زیباکلام در مصاحبه با سایت فرارو گفت: «سیدحسن خمینی برخلاف حضرت امام(ره) خیلی آدم سیاسی نیست و ایشان بیشتر به مرحوم حاج‌احمد و مرحوم حاج مصطفی شبیه هستند و عملا از ایشان حرکت شفاف و معنادار سیاسی نمی‌بینیم.»
وی ادامه داد: «در تحلیل نهایی ایشان یک روحانی غیرسیاسی است و خیلی وارد عرصه سیاست نخواهد شد.» ایشان سیاسی نیستند و بعید است یک روحانی سیاسی شوند.
زیباکلام در پاسخ به این سوال که اگر سیدحسن خمینی سیاسی نیست اساسا چرا وارد عرصه انتخابات خبرگان شد؟ گفت: من معتقدم آقای سیدحسن خمینی برای حضور در مجلس خبرگان توسط آقای هاشمی رفسنجانی ترغیب شد. یعنی اگر تصمیم صرفا برعهده ایشان بود اساسا کاندیدا نمی‌شدند؛ اما حضور ایشان در مجلس خبرگان به نفع آقای هاشمی بود چون با حضور ایشان، آقای روحانی، علوی و چند نفر دیگر می‌توانستند یک هسته‌ اعتدالی در برابر هسته رادیکال مجلس خبرگان بوجود آورند.
زیباکلام در پاسخ به این سوال که آیا سیدحسن خمینی قصد ندارد روزی کاندیدای انتخابات ریاست‌جمهوری شود، گفت: «خیر؛ من چنین تصوری ندارم و همانطور که عرض شد ایشان اصلا فردی سیاسی نیست. البته من نمی‌گویم ایشان مطلقا وارد جریان‌های سیاسی نمی‌شود؛ چرا که ممکن است در آینده بیشتر وارد حوزه سیاست شود؛ اما شواهد و قرائن نشان می‌دهد ایشان آخوند سیاسی نبوده و نیست.»
وی افزود: «در صحبت‌های ایشان شم سیاسی وجود ندارد و در یک کلام می‌توان گفت ایشان هیچگاه یک امام خمینی نمی‌شود».