حدود ۱۵۰۰روز قبل ساعت ۲۲:۳۰ در یکی از شب‌های تیرماه سال ۹۰ طلبه جوانی به نام «علی خلیلی» توسط  «احسان» با ضربه چاقو  مجروح شد.
این حادثه که در آن سال برای چندمین بار در پایتخت رخ داده بود، سرتیتر رسانه‌ها قرار گرفت. ولی پس از ۲۴ ساعت مشخص می‌شود که برخی از بیمارستان‌ها از پذیرش این جوان غرق به خون خودداری کرده‌اند که با ورود وزیر بهداشت متخلفان به سرعت شناسایی و به دستگاه قضا معرفی شدند. ماجرای علی خلیلی به دستگاه قضا کشیده شد و دادستان تهران و دادستان کشور وعده دادند این گونه جرایم را در لیست «جرایم خاص» قرار داده و به سرعت رسیدگی کنند تا اینکه بالاخره در اواخر فروردین ماه سال ۹۲ حکم دادگاه برای احسان، متهم اصلی پرونده صادر شد.
اسکندری وکیل مدافع علی خلیلی طلبه ناهی از منکر، در آن زمان گفت: قاضی دادگاه متهم ردیف اول پرونده را به ۳ سال حبس و همچنین پرداخت ۳۵ میلیون تومان دیه محکوم کرده است. پس از صدور رای خانواده علی خلیلی از طریق وکیل خود به دادگاه تجدید نظر اعتراض کرد و پرونده وارد دادگاه تجدید نظر شد.
اعتراض به عدم بازدارندگی رای
مشتاق‌فر مادر علی خلیلی گفته بود که اعتراض ما به دیه نیست، زیرا اساس خواسته ما رسیدگی به موضوع دیه نبوده، بلکه می‌خواهم بدانم آیا مجازات جرم و اقدامی که فرزند من به خاطرش به آن دنیا رفت و برگشت، کافی است؟ قوه ‌قضائیه باید پاسخ دهد چرا این حکم را که هیچ قاطعیتی در آن وجود ندارد و احتمال تکرار جرم را ممکن می‌کند، صادر کرده است؟!
مادر این روحانی جوان در پاسخ به اینکه آیا وزیر بهداشت وقت (مرضیه دستجردی) به قول خود برای تامین هزینه‌های درمان فرزندتان عمل کرد، عنوان داشته بود که هزینه‌های بیمارستان عرفان پرداخت شد ولی پس از ترخیص هزینه‌های فرزندم اعم از فیزیوتراپی و... برعهده خودمان است.
علی خلیلی بهمن ماه ۱۳۹۲ به دلیل عوارض عمل‌های جراحی قبلی (در سال ۹۰ ) در بیمارستان عرفان تهران بستری شد و پزشکان اعلام کردند به دلیل پایین آمدن پلاکت خون و بالا رفتن گلبول‌های سفید که ناشی از عوارض عمل قبلی است، بدن بیمار دچار اختلال در خون‌رسانی شده بود و حتی قادر به پیوند اعضا هم نبود.  روده‌ها، معده و بخشی از ریه هم تخلیه شد و پزشکان گفتند احتمال تخلیه کلیه و کبد وجود دارد.
طول درمان علی خلیلی ادامه داشت تا اینکه این روحانی جانباز ناهی از منکر، ساعت ۱۹ یکشنبه ۳ فروردین ماه ۱۳۹۳ بر اثر بیماری طولانی پس از جراحات وارده، دعوت حق را لبیک گفت و به فیض شهادت نایل شد.
پرونده شهید خلیلی در دادگاه
پس از شهادت علی خلیلی پرونده بار دیگر به دادگاه رفت و قاضی اصغرزاده رئیس شعبه ۱۱۳ دادگاه کیفری استان تهران ۲۷ مهرماه ۱۳۹۳ گفت: رای صادر شده و حکم قصاص است، اما مسلما به رای صادره در مورد پرونده ضارب شهید خلیلی اعتراض می‌شود.
به گزارش مهر، با ابلاغ گزارش پزشکی قانونی به متهم، ۳۰ شهریور ماه دومین جلسه محاکمه ضارب شهید خلیلی برگزار شد و در نهایت دادگاه، ضارب طلبه آمر به معروف و ناهی از منکر را به «قصاص نفس» محکوم کرد، اما با اعتراض متهم به رأی صادره، پرونده برای رسیدگی در مرحله تجدید‌نظر به دیوان عالی کشور ارسال شد.
محسن افتخاری سرپرست دادگاه کیفری استان تهران، خردادماه سال جاری در مورد پرونده علی خلیلی گفت: پرونده عامل شهادت علی خلیلی، طلبه ناهی از منکر که به دیوان عالی کشور ارجاع شده بود، با تأیید حکم اعدام از سوی شعبه رسیدگی کننده، به دادگاه کیفری بازگشت و در روزهای آینده حکم اجرا می‌شود.
رضایت خانواده شهید به امید لبخند رهبر
صبح سه شنبه ۳ شهریور، خانواده علی خلیلی با انتشار بیانیه‌ای از حق خود در قصاص قاتل فرزند شهیدشان گذشتند. در بخشی از این بیانیه آمده است: فرزند شهیدمان! علی‌رغم همه قصورها، کوتاهی‌ها و گاه دلشکستگی‌هایی که طی این ۴ سال در حق ما روا شد، ما نیز به تو اقتدا کرده و با استعانت از الطاف خفیه الهی و با توسل به قلب عالم امکان، حضرت بقیة‌الله‌الاعظم ارواحنا‌ له‌الفدا، به امید یک لبخند آقا و رهبرمان حضرت آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای، بدون ذره‌ای چشم‌داشت مراتب گذشت قاطع و منجز خویش را از حق قصاص خود به اطلاع عموم مردم حزب‌الله ایران می‌رسانیم.
روح این شهید والامقام با شهدای کربلا محشور باد.