امام خمینی(رحمهًْ‌الله علیه)، بنیان‌گذار نظام جمهوری اسلامی، خود از پیشگامان ارائه طرح‌های ابتكاری سیاسی و اجتماعی، برای هدایت و ادارة صحیح جامعة دینی به شمار می‌رود. یك نمونه از این طرح‌ها، همان راهكار ایشان در زمینه وحدت‌بخشی میان گروه‌های مذهبی و انقلابی و سازماندهیِ كلانِ نیروهایی است كه در زمینه‌های مختلفی با یكدیگر اختلاف عقیده و اختلاف سلیقه دارند.
در همان روزهای آغازین نهضت، گروهی از سران هیئت‌های مذهبیِ فعال و پرجمعیت تهران، كه همگی پشتیبان مبارزات امام بر ضد رژیم بودند و نقش انكارناپذیری در تشكیل و تداوم و پیروزی نهضت داشتند نزد امام خمینی آمدند تا از ایشان دربارة نحوة ادامه مبارزات و همكاری با یكدیگر راهنمایی بخواهند.
فعالیت‌های این هیئت‌ها در پاره‌ای اصول با یكدیگر همسو بود و همگی آنان در اصل مبارزات و رهبری امام و برخی مبانی كلّی با هم اتحاد نظر داشتند؛ اما همان طور كه انتظار می‌رفت این گروه‌ها در بسیاری نظرها و عملكردها نیز با هم تفاوت سلیقه داشتند.
سران این هیئت‌ها كه اهمیت انسجام و سازماندهیِ نیروها در كارهای مبارزاتی و فعالیت‌های اجتماعی را به خوبی در می‌یافتند، از امام خمینی در این زمینه راهنمایی خواستند. سؤال آنان این بود كه آیا باید تمام این گروه‌ها و هیئت‌های مذهبی در هم ادغام شوند و تحت مدیریت یك نفر و با برنامه‌ریزی واحد فعالیت كنند؟ در غیر این صورت - یعنی با حفظ هویّت تك‌تك گروه‌ها - چگونه میان آنها وحدت و سازماندهی ایجاد می‌‎شود؟
امام (رحمهًْ‌الله علیه) در این زمینه راه‌حلی ابتكاری پیشنهاد كردند. به این ترتیب كه هیئت‌های مذهبی می‌باید تشكّل‌های پیشین خود را حفظ كنند و به فعالیت‌ها و برنامه‌های گذشته‌‎شان ادامه دهند؛ چراكه در غیر این صورت دو مشكل بزرگ بر سر راه نهضت پدید می‌آمد: نخست آنكه ادغام گروه‌ها عملاً ناممكن بود؛ زیرا این گروه‌ها منش‌هایی متفاوت و فعالیت‌هایی گوناگون داشتند و به این ترتیب تمام آنها نمی‌توانستند زیر یك خیمه گِردِ هم آیند.
دوم آنكه چنین راهكاری اساساً با روح تربیت اسلامی سازگاری نداشت؛ چراكه تفاوت‌ها و اختلاف سلیقه‌های میان افراد وگروه‌ها، خود، می‌توانست موجب خلاّقیت و شكوفایی و پیشرفت گردد، و از سویی هر گروهی در كنار نقاط قوت خویش، اشتباهات و نقاط ضعفی داشت و نمی‌شد گروهی را یافت كه از هر جهت بی‌عیب و نقص باشد و تمام گروه‌های دیگر زیر سایة آن جمع شوند.
بنابراین، گروه‌های مزبور می‌باید تشكّل‌های سابق خویش را حفظ كنند. اما در عین حال كه هر یك از آنها برنامه‌های مخصوص خود را ادامه می‌دهند، لازم است با یكدیگر ارتباط برقرار سازند. یعنی هر هیئتی، یكی دو نماینده تعیین كند و از طریق این نماینده‌ها شورای مركزی هیئت‌ها تشكیل گردد.
بدین ترتیب این افراد می‌باید به منزله نمایندة هیئت‌هایشان در شورای مركزی با یكدیگر به شور و مشورت و همفكری بپردازند و برای نزدیكی افكار و سازماندهی منسجم و هدفمند نیروها و امكانات و... تلاش كنند. بر این اساس بود كه رفته‌رفته اختلافات كم می‌شد و افكار و سلیقه‌های گروه‌ها نیز به هم نزدیك می‎گشت و سازماندهی نیروها نظم و نسق بیشتری می‎گرفت.
همچنین امام نیز نمایندگانِ ‌خود، مرحوم مطهری و مرحوم دكتر بهشتی را برای شركت در جلسات شورای مركزی مأمور كردند تا به این ترتیب ارتباط هیئت‌ها با رهبری نیز برقرار باشد.
بر این اساس، در عین آنكه استقلال فكر، استقلال سلیقه، تضارب آرا و نوعی رقابت سالم میان گروه‌ها برقرار می‌شد، وحدت نسبی و برنامه‌ریزی و سازماندهی مناسبی نیز در فعالیت‌های اجتماعی و سیاسی، در سطح كلان بین آنها ایجاد می‌گشت.
این رهنمود امام خمینی(رحمهًْ‌الله علیه) در آن دوران تا حدی به اجرا در آمد و موفقیت‌های چشمگیری نیز در پی داشت. بی‌تردید اگر پس از پیروزی نهضت و تأسیس نظام جمهوری اسلامی همة نیروهای متعهد انقلاب در تمام زمینه‌های سیاسی و اجتماعی به این رهنمود - و راهكارهای دیگر امام - توجه می‌كردند و درمقام عمل نیز به آنها پایبند می‌بودند، بسیاری از آفت‌ها و آسیب‌ها مانع پیشرفت و تكامل نهضت و نظام نمی‌شد. امروزه نیز كه از بسیاری جهات، اوضاع سیاسی و اجتماعی كشور شبیه روزهای نخستین نهضت است، بهترین راه برای رفع پراكندگی‌ها و اختلافات میان احزاب و سازمان‌ها و گروه‌ها روی آوردن به رهنمودهای حكیمانة امام خمینی(رحمهًْ‌الله علیه) است.