محمدمهدی شرافت افزود: در سال 1390 درخواستی برای توسعه بقعه شیخ محمد خانقاه توسط هیئت امنای این مجموعه ارائه شد که پایگاه پژوهشی میراث فرهنگی میبد و اداره کل میراث فرهنگی با نظر مثبت این درخواست را بررسی و پس از تایید، ابلاغ کردند.
وی ادامه داد: برخلاف طرح ابلاغی، اخیرا بخشی از مجموعه بافت تاریخی بدون هماهنگی با میراث فرهنگی در سه مرحله تخریب شده که در این خصوص شکایتی تنظیم و پرونده حقوقی و قضایی با جدیت در دست پیگیری است.مدیرکل میراث فرهنگی یزد با قدردانی از همکاری دادستانی و مجموعه دستگاه قضایی در شهرستان میبد برای رسیدگی به موضوع تخریب بافت تاریخی این شهر گفت:‌ از افرادی که در زمان تخریب بافت تاریخی میبد در محل حضور داشتند، شکایت شده و هیئت امنای مجموعه بقعه شیخ محمد خانقاه را مقصر می‌‌دانیم.
ساشا ریاحی مقدم مدیر پایگاه پژوهشی شهر تاریخی میبد نیز گفت: با توجه به اهمیت موضوع به همراه کارشناسان حقوقی سازمان میراث فرهنگی در میبد حضور یافته و در نشستی با حضور دادستان این شهرستان، حکم قضایی توقف کار صادر شد تا موضوع در مراجع قضایی پیگیری شود.