بعد از فراخواندن سفرای امارات، عربستان و بحرین از قطر، اختلاف‌ها میان اعضای شورا بالا گرفت. مقامات دوحه با تشکیل جلسه‌ای با حضور مسئولان ارشد این کشور مخالفت قاطع خود را با طرح امنیتی شورای همکاری خلیج فارس اعلام کردند و این طرح را یک پروژه از طرف عربستان دانستند. مقامات قطری عنوان کردند در صورت موافقت با این طرح باید کلیه مصوبات شورا را که تحت نظارت عربستان است بپذیرند. هدف اصلی تشکیل شورای همکاری خلیج‌فارس مهار انقلاب ایران بوده ولی با وجود حمایت آمریکا این طرح با شکست مواجه شده است.علت همراهی نکردن کشورهای شورای همکاری خلیج‌فارس با طرح پیشنهادی عربستان یکی اعتماد نداشتن این کشورها به نیات و اهداف عربستان و دیگری تشدید اختلاف‌های درونی است.
به دلیل بی اعتمادی به ریاض و عملکرد سال‌های اخیر عربستان، کشورهای کوچک عضو این شورا حاضر نیستند واحدهای نظامی خود را تحت فرماندهی عربستان قرار دهند.
موضوع تشکیل سیستم امنیتی شورای همکاری خلیج‌فارس در نشست اخیر این شورا که 13 اسفند در ریاض برگزار شد باعث بروز اختلاف و شکاف میان اعضا گردید که در پی آن عربستان، امارات و بحرین سفرای خود را از دوحه فرا خواندند و این مسئله باعث عمیق‌تر شدن شکاف میان اعضای شورا شده است و این احتمال وجود دارد که قطر از شورای همکاری اخراج شود.ریاض در نظر دارد با پیشنهاد بسته امنیتی دامنه فعالیت سپر جزیره را افزایش دهد.