آیت‌الله صافی گلپایگانی از استوانه‌های حوزه علمیه قم و امین امام خمینی(ره) بود
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تاسف خبر درگذشت فقیه عالی‌مقام و مرجع بصیر، حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی رضوان‌الله علیه را دریافت کردم. ایشان از استوانه‌های حوزه علمیه قم و از برجستگان علمی و عملی و پرسابقه‌ترین عالم دینی در آن حوزه مبارک بودند. در دوران مرحوم آیت‌الله بروجردی در شمار برترین تلامذه آن استاد بزرگ، در زمان مرحوم آیت‌الله سید محمدرضا گلپایگانی همراه و مشاور علمی و عملی ایشان، و در دوران انقلاب، امین و مورد اعتماد حضرت امام خمینی رحمت‌الله علیهم به شمار می‌رفتند. سال‌ها در شورای نگهبان رکن اصلی آن شورا محسوب می‌شدند و پس از آن هم همواره درباره مسائل انقلاب و کشور، دلسوزانه و مسئولانه ورود می‌کردند و بارها اینجانب را از نظرات و مشورت‌های خود مطلع و بهره‌مند میساختند. قریحه شعری، حافظه تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمیِ دینیِ کشور مایه تأسف است. اینجانب به خاندان مکرّم و فرزندان گرامی ایشان و نیز به مراجع معظم و علمای اعلام حوزه علمیه و مقلدان و ارادتمندان ایشان بویژه در قم و گلپایگان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسئلت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۲ بهمن ۱۴۰۰