شهریورماه سال 1367 مهندس موسوی به بهانه‌ اینکه اختلافاتی با مجلس - نه با رئیس‌جمهور - بر سر انتخاب وزرا دارد، یا در سیاست خارجی فعّالیّت‌هایی می‌شود که دولت از آن بی‌خبر است، نامه‌ استعفائی خطاب به رئیس‌جمهور نوشت. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اینکه نخست‌وزیر مدّنظرشان فرد دیگری بود، از نظر حضرت امام(قدّس‌سرّه) تبعیّت کرده و مهندس موسوی را معرّفی کرده بودند؛ حتّی درباره‌ تعیین وزیران، با رأی هیئت سه نفره‌ منصوب امام، تقریباً در تمامی موارد نظر مهندس موسوی بر نظر رئیس‌جمهور غلبه یافته بود، امّا اینک مهندس موسوی به این دلیل که درباره‌ تعیین وزیران با مجلس اختلاف‌نظر دارد، استعفا می‌کرد. 

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در نامه‌ای که در پاسخ به استعفای مهندس موسوی نوشتند، به وی یادآوری کردند که در قضیّه‌ تعیین وزیران، همواره مشکل میان رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر با حکمیّت هیئت سه نفره‌ منصوب امام(قدّس‌سرّه) حل شده و نتیجه مورد استقبال او بوده است، امّا درباره‌ مشکل میان نخست‌وزیر و مجلس درباره‌ وزیران، «شما اگر مجلس را مرجع واقعی می‌دانید، نباید از عرضه‌ دولت به مجلس و خواستن رأی اعتماد، استنکاف کنید. اگر مجلس به دولت رأی ندهد راه‌های قانونی برای تشکیل دولت جدید وجود دارد.»1 

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه‌ این نامه نوشتند با وجود اختلاف‌نظرهایی که با مهندس موسوی در اداره‌ کشور داشته و اعتراض‌هایی که به روش‌های او به‌ویژه در حوزه‌ اقتصادی دارند، استعفای ایشان را به مصلحت نمی‌دانند: «همان‌طور که می‌دانید همواره در همه‌ مراحل به شما کمک کرده‌ام و اکنون هم استعفای شما را به مصلحت ندانسته و اصرار بر آن را ضربه به نظام و حتّی با کمال معذرت خیانت - البتّه خیانت غیر عمدی - می‌دانم و معتقدم خوب است جنابعالی امروز نظرات حضرت امام در امور اقتصادی را به‌طور دربست بپذیرید. استعفا را نمی‌پذیرم و خواهش می‌کنم اصرار نکنید.»2 

با این‌وجود، صبح روز بعد، روزنامه‌ جمهوری اسلامی خبر استعفای مهندس موسوی را منتشر کرد. با اینکه حضرت امام در ابتدا به این استعفا رضایت داده بودند، امّا حضرت آیت‌الله خامنه‌ای محضر ایشان رفته و با ارائه‌ استدلال‌هایی، نظر امام(قدّس‌سرّه) را برای ادامه‌ کار مهندس موسوی به‌عنوان نخست‌وزیر جلب کردند. حضرت امام(قدّس‌سرّه) در نامه‌ای خطاب به مهندس موسوی، این اقدام وی را تقبیح کرده و گفتند حقّ قانونی مجلس است که به هر وزیری مایل بود، رأی دهد: «نامه‌استعفای شما باعث تعجّب شد. حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده‌بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید. در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند چه وقت گله و استعفا است. شما در سنگر نخست‌وزیری در چهارچوب اسلام و قانون اساسی به خدمت خود ادامه دهید؛ در صورتی که نسبت به بعضی از وزرا به توافق نمی‌رسید چون گذشته عمل شود. این حقّ قانونی مجلس است که به هر وزیری که مایل بود، رأی دهد. تعزیرات از این ‌پس در اختیار مجمع تشخیص مصلحت است که اگر صلاح بداند به هر میزان که مایل باشد، در اختیار دولت قرار خواهد داد. همه باید به خدا پناه ببریم و در مواقع عصبانیّت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام از آن سوءاستفاده کنند.»3 

آقای‌ هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود می‌نویسد: «ساعت هشت شب نامه‌ امام پخش شد؛ خیلی تند است و بعید است که آقای موسوی با این نامه بتواند نخست‌وزیر نیرومندی بماند. اجازه‌ تعزیرات حکومتی را هم از نخست‌وزیر گرفته‌اند. به جلسه‌ی مجمع تشخیص مصلحت رفتم. احمد آقا نامه‌ امام به مجمع را آورده بود که اجازه‌ تعزیرات حکومتی را از دولت گرفته و به مجمع داده‌اند و آقای موسوی که برای گرفتن اختیارات بیشتر اقدام به استعفا کرده بود، با گرفته شدن اختیارات مواجه شده است.»4

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای پس از انتخاب شدن به‌عنوان رئیس‌جمهور، ریاست شورای‌عالی دفاع را نیز برعهده داشتند و در دو دوره‌ ریاست‌جمهوری ایشان، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحوّلاتی در صحنه‌ جنگ پیش‌ آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای بعثی از بیشتر سرزمین‌های اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت نظر مسئولان ارشد کشور از جمله آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان رئیس شورای ‌عالی دفاع سلسله عملیّات‌های نظامی، طرّاحی و اجرا شد. ایشان در دوّمین سالگرد انتخاب خود به‌عنوان رئیس‌جمهور، در گزارشی از فعّالیّت‌های شورای‌عالی دفاع گفتند: «خوشبختانه ما در شورای دفاع مشکلی را که در دوران بنی‌صدر داشتیم هیچ نداشتیم؛ یک هماهنگی و الفت و همفکری بسیار ارزنده‌ای بر شورای‌عالی دفاع حاکم بوده، و برادران ما - چه نظامی و چه غیر نظامی - با یک صمیمیّت همکاری کاملی را داشته‌اند... ما علاوه‌ بر اینکه در شورای دفاع به این مسائل پرداختیم در خارج از شورای دفاع هم به مسائل جنگ پرداختیم؛ جلسات زیادی که بعضی از آنها ساعات متمادی طول می‌کشیده با شرکت خود بنده و مسئولین سپاه و ارتش و بعضی از برادران دیگر درباره‌ مسائل مربوط به جنگ، حتّی طرح‌های مانور نشستیم بحث کردیم و یک طرح مانور را انتخاب کردیم، یکی را رد کردیم، یکی را تعدیل کردیم، برنامه‌ زمان‌بندی‌شده دادیم... الان هم همین‌‎جور است؛ الان در طرح‌های نظامی خود ما دخالت مستقیم داریم، از اوضاع میدان جنگ مطّلع هستیم؛ علاوه ‌بر این به امور سپاه و ارتش هم، اموری که برحسب مأموریّتی که از طرف امام به بنده واگذار شده [و] به ما مربوط می‌شود دخالت‌های مستمر و مستقیمی را داشتیم. خوشبختانه احساس می‌شود که ما درباره‌ مسائل نظامی هیچ مشکلی نداشتیم... ما در مسائل جنگ با دولت صددرصد هماهنگ بودیم؛ یعنی هیچ موردی اتّفاق نیفتاده که کار جنگ به یک کمکی یا حمایتی از سوی یک بخشی از دولت اعمّ از وزارت راه یا مثلاً سازمان برنامه و بودجه یا بخش‌های دیگر که احتیاج داشته باشد و آن بخش کمکی را که بر خودش میسور هست نسبت به کار جنگ نکند.»5 تصمیم‌گیری درباره‌ خریدهای جنگ، سیاست خارجی مرتبط با جنگ و نیز پیشنهاد انتصاب فرماندهان نظامی به حضرت امام(قدّس‌سرّه)، از وظایف شورای‌عالی دفاع بود.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای طیّ هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست‌جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های حسن نیّت صلح که از سوی سازمان‌های بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیّت‌های مهمّ بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریّت میانجیگری داشتند، اختصاص دادند. اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیّت‌ها و سازمان‌های بین‌المللی و نیز برخی از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعّالیّت‌هایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشتند تا زمانی که شروط اصلی ایران یعنی عقب‌نشینی عراق به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز محقّق نشود، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر این شروط پذیرفته نشود، رژیم بعث عراق را به‌زور از سرزمین‌های خود بیرون می‌کنیم. ایشان همچنین معتقد بودند که صلح تحمیلی بدتر از جنگ است. با وجود این، تردّد هیئت‌های صلح خارجی را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدّام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شده و به اثبات مظلومیّت ایران و تجاوزگری صدّام کمک می‌کرد، مفید می‌دانستند. 

آیت‌الله خامنه‌ای در دوره‌ ریاست‌جمهوری، رئیس شورای‌عالی پشتیبانی جنگ نیز بودند. این شورا به دلیل شرایط خاصّ جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثّر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد. امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در نوزده بهمن ۱۳۶۶ مصوّبات این شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کردند.6 

این شورا وظایف ستادهای پشتیبانی جنگ در سراسر کشور را تصویب و مشکلاتى را که ازلحاظ قانونى یا برخى از مقرّرات دست‏وپاگیر بر سر راه این ستادها بود، برطرف می‌کرد.

 پانوشت‌ها:

1- همان

2- همان

3- صحیفه‌ امام خمینی، ج 21، صص 124-123، 15/6/1367

4- اکبر‌ هاشمی رفسنجانی، پایان دفاع، آغاز بازسازی: کارنامه و خاطرات 1367، ص 299

5- آیت‌الله خامنه‌ای، ‌بیانات در گفت‌وگو با روزنامه‌ جمهوری اسلامی، 11/7/1362

6- صحیفه‌ امام خمینی، ج 20، ص 467، 19/11/1366