ایشان ضمن اعلام سه روز عزای عمومی در کشور افزودند: مدیریت غلط و اقدامات ناشایسته‌ای که عامل این فاجعه بوده است نیز نباید از نظر دور بماند.
متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است.
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
فاجعه‌ مصیبت‌ بار امروز در منا که در آن جمع کثیری از ضیوف‌الرحمان و مومنانِ مهاجر الی‌الله از کشورهای گوناگون، جان باختند، اندوهی بزرگ در جهان اسلام پدید آورده و عید آنان را عزا کرده است. در میهن عزیز ما نیز دهها خانواده که مشتاقانه در انتظار عزیزان حج‌گزار خود بودند، اکنون به عزای آنان نشسته‌اند. اینجانب با قلبی سرشار از غم و همدردی با مصیبت‌دیدگان، این حادثه اندوهبار را به روح مطهر حضرت رسول اعظم (صلی الله علیه و آله) و به ساحت مقدس ولی الله الاعظم حضرت صاحب‌الزمان (اروحنا فداه) که صاحب‌عزای اصلی است، و به همه بازماندگان و عزاداران در سراسر جهان اسلام به ویژه در ایران عزیز تسلیت عرض می‌کنم و رحمت خاصه‌ خداوند غفور و رحیم و شکور را برای این میهمانان گرامیش و شفای عاجل آسیب‌دیدگان و مجروحان را از درگاه عطوفتش مسألت می‌نمایم و یادآور می‌شوم:
۱. مسئولان نمایندگی اینجانب و سازمان حج تلاش طاقت‌فرسای خود در شناسایی جان‌باختگان و معالجه مجروحان و اعزام به کشور و خبررسانی سریع را که سراسر امروز بدان مشغول بودند همچنان ادامه دهند و همه کسانی که توانایی دارند به آنان کمک کنند.
۲. هر گونه کمک ممکن را به حجاج دیگر کشورها نیز تعمیم دهند و حق برادری اسلامی را به انجام رسانند.
۳. دولت سعودی موظف است مسئولیت سنگین خود را در این حادثه‌ تلخ پذیرفته و به لوازم آن به قاعده‌ حق و انصاف عمل کند. مدیریت غلط و اقدامات ناشایسته که عامل این فاجعه بوده نباید از نظر دور بماند.
۴. جان‌باختگان این حادثه انشاالله مشمول این کلام نورانی قرآن‌اند که: «و من یخرج من بیته مهاجرا الی الله و رسوله ثم یدرکه الموت فقد وقع اجره علی الله» این برای بازماندگان، تسلای بزرگی است. آنان پس از طواف و سعی و پس از ساعات پربرکت عرفات و مشعر و در حال انجام مناسک حج به دیدار معبود شتافته‌اند، و انشاالله مورد لطف و رحمت ویژه احدیتند. اینجانب با تسلیت دوباره به عزاداران، سه روز عزای عمومی در کشور اعلام می‌کنم.

والسلام علی عباد الله الصالحین
سید علی خامنه‌ای
دوم مهر یکهزار و سیصد و نود و چهار