مجله بخارا که چندی قبل با چاپ شعری از حجاب، نماد عفاف و حجاب را به سخره گرفته بود این بار با چاپ مقاله‌ای از داریوش شایگان از سردبیران فصلنامه «ایران‌نامه» (ارگان اشرف پهلوی) چاپ خارج در آخرین شماره فصلنامه بخارا با عنوان «سفر من در قرن پانزدهم میلادی» به دفاع از ارتداد پرداخت.
داریوش شایگان در این مقاله آورده است: «تصور کنید اگر با آگاهی امروز به قرن پانزدهم باز می‌گشتیم، چه می‌شد؟ شاید در گذر از سطوح فرهنگی گوناگون، به جرم بت‌پرستی و الحاد، نفی و طرد و تکفیرشان نمی‌کردیم، بلکه خود را با پیام پنهانشان هم‌نوا می‌ساختیم و به سخنانشان گوش جان می‌سپردیم.»
شایگان در ادامه این مقاله پایبندی به دین و هویت اسلامی- ایرانی را امری متعلق به جهان قدیم و کهنه می‌داند که برای رسیدن به «هویت مدرن» باید از قید دین و رسوبات باستانی خلاص شد. وی می‌نویسد:« انسان شرقی بدون جذب سراسر تاریخ پنج قرن اخیر ]پس از رنسانس[، که خود تجسم آن است، بدون فراگیری هویت مدرن که با رسوبات باستانی او سر سازگاری ندارد، هرگز انسان زمان خود نخواهد شد.»
تئوریسین بنیاد فرح پهلوی در ادامه جدیدترین نظریه‌پردازی‌های خود تکلیف انسان‌شرقی را نیز برای «رهایی از دین» و «مدرن شدن» مشخص کرده و ادامه می‌دهد: «تکلیف او خلاف تکلیف انسان غربی است. او باید خود را از تعبیر بازمانده جهان مندرس خلاص سازد و زمینه را برای فهم این گسستی که پیامدهایش را در ناخودآگاه خود بر دوش می‌کشد، آماده کند.»
شایگان «دین»، «سنت» و «هویت تاریخی» را موانع مدرن شدن فرض می‌کند و غرب را به دلیل دریدن این پرده‌ها می‌ستاید: «این پرده برای انسان غربی دیر زمانی است که دریده شده، برای انسان شرقی هنوز به کلی پس نرفته است.»
شایگان پس از فروپاشی رژیم طاغوت و تغییر سیاست‌های آمریکا در ایران، با حلقه شاگردانش مانند رامین جهانبگلو به ترویج گفتمان‌های سکولار و «هویت‌زدا»  روی آوردند تا جایی که روابط مخفی شایگان و رامین جهانبگلو با سفارتخانه‌های اروپایی- آمریکایی در تهران واکنش‌های منفی‌ای حتی در محافل روشنفکری برانگیخت و «فرج سرکوهی» (سردبیر سابق ماهنامه آدینه و از تحلیلگران فعلی رادیو فردا) در دهه 1370 در مقاله‌ای به انتقاد از این روابط مخفی پرداخت.
وی چند سال سردبیر فصلنامه «ایران‌نامه»  ارگان مطبوعاتی «بنیاد مطالعات ایران» (به ریاست اشرف پهلوی) در واشنگتن را عهده‌دار بود و با نشریات اصلاح‌طلبان در داخل کشور از جمله ماهنامه بخارا  همکاری نزدیکی داشت.
فعالیت‌های داریوش شایگان در دوران حاکمیت حزب کارگزاران اوج گرفت تا جایی که وی به همراه جمعی از همفکرانش نشر «فرزان روز» را راه انداخت و جایزه ناشر برگزیده را از مهاجرانی دریافت کرد. شایگان در ماجرای محاکمه غلامحسین کرباسچی به دفاع و قهرمان‌سازی از شهردار وقت تهران پرداخت و او را بزرگترین شهردار خاورمیانه نامید. به گفته برخی کارشناسان ریشه دفاع شایگان از کرباسچی، روابط پنهان این عامل ضدانقلاب و سلطنت‌‌طلب با شهرداری تهران و در اختیار گرفتن انحصار بخشی از پروژه‌های اقتصادی بود. گفتنی است در سالهای موسوم به اصلاحات در جلد 8 مجموعه کتاب‌های تاریخی «نیمه پنهان»  دفتر پژوهش‌های موسسه کیهان به کارنامه و زندگی‌نامه داریوش شایگان پرداخته شده است.