سابقه و سن کنکور و سازمان سنجش آموزش کشور در کشور به ۵۵ سال می‌ رسد. وزارت علوم و آموزش عالی وقت به منظور 

حل مسئله گزینش دانشجو، مرکز آزمون شناسی را در بهمن ماه ۱۳۴۷ تأسیس کرد تا با همکاری دانشگاه‌ها، مقررات ورود به آموزش عالی را تدوین و اجرا کند.

با افزایش تعداد متقاضیان ورود به آموزش عالی 

و گسترش دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، وجود تشکیلات وسیع‌تری با شرح وظایف مشخص برای گزینش دانشجو ضروری به نظر می‌رسید لذا در بهمن ماه سال ۱۳۵۴ تشکیلات سازمان سنجش آموزش کشور با سه حوزه معاونت فنی و پژوهشی، اجرائی و نظارت بر امور دانشگاه‌ها به تصویب رسید و با همین تشکیلات تا سال ۱۳۶۰ به کار خود ادامه داد. در سال ۱۳۶۰ بر اساس طرح ادغام سازمان‌های وابسته به وزارتخانه، سازمان سنجش آموزش کشور منحل و وظایف آن به اداره کل گزینش دانشجو در حوزه معاونت دانشجویی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری واگذار شد.

با توجه به حجم فعالیت‌های تحقیقاتی و اجرائی به ویژه در زمینه پذیرش و گزینش دانشجو، افزایش تعداد داوطلبان ورود به نظام آموزش عالی و حساسیت بیش از پیش مراحل مختلف امر گزینش دانشجو، در فروردین ماه سال ۱۳۶۸، تشکیلات سازمان سنجش آموزش کشور با سه معاونت اجرائی، فنی و پژوهشی و گزینش به تصویب سازمان امور اداری و استخدامی رسید و در تاریخ ۲۸ شهریورماه ۱۳۶۸ شرح وظایف و پست‌های مصوب سازمان ابلاغ شد.

در مهرماه سال ۱۴۰۲ پس از ۵۵ سال یک تحول بزرگ در سازمان سنجش ایجاد شد و با دستور سید ابراهیم رئیسی، رئیس‌جمهور سابق شهید و رئیس وقت شورای عالی انقلاب فرهنگی ماده واحده‌ای مبنی بر تشکیل سازمانی ملی با عنوان «سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور» ابلاغ شد. این موضوع در جلسه ۸۸۳ شورای عالی انقلاب فرهنگی ۳۰ خرداد ۱۴۰۲ مصوب شده بود و در ۹ مهر ۱۴۰۲ ابلاغ شد.

بر اساس این مصوبه «سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور» با هدف استقرار نظام جامع رصد، نظارت، ارزیابی، اعتبارسنجی، رتبه‌بندی و تضمین کیفیت در نظام آموزش کشور و به‌منظور تحقق مفاد بند ۱۳ سیاست‌های کلی ایجاد تحول در نظام آموزش و پرورش و بند ۲-۳ سیاست‌های کلی علم وفناوری مبنی بر «استقرار نظام جامع رصد، نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت در نظام آموزش ‌و پرورش» و «ساماندهی و تقویت نظام‌های نظارت، ارزیابی، اعتبارسنجی و رتبه‌بندی در حوزه‌های علم و فناوری»؛ تصمیم‌سازی درخصوص ایجاد مرجعیت حرفه‌ای و استقلال نهادی ایجاد شده است.

مقرر شده است «سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور» با بهره‌گیری از ظرفیت‌های تخصصی نهادهای علمی کشور متمرکز بر راهبری، ارزیابی و ایفا نقش نظارتی با مأموریت ایجاد مرجعیت واحد در دو محور ارزشیابی، اعتبارسنجی و تضمین کیفیت نظام آموزش کشور (اعم از آموزش و پرورش و آموزش‌عالی در دو حوزه پزشکی و غیرپزشکی) و سنجش توانمندی‌های آموزشی، به‌صورت هیئت امنایی و با التزام به عدم ایجاد بار مالی جدید و افزایش اندازه دولت، به صورت یک سازمان مستقل زیر نظر رئیس‌جمهور تشکیل شود.

حسین سیمایی صراف درباره آخرین تغییرات سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور گفت: در جلسه اخیر شورای عالی 

انقلاب فرهنگی به این نتیجه رسیدند که اساسنامه فعلی سازمان و مصوبه قبلی شورای عالی 

انقلاب فرهنگی درباره مستقل شدن سازمان ملی سنجش و اینکه یک نهادی زیر نظر ریاست جمهوری باشد را معلق کنند تا به وضعیت قبل بازگردد.

وی ادامه داد: تا اینکه یک کارگروهی این موضوع را بررسی کرده و تصمیم نهائی را به صحن شورای عالی انقلاب فرهنگی پیشنهاد دهد، در آن صورت شورای عالی انقلاب فرهنگی تصمیم گیری می‌کند ادامه کارسازمان به چه شکل باشد.

وزیر علوم درباره اینکه وزیر علوم باید رئیس سازمان ملی سنجش را تعیین کند گفت: بله منتظر استعلام هستم، دوستان می‌گویند استعلام نمی‌گیرید، ما الان سازمان را بدون متصدی نگاه داشته‌ایم تا استعلام بگیریم.

سازمان ملی سنجش در جلسه ۸۸۳ شورای عالی انقلاب فرهنگی در خرداد ۱۴۰۲ مصوب و در ۹ مهر توسط شهید رئیسی ابلاغ شد. این سازمان با هدف استقرار نظام جامع رصد، نظارت، ارزیابی، اعتبارسنجی، رتبه‌بندی و تضمین کیفیت در نظام آموزش کشور و به‌منظور تحقق مفاد بند ۱۳ سیاست‌های کلی ایجاد تحول در نظام آموزش و پرورش و بند ۲-۳ سیاست‌های کلی علم وفناوری مبنی بر «استقرار نظام جامع رصد، نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت در نظام آموزش و پرورش» و «ساماندهی و تقویت نظام‌های نظارت، ارزیابی، اعتبارسنجی و رتبه‌بندی در حوزه‌های علم و فناوری»؛ تصمیم‌سازی درخصوص ایجاد مرجعیت حرفه‌ای و استقلال نهادی ایجاد شد.

همچنین مقرر شد «سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور» با بهره‌گیری از ظرفیت‌های تخصصی نهادهای علمی کشور متمرکز بر راهبری، ارزیابی و ایفای نقش نظارتی با مأموریت ایجاد مرجعیت واحد در دو محور ارزشیابی، اعتبارسنجی و تضمین کیفیت نظام آموزش کشور (اعم از آموزش و پرورش و آموزش عالی در دو حوزه پزشکی و غیرپزشکی) و سنجش توانمندی‌های آموزشی، به‌صورت هیئت امنایی و با التزام به عدم ایجاد بار مالی جدید و افزایش اندازه دولت، به صورت یک سازمان مستقل زیر نظر رئیس‌جمهور تشکیل شود.

اساسنامه «سازمان ملی سنجش و ارزشیابی نظام آموزش کشور» با محوریت ستاد تعلیم و تربیت دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی و با همکاری ستاد علم و فناوری دبیرخانه، سازمان اداری و استخدامی کشور، سازمان برنامه و بودجه، وزارت آموزش و پرورش، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه آزاد اسلامی، تدوین و به تصویب به شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.

با تصویب اساسنامه سازمان جدید، شهید رئیسی همچنان پورعباس را به عنوان سرپرست این سازمان منصوب کرد؛ پیش از اینکه سازمان ملی سنجش راه‌اندازی شود، سکانداری «سازمان سنجش آموزش کشور» بر عهده «عبدالرسول پورعباس» بود.

پس از شهادت رئیس‌جمهور، با حکم محمد مخبر سرپرست ریاست جمهوری و رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی «سعیدرضا عاملی»، «منصور کبگانیان»، رؤسای دانشگاه صنعتی شریف، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید بهشتی، «رجبعلی برزویی»، «ابراهیم سوزنچی»، «رضامراد صحرایی» و «جمیله علم الهدی» به عنوان اعضای متخصص و صاحبنظر در حوزه سنجش و ارزشیابی آموزشی برای عضویت در هیئت امنا سازمان به مدت ۴ سال انتخاب شدند.

اخیراً جلسه ۹۰۸ شورای عالی انقلاب فرهنگی، روز سه‌شنبه ۲۹ آبان ۱۴۰۳ به ریاست دکتر مسعود پزشکیان رئیس‌جمهور و با حضور دکتر محمد باقر قالیباف رئیس‌مجلس شورای اسلامی، حجت‌الاسلام و المسلمین محسنی اژه‌ای رئیس قوه قضائیه و اعضای این شورا، در سالن شهید بهشتی نهاد ریاست جمهوری برگزار شد.

دراین جلسه مسعود پزشکیان رئیس‌جمهور با بیان اشکالات ساختاری مصوبه تشکیل سازمان ملی سنجش و نظام آموزش کشور زیر نظر رئیس‌جمهور، خواستار بازنگری آن شد و تأکید کرد که چنین مصوبه‌ای استقلال دانشگاه‌ها و نقش وزارت علوم را تحت‌الشعاع قرار می‌دهد.

در ادامه حجت‌الاسلام عبدالحسین خسروپناه دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی درخصوص تشکیل سازمان ملی سنجش و نظام ارزشیابی آموزشی گفت: ماه‌هاست تفاوت دیدگاه در این‌باره وجود دارد که قرار شد کارگروهی متشکل از رئیس سازمان اداری و استخدامی، وزارت علوم، وزارت بهداشت و برخی از اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی موضوع مورد بازنگری تشکیل شود.