حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در این حکم، با اشاره به اهمیت شورای عالی فضای مجازی در «مواجهه هوشمندانه و مقتدرانه با تحولات این عرصه»، و همچنین وظیفه اصلی این تشکیلات یعنی «سیاستگذاری، مدیریت کلان و برنامه‌ریزی و تصمیم‌گیری‌های لازم و به ‌هنگام و نظارت و رصد کارآمد و روزآمد در فضای مجازی»، ۱۰ محور مهم وظایف و مأموریت‌های شورای عالی فضای مجازی را ابلاغ کردند.
متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
پیدایش فضای مجازی در چند دهه اخیر یکی از بزرگترین نمادهای تحول جهانی است. رخدادی که تأثیرات شگرف آن هر روز در ابعاد فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی، سیاسی، امنیتی و دفاعی در عرصه ملی و بین‌المللی نمود بیشتری پیدا می‌کند.
اکنون  بیش از سه سال از تشکیل شورای عالی فضای مجازی می‌گذرد: شورایی که با مرکز ملی فضای مجازی وابسته به آن، به عنوان نقطه کانونی مواجهه هوشمندانه و مقتدرانه با تحولات پرشتاب این عرصه، برای استفاده از فرصت‌ها و ظرفیت‌ها و مقابله با آسیب‌ها و تهدیدات آن شناخته شده است.
وظیفه اصلی این تشکیلات سیاستگذاری، مدیریت کلان و برنامه‌ریزی و تصمیم‌گیری‌های لازم و به‌ هنگام و همچنین نظارت و رصد کارآمد و روزآمد در این عرصه می‌باشد. لذا لازم است با توجه به تحولات سریع و پیچیده در این میدان از یک طرف و نیازهای واقعی و متراکم کشور از طرف دیگر، خود را برای انجام رسالتی سنگین در یک دوره چهار ساله آماده کند.
اینجانب ضمن تأکید بر مفاد حکم اولیه تشکیل شورا و پیوست آن، ضروری می‌دانم که نکات و موارد زیر، مورد اهتمام و توجه جدی رئیس و اعضای محترم شورای عالی فضای مجازی قرار گیرد.
۱- انحلال شوراهای عالی مصوب در گذشته که موازی این شورا هستند، به ‌منظور تحکیم جایگاه فراقوه‌ای و موقعیت‌محوری و کانونی شورای عالی و نیز انتقال وظایف آن شوراها به شورای عالی فضای مجازی.
۲- تثبیت و تقویت جایگاه مرکز ملی فضای مجازی به عنوان بازوی شورای عالی فضای مجازی در جهت تحقق تصمیمات آن شورا با وظایف: رصد وضعیت جاری فضای مجازی و پیش‌بینی و آینده‌نگری تحولات دراین فضا در سطح ملی و بین‌المللی،‌ ایجاد هماهنگی و هم‌افزایی میان وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و نهادهای مختلف ذی‌ربط در ابعاد علمی، فنی، ‌اقتصادی، ‌بازرگانی، ‌حقوقی، انتظامی، ‌امنیتی و دفاعی مرتبط با فضای مجازی و نظارت مستمر بر عملکرد دستگاه‌ها و بخش‌های ذی‌ربط در چارچوب مصوبات شورای عالی.
۳- ارتقای جمهوری اسلامی ایران به قدرت سایبری در طراز قدرت‌های تأثیرگذار جهانی و برخورداری از ابتکار عمل و قدرت تعامل با دیگر کشورها در جهت شکل‌دهی به قواعد و قوانین مرتبط با فضای مجازی در عرصه جهانی با رویکرد اخلاق‌مدار و عادلانه.
۴- اهتمام ملی و همه‌جانبه و سرمایه‌گذاری جدی در امر ایجاد و توسعه انواع فناوری‌ها و صنایع کاملا پیشرفته و رقابتی خصوصا با استفاده و ایجاد رشته‌های نوین دانشگاهی و تربیت سرمایه‌های انسانی متعهد،‌ متخصص و کارآمد مورد نیاز در بخش‌های سخت‌افزاری و نرم‌افزاری، محتوایی و خدماتی در تمامی ابعاد فضای مجازی به‌ویژه در برنامه ششم توسعه و برنامه‌ریزی سالانه کشور.
۵- تسریع در راه‌اندازی شبکه ملی اطلاعات پس از تصویب طرح آن در شورای عالی و نظارت مستمر و مؤثر مرکز ملی بر مراحل راه‌اندازی و بهره‌برداری از آن.
۶- اهتمام ویژه به سالم‌سازی و حفظ امنیت همه‌جانبه فضای مجازی کشور و نیز حفظ حریم خصوصی آحاد جامعه و مقابله مؤثر با نفوذ و دست‌اندازی بیگانگان در این عرصه.
۷- ترویج هنجارها، ‌ارزش‌ها و سبک زندگی اسلامی ایرانی و ممانعت از رخنه‌ها و آسیب‌های فرهنگی و اجتماعی در این عرصه و مقابله مؤثر با تهاجم همه‌جانبه فرهنگی و نیز ارتقای فرهنگ کاربری و سواد فضای مجازی جامعه.
۸- احراز جایگاه و سهم مناسب برای اقتصاد دانش‌بنیان در فضای مجازی در چارچوب سیاست‌های اقتصاد مقاومتی کشور و برنامه‌ریزی همه‌جانبه برای بهبود شرایط کسب وکار مرتبط با فناوری‌های مجازی و بهره‌گیری از فرصت‌های اشتغال‌زایی و نیز رونق محتوا، خدمات و تجارت در این عرصه.
۹- توسعه محتوا و خدمات کارآمد و رقابتی منطبق بر ارزش‌ها و فرهنگ اسلامی – ایرانی در تمامی قلمروهای مورد نیاز جامعه و جلب مشارکت‌های مردمی و بکارگیری ظرفیت‌های بخش خصوصی در این زمینه.
۱۰- تدوین و تصویب نظام‌های امنیتی، حقوقی، قضایی و انتظامی مورد نیاز در فضای مجازی.
ترکیب اعضای حقوقی و حقیقی شورای عالی فضای مجازی برای دوره جدید به شرح زیر اعلام می‌شود:
اعضای حقوقی این شورا عبارتند از: رئیس‌جمهور (رئیس شورای عالی)، رئیس مجلس شورای اسلامی، رئیس قوه قضائیه، رئیس سازمان صداوسیمای جمهوری اسلامی ایران، دبیر شورای عالی و رئیس مرکز، دادستان کل کشور، وزیر ارتباطات و فناوری اطلاعات، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی، وزیر علوم،تحقیقات و فناوری، وزیر اطلاعات، وزیر آموزش و پرورش، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح کشور، معاون علمی و فن‌آوری رئیس‌جمهور، رئیس کمیسیون فرهنگی مجلس  شورای اسلامی، رئیس سازمان تبلیغات اسلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، فرمانده نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران و همچنین اعضای حقیقی:  حجج‌اسلام و آقایان دکتر سیدسعیدرضا عاملی، دکتر حمید شهریاری، دکتر رضاتقی‌پور، دکتر مهدی اخوان بهابادی، مهندس مسعود ابوطالبی، دکتر کامیار ثقفی، دکتر رسول جلیلی و مهندس سیدعزت‌الله ضرغامی.
از خداوند متعال توفیق خدمتگزاری روزافزون برای همه‌ حضرات مسئلت می‌کنم.

سید علی خامنه‌ای
۱۴/ شهریور/ ۱۳۹۴