به گزارش تسنیم، در ایام بیستمین سالگرد فوت حاج سیداحمد خمینی(ره)، یکی از مسئولان موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره)که تاکید داشته از ذکر نام وی در این خبر خودداری شود، درباره تحریف نامه یادگار امام گفت: بعضی از بخش‌های نامه به دلایل مسائل امنیتی و مصلحت کشور با صلاح‌دید مسئولین فعلی مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی(ره) حذف می‌شود و به جای آن «سه نقطه» می‌گذارند. این مورد نیز به دلیل اینکه مربوط به نهضت آزادی است، شاید این‌گونه باشد. البته به دلیل همین مباحث هنوز نامه‌هایی را از امام(ره) داریم که منتشر نشده است!
ماجرا از آن قرار است که در سال69 آیت‌الله پسندیده برای درخواست آزادی یکی از اعضای ملی‌گراها خطاب به حاج سید احمد خمینی نامه‌ای نوشت و یادگار امام نامه‌ای را با موضوع «نهضت آزادی و ملی‌گراها» خطاب به عموی خود نوشت و در این نامه حاج احمد خمینی علاوه بر اینکه بر صحت نامه مذکور تاکید می‌کند، بار دیگر نظر امام خمینی(ره) را در رابطه با نهضت آزادی مطرح می‌کند.
اما این نامه یادگار امام خمینی(ره) در صفحه 632 جلد اول «مجموعه آثار یادگار امام(ره)» که توسط موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) منتشر شده، درج شده است که در بعضی از قسمت‌های نامه «سه نقطه»‌هایی مشاهده می‌شود.  اولین چاپ این کتاب اسفند ماه سال 74، یعنی یک سال بعد از درگذشت مرحوم سید احمد خمینی منتشر شده است و این رویه همچنان ادامه دارد!
این نامه طی این دو دهه با حذف 5 قسمت از آن، از سوی این موسسه منتشر شده است، قسمت‌هایی مهم که در آن حاج سید احمد آقا، نظر قاطع امام راحل(ره) درباره نهضت آزادی و جریان موسوم به ملی - مذهبی عنوان کرده  است.
به دنبال انتشار این گزارش، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه شاهد بیانیه‌ای صادر کرد که در بخشی از آن آمده است؛ «آنچه که این روزها قابل تامل و باعث شگفتی جامعه دانشگاهی شده است؛ تلاش برخی برای سانسور و کانالیزه‌سازی مرحوم سید احمد خمینی به سود یک جریان سیاسی خاص است؛ تلاشی که حتی در برخی موارد شخص امام‌(ره) را هم از سیاسی‌کاری‌هایش مصون نمی‌گذارد.
نگرانی از مسئله نهضت آزادی و همچنین ملی‌گرایان تا آنجایی بوده است که حتی امام خمینی(ره) در وصیت نامه سیاسی الهی خود، خطر لیبرال‌ها را گوشزد می‌کند و این نگرانی در نامه‌های حاج سید احمد خمینی نیز دیده می‌شود.»
محمدکاضم انبارلویی، رئیس مرکز سیاسی حزب مؤتلفه نیز در واکنش به این ماجرا خواستار توضیح و واکنش شفاف موسسه تنظیم و نشر آثار امام(ره) شد و گفت: یکی از گله‌هایی که مؤمنین و متدینین از این موسسه دارند این است که در دفاع از امام و خط امام و دستاوردهای علمی او در حوزه‌های مختلف واکنش‌های به هنگام داشته باشد.
محسن کوهکن نایب رئیس جبهه پیروان خط امام و رهبری نیز در خصوص این نامه و سانسور بخش‌هایی از آن گفت: ما به حاج سید حسن و سید علی خمینی حسن‌ظن داریم و فکر می‌کنیم که قطعا و یقینا آن‌ها به دلیل تعلقی که به حضرت امام و مرحوم حاج سید احمد خمینی دارند، از این مسائل مبرا هستند.
وی افزود: ما واقعا از موسسه حفظ آثار حضرت امام خمینی(ره) گلایه و انتقاد جدی داریم. سوالی که در اینجا مطرح می‌شود این است که اگر حضرت امام زنده بودند، مشی آن‌ها در این مسائل به چه شکلی بود؟ ما نگران این هستیم که خدایی ناکرده با بعضی از اقدامات که نامه‌ای چاپ شود و بخشی از آن نباشد و دیگرانی که این نامه را در اختیار دارند، اصل آن را چاپ کنند، ولو بر فرض هم که اصلاحی انجام دهند، اعتماد و اطمینان خاطری را که به موسسه وجود دارد زیر سوال می‌رود.