یکی از ابعاد مهمّ فتنه 88 ایجاد شبهه و مسئله‌‌سازی برای علما و بزرگان حوزه و مراجع معظّم تقلید بود که از دو سوی متفاوت شاهد آن بودیم. از یک طرف انجام برخی تحرّکات ضدّ اخلاقی و غیر شرعی و مغایر موازین رهبری انقلاب بود که در بخش‌های پیشین به آن اشاره شد و از طرف دیگر تلاش گسترده‌ای بود که برای ایجاد شبهه نسبت به انتخابات و برخی حوادث تأسّف‌بار پس ‌از آن به عمل می‌آمد.
دبیر وقتِ شورای‌عالی امنیّت ملّی تعریف می‌کند که در همان شرایط، سفری به قم کردم و خدمت برخی مراجع و علما رسیدم و گزارشی از مسائل پیش‌آمده را عرضه کردم؛ ازجمله با حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی دیدار کردم. در بخشی از این دیدار، حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی خطاب به من تأکید کردند: اگر من به شما بگویم که روزی 70 نامه علیه انتخابات و حوادث پس از انتخابات برایمان می‌آید، باور می‌کنید؟!
معلوم می‌شود ستاد و جریانی سازمان‌یافته وجود داشت که می‌خواست علما و بزرگان حوزه را در برابر نظام اسلامی قرار دهد؛ درحالی‌که هوشیاری مراجع معظّم تقلید مانع از دستیابی به چنین اهداف سوئی بوده و این مهم تنها متوجّه مراجع بزرگوار کنونی نبوده است. در زمان حضرت امام و حتّی از ماه‌های نخستین پیروزی انقلاب اسلامی نیز شاهد دقّت‌نظرهای لازم در این خصوص بوده‌ایم. دکتر احمد توکّلی نقل می‌کند که هنگام انتخاب امام جمعه گلپایگان، حضرت امام فرموده بودند به آقای گلپایگانی مراجعه کنید. وقتی به ایشان مراجعه کردند ایشان تصریح کرده بودند که این امور از شئون آقای خمینی به‌عنوان رهبر است نه از شئون مرجعیّت و من دخالتی در آن نمی‌کنم. از امام اصرار و از حضرت آیت‌الله گلپایگانی انکار که دخالت نمی‌کنم. نهایتاً امام از حضرت آیت‌الله گلپایگانی خواسته بودند شما از طرف من، فردی را انتخاب کنید و ایشان هم پذیرفته بودند. به‌هرحال، در دوران رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای نیز رابطه‌ای سازنده و توأم با حسن ظنّ متقابل برقرار بوده است. در شرایط پس از انتخابات نیز همواره مراجع و بزرگواران حوزه و روحانیّت با نظام اسلامی و رهبری معظّم در ارتباط صمیمانه و تعامل تقویت‌کننده بوده‌اند. در اینجا ضرورتی احساس نمی‌شود تا گفته شود چه تلاش‌هایی در جهت ایجاد دوگانگی بین مراجع و نظام به عمل آمد، لیکن باید اذعان کرد به دلایل متعدّد هیچ‌کدام با موفّقیّت همراه نبود. برای مثال از روابط گرم و مبتنی بر اعتماد حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی تا سال‌ها تجربه‌ گران‌قدر حضرت آیت‌الله صافی گلپایگانی در دوران عضویّت در شورای نگهبان و به ویژه انتخابات مجلس سوّم، همگی مانع از آن بود که عدّه‌ای بتوانند بر این بزرگواران تأثیر سوء بگذارند و آنها را به رودررویی با نظام و مردم بکشانند. خوشبختانه اقدامات سلبی درباره‌ دیگر مراجع و علمای بلاد نیز هرکدام به عللی به شکست انجامید.
از سوی دیگر برای نمونه خوب است بدانیم که پس از اعلام اقامه‌ نماز جمعه 29 خرداد توسّط رهبر انقلاب، حضرت آیت‌الله نوری همدانی بنا داشتند برای تقویت جمهوری اسلامی و رهبری انقلاب، در نماز جمعه شرکت کنند که از طریق دبیر وقتِ شورای‌عالی امنیّت ملّی از ایشان خواسته می‌شود از آمدن به تهران خودداری کنند و یا حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی برای کاهش تنش‌های پیش‌آمده‌ پس از انتخابات، پیام‌هایی را با لحاظ این مسئله که این تلاش‌ها هم‌راستا با نقطه‌نظرات رهبر انقلاب است، با واسطه‌های مختلف برای همه نامزدها ارسال می‌کردند. از این نمونه‌ها، بسیار است و اختصاص به روحانیّت و حوزه‌ علمیّه‌ی قم ندارد. علمای شناخته‌شده و بزرگی که هرکدام ستون‌های استوار در سراسر کشور بوده‌اند، در آن فرازوفرودها بر همان مسیرِ حمایت از جمهوری اسلامی باقی ماندند. آیت‌الله مهدوی کنی از آن جمله بودند و یا آیت‌الله حاج‌آقا مجتبی تهرانی که به گفته‌ یکی از نزدیکان رهبر انقلاب به‌رغم اعتراض شدیدشان به برخی مواضع و رفتارهای آقای احمدی‌نژاد در طول دوران ریاست‌جمهوری او، علاوه‌بر مواضع سازنده‌شان درباره‌ نظام، ارتباط و تعامل مستحکمی با رهبر انقلاب داشتند و این رویّه پس از سال 88 نیز ادامه یافت و اطّلاع از ملاقات‌های امثال این بزرگواران و رهبر انقلاب، استواری روابط رهبری و علما را بیش‌ازپیش آشکار می‌کند.
آیا اگر عدّه‌ای موفّق شده بودند مراجع معظّم و بزرگان روحانیّت و نظام اسلامی را در برابر هم قرار دهند، بر سر شاخ نشستن و بن بریدن نبود؟ امّا همواره توجّه به این مطلب، عبرت‌آموز است که چه افراد و گروه‌ها و مراکزی با چه انگیزه و هدفی به دنبال ایجاد اختلال در روابط بین مراجع معظّم و بزرگان روحانیّت با نظام اسلامی هستند؟
اکنون به‌رغم اینکه سال‌ها از آن حوادث غیر قابل باور و استثنائی می‌گذرد، جای پاسخ به این پرسش باقی مانده است که اگر به درستی، رفتارها تدبیر نمی‌شد آیا جمهوری اسلامی ممکن بود به پایان خط برسد؟
سؤالی که همه‌ ما باید مدام خود را در معرض آن قرار دهیم و در جست‌وجوی پاسخ باشیم؛ زیرا یافتن پاسخ صحیح آن، بسیار فرصت‌زا و تهدیدزدا است. علاوه‌برآن خوب است تحقیق و مقایسه‌ای شود بین نحوه‌ مواجهه‌ی نظام اسلامی با فتنه‌ 88 و آنچه در سال‌های پس از آن در برخی از کشورها رخ داد. مثلاً بررسی شود پیروزی چشمگیر مردم علیه دیکتاتوریِ وابسته در مصر در سال 89 چرا و چگونه شکست خورد و راه را بر حکومت نظامیان هموار کرد و خنجری زهرآلود بر پیکر در حال رشد و نموّ بیداری اسلامی وارد کرد؟ و یا بررسی شود سال 95 در ترکیه، چگونه نظام سیاسی در برابر کودتا ایستاد؟ و با معترضان و مخالفان سیاسی علاوه‌بر سران کودتا، چه کرد؟ و مقایسه شود با مسبّبان حوادث پس از انتخابات ازجمله آقای موسوی که در بیانیّه‌ها و مواضع مکرّر خود، نظام اسلامی را متّهم به شعبده‌بازی و تقلّب و انواع ظلم‌ها می‌کند و همزمان (بدون آنکه به طرف‌دارانش و مردم بگوید) از منافع و امکانات همین نظام استفاده می‌کند؛ مانند اینکه از عضویّت در مجمع تشخیص مصلحت نظام به‌عنوان مستشاران عالی رهبر انقلاب و عضویّت در شورای‌عالی انقلاب فرهنگی استعفا نمی‌دهد؛ در دوران فتنه همچنان بر صندلی ریاست فرهنگستان هنر (که با حکم آقای احمدی‌نژاد _ آخرین‌بار در 5 اردیبهشت 1386 _ منصوب شده بود) تکیه می‌زند و با بهره‌مندی از امکاناتی که نظام در اختیارش گذارده بود، در همان جایگاه درباره‌ انتخابات با افراد مختلف جلسه می‌گذارد و به نظام حمله می‌کند و حتّی تا پاییز سال 89 یعنی یک سال و نیم پس از انتخابات نیز به جلسات هیئت مؤسّس دانشگاه آزاد دعوت و از موقعیّت آن استفاده می‌کند!
روشن است که این نوشتار در مقام پاسخ به سؤال فوق نیست و فقط به یادآوری چند خاطره بسنده می‌کند تا هم موجب آشنایی بیشتر با نگاه رهبر انقلاب و تدابیر منتج از آن شود و هم نشان‌دهنده‌ برخی از خصوصیّات رهبری ایشان باشد.