرستی بنده در کاخ شمس همین است: «جناب ثقه‌ًْالاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی، جنابعالی مأموریت دارید که اموال خاندان پهلوی و بستگان ایشان را که در شهر کرج و حومه قرار دارد از اموال منقول و غیرمنقول و مستغلات همه را ضبط نموده و محافظت کنید و نیز خانه‌هایی را که اداره ساواک برای مأموران خود ساخته است در اختیار افراد بی‌خانه بگذارید و چنانچه کارهای فوق، احتیاج به مخارجی دارد از اموال مذکور فروخته و صرف کنید از خدای تعالی ادامه توفیقات آن جناب را خواستارم.
موضع‌گیری علیه فتنه و فتنه‌گران
مرحوم حجت‌الاسلام شجونی از جمله خواص و شخصیت‌هایی بود که بعد از فتنه 88 به روشنگری پرداخته و علیه سران فتنه موضع گرفت .
حجت‌الاسلام شجونی در برنامه زنده تلویزیونی «دیروز، امروز، فردا» که در تاریخ ۱۰ بهمن‌ ماه سال ۱۳۸۸ از شبکه سوم سیما پخش شد؛ با اشاره به عدم حضور برخی از افراد اصلاح‌طلب در مناظرات تلویزیونی، دلیل آن را رو نشدن اهداف آنها و اینکه حرفی برای گفتن ندارند عنوان کرد.
وی با بیان اینکه ما راضی نیستیم که هیچ‌‌کس بی‌شخصیت و بی‌آبرو شود و این اتفاق هیچ لذتی ندارد،  اظهار داشت: «عده‌ای بعد از انتخابات تیشه به ریشه خود زدند و در واقع سران فتنه باعث شده‌اند که منافقان و افرادی که پاسدارها را قتل‌عام می‌کردند وارد میدان شوند و گروه‌هایی مانند سلطنت‌طلبان و بهایی‌ها ابراز وجود کنند تا جایی که در روز عاشورا، ۸۰ بهایی دستگیر شد.»
جعفر شجونی در برنامه «دیروز، امروز، فردا» خاطرنشان کرد : «من از جوانی در سیاست هستم و ۲۵ بار زندان رفته‌ام ولی با وجود ۶۰ سال فعالیت سیاسی خسته نشده‌ام اما در سال‌های اخیر سکوت کرده بودم ولی امروز به دلیل رفتار برخی از افراد دوباره مانند دوران جوانی فعال شده‌ام.»