شورای نگهبان نظر خود را درباره لایحه بودجه سال ۱۳۹۳ کل کشور مصوب جلسه مورخ ۲۰ بهمن‌ماه ۱۳۹۲ مجلس شورای اسلامی که در جلسات این شورا مورد بحث و بررسی قرار گرفت، اعلام کرد.
در بخشی از متن نامه محمدرضا علیزاده قائم مقام دبیر شورای نگهبان خطاب به علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی آمده است؛ جزءهای ۱ و ۲ بند (الف) و بندهای (ز) و (ح) و بند الحاقی ۱ به تبصره ۲، بندهای (ﻫ)، (و)، (ح)، (ط)، (ی)، (ک) و (ص) تبصره ۳، بند (ز) تبصره ۵، بند (ح) و جزء ۱ بند (ط) تبصره ۶، بند الحاقی ۲ به تبصره ۹، بندهای الحاقی ۱ و ۲ به تبصره ۱۱، تبصره ۱۳، بند (الف) و بند الحاقی به بند (د) و نیز بند الحاقی ۳ به بند (ﻫ) تبصره ۱۵، تبصره الحاقی ۹، تبصره الحاقی ۱۲، تبصره الحاقی ۱۳، تبصره الحاقی ۱۶، تبصره الحاقی ۱۷ و تبصره الحاقی ۲۰، مغایر اصل ۵۲ قانون اساسی شناخته شد.
 در ادامه این نامه آمده است،  بند (ن) تبصره ۳، مغایر اصل ۵۲ قانون اساسی است و همچنین از این حیث که گزارش مربوطه باید به مجمع نمایندگان استان‌ها تقدیم شود، مغایر اصول ۵۷ و ۶۰ قانون اساسی شناخته شد و بند الحاقی ۲ به تبصره ۳، مغایر اصل ۵۲ قانون اساسی است، همچنین این بند از این جهت که معلوم نیست آیا از قبل ملزم به تبعیت از قوانین و مقررات مربوط به ایثارگران بوده‌اند به موجب این قانون ملزم به تبعیت شده‌اند، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
شورای نگهبان درخصوص تبصره هدفمندی یارانه‌های مصوب مجلس هم اینگونه اظهار نظر کرد که تبصره ۲۱، چون موهم الزام دولت به ارائه لایحه است، مغایر اصل ۷۴ قانون اساسی شناخته شد. علاوه بر این، از حیث اینکه پس از رفع اشکال مذکور موجب به هم خوردن شاکله بودجه کل کشور می‌شود یا خیر؟ ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
همچنین در پایان این نامه آمده است؛ همانطور که طی نامه شمارة 92/۳۰/50906 مورخ 12/03/1392 این شورا در خصوص بودجه سال ۱۳۹۲ آمده و متأسفانه ظاهراً تا کنون اقدام مؤثری در این خصوص به عمل نیامده است؛ هر ساله در بودجه کل کشور مواردی که فاقد ماهیت بودجه‌ای است، منظور می‌گردد که همواره مورد اشکال این شورا است، شایسته است دولت و مجلس محترم ترتیبی اتخاذ نمایند تا موارد مذکور به صورت لایحه یا طرح قانونی مورد بررسی و تصویب قرار گیرند. این اشکال در برخی از تبصره‌های این مصوبه نیز وجود دارد که به اهم آنها در بند یک این نامه اشاره شده است.