به گزارش تسنیم، مرتضوی در نامه عذرخواهی خود نوشت: برخورد بسیار شایسته از طرف خانواده‌های آسیب‌دیده قابل تقدیر و سپاس است لذا در همین رابطه رهبر معظم انقلاب اسلامی نیز به خاطر این متانت و بردباری و پیگیری از درون نظام و دست رد زدن به مداخله بیگانگان آنان را مورد تفقد قرار دادند؛ بنابراین مجدداً مراتب ادب و احترام و تجلیل خود را از مقام شامخ این خانواده‌های بزرگوار اعلام می‌نمایم.
در بخش دیگری از این نامه آمده است: در رابطه با حادثه تیرماه 88 که متعاقب فتنه بزرگ و توطئه پس از انتخابات ریاست جمهوری به وقوع پیوست (و منجر به فوت سه تن از زندانیان شد) رهبری معظم انقلاب به خاطر عمق فاجعه از آن به جنایت تعبیر فرمودند. به عنوان دادستان وقت عمیقاً ابراز تأسف و اعتذار می‌نمایم. اینجانب به سهم خود از محضر مقدس امام زمان، که صاحب اصلی انقلاب می‌باشند، روح بلند و ملکوتی امام راحل و شهیدان، رهبر عظیم‌الشأن انقلاب اسلامی و ملت بزرگوار و خانواده‌های این عزیزان صمیمانه پوزش طلبیده و ابراز تأسف و تأثر و اعتذار دارم و امیدوارم این اعتذار و دلجویی بتواند مرهمی بر این زخم و التیامی بر این داغ باشد.