پیرو اظهارات آقایان صادق زیباکلام و احمد شیرزاد در دانشگاه تهران و زیر سوال بردن فعالیت های هسته ای کشورمان،‌ معاون پژوهش فارس طی نامه‌ای کتاب «بحران ساختگی:‌داستان ناگفته هراس از ایران هسته‌ای» را که توسط انتشارات فارس ترجمه و منتشر شده، برای این دو تن ارسال کرد. صادق زیباکلام نیز اخیرا با انتشار مطلبی در صفحه شخصی خود در فیس بوک، پاسخ این نامه را داد.
جبرائیلی نیز در بخشی از پاسخ خود به زیباکلام تاکید کرده است : بحث اصلی ما با شما اما بر سر سخنان و مواضعتان درباره برنامه هسته‌ای است. شما حق ندارید به سبب اینکه تریبونی در اختیار دارید و به سبب جنس سخنانتان مورد توجه رسانه‌های داخل و خارج قرار می‌گیرید، بر اساس برداشت‌های اشتباه و بی پایه شخصی، دستاوردهای یک ملت را تحقیر کنید، دشمنی‌های دشمن را تقلیل دهید و همه تقصیرها را به گردن ایران بیندازید و بعد، ‌در گوشه نشسته و صحنه را تماشا کنید.
معاون خبرگزاری فارس در این نامه تاکید کرده است : جنابعالی در نامه 15 شهریور 93 خود به آقای شریعتمداری، بدون اینکه استدلال خاصی ارائه کنید، تاکید کرده‌اید تحریم‌های آمریکا بعد از توافق ژنو،‌ «جدید» نبوده‌اند و اجرای مصوبات قبلی کنگره بوده‌اند. رجوع به متن توافق ژنو به ما می‌گوید طرف تعهد در این توافقنامه(برنامه اقدام)، قوه مجریه آمریکاست (The U.S. Administration). دولت یعنی «قوه مجریه آمریکا» متعهد شده که «در چارچوب اختیارات قانونی رئیس جمهور و کنگره ازتحمیل تحریم‌های جدید هسته‌ای خودداری» کند. وی ادامه داده است : معنای این عبارت این است که قوه مجریه در چارچوب اختیارات خود از اعمال (impose) تحریم‌های جدید خودداری کند،‌ بلکه اگر اختیارات رئیس جمهور اجازه داد، حتی در صورت تصویب قانون تحریم در کنگره، از اعمال آن خودداری کند. می‌دانیم که قوه مجریه آمریکا توان تصویب قانون تحریم ندارد و اختیاراتش فقط در حوزه اعمال قوانین است. لذا دولت آمریکا اساسا نمی‌تواند در رابطه با تصویب و یا عدم تصویب قانون جدید تحریم تعهدی بدهد و تعهدی که داده است در حوزه اجرای قوانین است. به عبارت دقیق‌تر و عملیاتی‌تر، دولت آمریکا تعهد داده است در اجرای قوانین تحریم، از اعمال تحریم بر اشخاص حقیقی و حقوقی جدید خودداری کند، اما بعد از توافق ژنو،‌ بارها و بارها این کار را کرده و اشخاص حقیقی و حقوقی جدیدی را به دو لیست SDN و Entity List در وزارتین خزانه داری و بازرگانی افزوده است.
جبرائیلی در پایان تاکید کرده است : لطفا بفرمائید شما دقیقا چه برداشت و فهمی از متن توافق ژنو، عبارت The U.S Administration‌ و کل بند 7 از صفحه سوم متن توافق داشته‌اید که تحریم‌ها را «جدید» نمی‌دانید؟