متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسمه تعالی
درگذشت عالمِ عامل و پرهیزگار مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ ابوالقاسم خزعلی رحمت‌الله‌علیه را به خاندان محترم و همه‌ بازماندگان و نیز به دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. عمر با برکت این روحانی با فضیلت، سرشار از نقطه‌های درخشان است، سالیان دراز بهره‌گیری از درس امام خمینی و دیگر فقهای بزرگ در قم و مشهد، همراهی با امام بزرگوار از آغازین روزهای نهضت انقلابی و دفاع شجاعانه از آن بزرگمرد و در دوران دشوار اختناق طاغوتی با بیانی رسا و صریح، حضور در مسئولیت‌های سنگین پس از پیروزی و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان، صبر جمیل بر شهادت فرزندش در قم و در هنگامه‌ حرکات انقلابی ملت ایران و آنگاه حفظ قرآن و انس با آن و با دریای بی پایان حدیث و نیز فعالیت بلند مدت در تبلیغ و بیان معارف اسلامی، و آنگاه ثبات قدم در خط اصیل و صراط مستقیم انقلاب در همه حال و تا پایان زندگی...
اینها سرفصل‌های مهم زندگی این عالم متقی و پرکار است که در دیوان الهی مضبوط و مأجور است انشاءالله.
رحمت و مغفرت الهی برای آن بزرگوار مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
۲۵ شهریور ۱۳۹۴