رهبر انقلاب:
مرحوم مجتهد شبستری از موفق‌ترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی بود
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیامی درگذشت عالم مجاهد حجتالاسلام والمسلمین حاج شیخ محسن مجتهد شبستری را تسلیت گفتند.
متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم مجاهد جناب حجتالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری رحمهًْ‌الله علیه را به خاندان گرامی و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان در تهران و آذربایجان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم بزرگوار از جمله موفق‌ترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاش‌ها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه تبریز فراموش‌نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه علمیه تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای - ۲۷ آبان ۱۴۰۰