حجت‌الاسلام والمسلمین عبدالفتاح نواب رئیس دبیرخانه شورای عالی حوزه‌های علمیه در گفت‌وگو با ایرنا اظهار داشت: انتخاب حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی به عنوان مدیر حوزه‌های علمیه قطعی شده و طی مراسمی ضمن معرفی حجت‌الاسلام اعرافی از خدمات و تلاش‌های آیت‌الله سیدهاشم حسینی بوشهری تقدیر می‌شود.
آیت‌الله حسینی بوشهری پیش از این انتخاب به عنوان مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور فعالیت داشت.
اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه متشکل از آیات و حجج اسلام والمسلمین رضا استادی، مرتضی مقتدایی، علیرضا اعرافی، حسینی بوشهری، جواد مروی، سید احمد خاتمی و سیدمحمدی غروی توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم یک ماه قبل انتخاب و آیت‌الله استادی رئیس و مرتضی مقتدایی نیز نائب رئیس شدند.
یکی از رسالت‌‌های شورای عالی حوزه‌های علمیه در هر دوره انتخاب مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور است.
آیت‌الله حسینی بوشهری در دهه 80 حدود 10 سال مدیر حوزه‌های علمیه بود و بعد از وی آیت‌الله مقتدایی به مدت پنج سال مدیر حوزه‌های علمیه شد و بعد از آیت‌آلله مقتدایی، در تیر ماه 1391 مجددا آیت‌الله حسینی بوشهری تا امروز سکان حوزه‌های علمیه را در اختیار داشت.
اعرافی سال گذشته به عنوان امام جمعه موقت قم انتخاب شده بود.