روزنامه آرمان نوشت: «اگرچه پس از توافق ایران و عربستان در پکن واکنش‌ها نسبت به این اتفاق مثبت بود، اما یک سوال مهم مطرح شد که چرا چنین توافق مهمی توسط وزارت امور خارجه انجام نشده و علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی این توافق را امضا کرده است. این در حالی است که در ماه‌های اخیر خبرهای ضدونقیضی درباره احتمال تغییر شمخانی از دبیری شورای ‌عالی امنیت ملی به‌گوش می‌رسید؛ اتفاقی که رخ نداد و در نهایت یکی از گره‌های مهم سیاست خارجی ایران در منطقه توسط وی باز شد.

حضور شمخانی در گره‌گشایی از معادلات پیچیده منطقه‌ای این شائبه را ایجاد کرده که عملکرد وزارت امور خارجه احتمالا قابل قبول نبوده که تصمیم گرفته‌اند مذاکرات با کشورهای منطقه را با شمخانی به‌عنوان یک سیاستمدار کهنه‌کار پیش ببرند. حتی اگر به گفته امیرعبداللهیان اختلافی نیز بین شورای ‌عالی امنیت ملی و وزارت امورخارجه وجود ندارد و همه‌چیز با مدیریت رئیس‌جمهور و هماهنگی وزارت امور خارجه صورت می‌گیرد، اما در عمل جایگاه وزارت امور خارجه با این اتفاقات تحت‌تأثیر قرار گرفته است. اگر شرایط کنونی را با دوران وزارت محمدجواد ظریف در وزارت خارجه مقایسه کنیم قطعا ظریف نماینده ایران در این مذاکرات بود و ویژگی‌های شخصیتی وی اجازه نمی‌داد شخص یا نهاد دیگری با موازی‌کاری وظایف وزارت امور خارجه را انجام بدهد. در نتیجه به‌نظر می‌رسد تیم وزارت خارجه نتوانسته عملکردی از خود نشان بدهد که چنین مأموریت‌های مهمی را به آنها واگذار کنند.».

انتشار این تحلیل مغلوط در حالی است که اولاً ارتقای سطح مذاکرات به سطح دبیری شورای عالی امنیت ملی، به درخواست طرف سعودی بود ثانیاً مذاکرات در این سطح در دولت‌های مختلف چیز عجیبی نیست. چنان که به عنوان مثال در دولت خاتمی نیز با وجود فعالیت وزیر خارجه با سابقه‌ای مثل کمال خرازی، پرونده هسته‌ای توسط دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی (حسن روحانی) اداره می‌شد و پس از آن نیز توسط آقایان لاریجانی و جلیلی (دبیران بعدی شورا) ادامه داشت.

ثالثاً تصمیماتی مانند تصمیم اخیر در یک دستگاه خاص تصمیم‌گیری نمی‌شود بلکه با هماهنگی دستگاه‌های مختلف صورت می‌پذیرد.

رابعاً به ماجرا از زاویه واقعی‌تری هم می‌توان نگریست و آن اینکه آقای شمخانی در دولت قبل نیز در سمت فعلی فعالیت داشت، اما این هنر دولت فعلی بود که توانست از ظرفیت آقای شمخانی نیز در پیشبرد سیاست خارجه استفاده مطلوب بکند.

خامساً شمخانی در جایگاه دبیری شورا نقش مهمی در هماهنگی شورا با مجلس شورای اسلامی و تدوین و تصویب قانون اقدام متقابل (در ماجرای بدعهدی برجامی غرب) داشت و مورد اعتراض غربگرایان قرار گرفت. 

سادساً موضوع بستن برخی پرونده‌های فرعی در منطقه و تمرکز روی دشمنان اصلی، محور اصلی فعالیت دولت جدید در کنار گسترش شرکای سیاسی و اقتصادی امنیتی در منطقه و جهان بوده است.

بدین‌ترتیب جای تعجب ندارد که روزنامه زنجیره‌ای، این موفقیت دیپلماتیک را که در دنیا به عنوان شکستی بزرگ برای آمریکا قلمداد شده، به سوژه‌ای به اختلاف‌افکنی در داخل تبدیل می‌کند.

نکته جالب توجه اینکه روزنامه شرق در همین زمینه برخلاف روزنامه آرمان نوشت: هیچ کدام از این اقدامات و تحرکات، چه توافق سه جانبه با چین، چه سفر به امارات، عراق یا تحرکات احتمالی پیش روی شورای عالی امنیت ملی، به هیچ وجه نه ارتباطی به این شورا دارد و نه ابتکارات شخصی دبیر آن است بلکه خروجی یک پوست اندازی فراقوه‌ای است که سبب شده است تا دستور کارهای مشخصی را برای همه از دولت و شورای عالی امنیت ملی گرفته تا سازمان انرژی اتمی، مجلس و دیگر نهادها و ارگان های دفاعی، نظامی و امنیتی تعریف کند. 

«شرق» پیش‌تر در گزارشی از «فراقوه‌‌ای» بودن تحرکات اخیر در سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران گفت و در این راستا تأکید داشت که موضوع وجود «اختلاف» نیست بلکه مسئله کانونی به «تقسیم وظایف» بازمی‌گردد؛ چنانی که دولت و وزارت امور خارجه، شورای عالی امنیت ملی، سازمان انرژی اتمی، مجلس شورای اسلامی و... به سهم و اندازه خود برای اجرای این «دیپلماسی و سیاست خارجی فرادولتی»، وظایفی را بر عهده دارند.»