وی در برنامه «حضور» گفته بود: ما تا میانه سال ۸۵ مواظب ایران هراسی دنیا بودیم. متأسفانه از سال ۸۵ به بعد آن آقای رئیس‌جمهور آمد هولوکاست و این مسائل را مطرح کرد که بعد هم گفتند قطعنامه‌ها ورق پاره است و این حرف‌ها... من می‌خواهم بگویم ما یک مقداری در این ۲۰ سال اخیر از مسئله خنثی کردن ایران‌هراسی غفلت کردیم و شاید بعضی جاها برخی مقامات ما بنزین ریختند روی آتش ایران‌هراسی. عوض اینکه آب بریزند و توضیح بدهند در دنیا که ما اهل جنگ و خصومت و اهل لشکرکشی نیستیم و اهل دفاع از مظلوم هستیم.

وی افزوده بود: حتی من قدری تردید دارم که امام گفته باشند اسرائیل باید از بین برود. یک زمانی هم در شورای دفاع بحث شد که این، موضع نظام جمهوری اسلامی باشد یا نه؟ که حضرت امام(ره) فرمودند بگویید نه، آن طلبه گفته است. چون آن موقع می‌گفتند امام فرموده است صدور انقلاب و در بیرون از کشور، ایران‌هراسی راه انداخته‌ بودند که ایران با توپ و تانک و لشکرکشی می‌خواهد انقلابش را صادر کند. امام توضیح دادند که ما اگر می‌گوییم صدور انقلاب، منظور صدور فرهنگی، اعتقادی، صدور فکری است، نه صدور نظامی».

این اظهارات در حالی بود که حضرت امام بارها درباره ضرورت نابودی رژیم صهیونیستی موضع گرفته و از جمله به صراحت فرموده بودند «اسرائیل باید از صفحه روزگار محو شود».

محمدرضا باهنر در پی انتقاد‌های انجام شده، اظهارات خود را اصلاح کرده و گفت: جمهوری اسلامی ایران هیچ‌گاه رژیم صهیونیستی را به رسمیت نشناخته؛ نمی‌شناسد و نخواهد شناخت. اینکه ما رژیم صهیونیستی را به رسمیت نمی‌شناسیم و دشمن خود می‌دانیم کاملا طبیعی است، چون این رژیم اولا؛ یک رژیم جعلی و غاصب است و ثانیا؛ از ابتدای انقلاب تاکنون دشمنی‌های فراوانی علیه ملت ایران داشته و شهدای زیادی از ما گرفته است. حتی قبل از انقلاب هم در کنار رژیم شاه هر آنچه توانست علیه انقلابیون ایران انجام داد.

وی تصریح کرد: تردیدی نیست که امام خمینی(ره) در شهریور ۶۱ در حسینیه جماران بر محو رژیم صهیونیستی تاکید ورزیدند؛ تردید من از این منظر بود که ایشان آیا این جمله را سیاست اعلامی جمهوری اسلامی دانسته‌اند یا خیر.

محمدرضا باهنر رژیم منحوس و جعلی صهیونیستی را منشأ همه مفاسد و دشمنی‌ها در منطقه و جهان دانست و گفت: بنیانگذار جمهوری اسلامی به‌عنوان مرجعیت شیعه تاکید می‌کنند این رژیم منحوس باید از صفحه روزگار محو شود و همان‌گونه خلف صالح ایشان حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای نیز همین بینش را درخصوص رژیم جعلی صهیونیستی دارند.

ابراز تردید آقای باهنر درباره موضع حضرت امام در حالی بوده امام خمینی تاکید بر ضرورت نابودی اسرائیل را در جلسات علنی و عمومی عنوان کرده و پیگیر آن هم بوده‌اند.

به نظر می‌رسد سیاسیونی مانند آقای باهنر در چنین مواردی باید به‌جای تکیه بر تردید و فراموشی خود، به متن صحیفه امام و متن بیانات امام خمینی مراجعه کنند و موجب سوء تعبیر و تشکیک و سوءاستفاده بدخواهان نشوند.