یکی از مسائلی که حوادث پس از انتخابات را به فتنه تبدیل کرد و جمعی را به گمراهی کشاند، اقدامات مخرّبی مانند حمله به کوی سبحان و مسئله‌ کهریزک و یا اهانت‌هایی بود که به برخی از علمای وارسته و انقلابی در قم شد؛ و همین عامل اشتباه در تحلیل و انحراف در موضع و عمل بخشی از مسئولین و نخبگان دانشگاهی و حوزوی شد. این اقدامات خلاف شرع و خلاف قانون و بنابراین خلاف بیّن نظرات و خواست رهبری بود و به گفته‌ نزدیکان رهبر انقلاب مسبّبان این فجایع دانسته یا نادانسته قلب آقا را شکستند و خون به دل ایشان کردند و خدا می‌داند که ایشان چقدر از شنیدن هریک از این اخبار تلخ متألّم و متأثّر می‌شدند و علاوه‌بر پیگیری و رسیدگی قاطع، چگونه به درگاه الهی التجاء می‌کردند. مرور برخی واکنش‌هایی که رهبر انقلاب در این خصوص داشته‌اند گویای حقایق مفیدی است.
به گفته‌ یکی از معاونین دبیر وقت شورای‌عالی امنیّت ملّی، قبل از حادثه‌ کهریزک گزارشی به آقا می‌دهند که وضع آنجا نامناسب است؛ ایشان دستور بررسی می‌دهند. این دستور، به دبیرخانه شورای‌عالی امنیّت ملّی و قوّه‌ قضائیّه برای پیگیری ارجاع می‌شود. آقای مرتضوی دادستان وقت تهران مدّعی می‌شود که ما بررسی کردیم، این‌طوری نبوده است؛ ولی بعدها کمیته‌ای که آقای وحیدی وزیر اسبق دفاع هم عضوش بوده، پس از بررسی موضوع اعلام می‌کنند وضعیّت کهریزک نامناسب است. با این سابقه، پس از انتقال برخی از بازداشت‌شدگان تظاهرات 18 تیر 88 به کهریزک، وقتی آقا از موضوع مطّلع می‌شوند، بلافاصله از طریق آقای حجازی به آقای جلیلی دبیر شورای‌عالی امنیّت ملّی پیغام می‌دهند: «شنیدم عدّه‌ای در آنجا هستند، بگویید ولو اینکه جای دیگر هم برای نگهداری ندارند، همه را آزاد کنند.».
دقّت شود که لابد از نظر ضابطین انتظامی و قضایی اتّهامی متوجّه این افراد بوده است که بازداشت شده‌اند؛ بااین‌حال، آقا تأکید دارند اگر جای دیگر ندارید که آنها را منتقل کنید، نباید در کهریزک بمانند و آزادشان کنید. متأسّفانه به دلیل تعلّلی که کردند، آن حادثه‌ ناگوار رخ داد؛ امّا پس ‌از آن، ظرف کمتر از یک ماه یعنی قبل از نیمه مرداد، اقداماتی انجام می‌شود مانند تعطیلی کهریزک و برکناری برخی افراد و تشکیل پرونده‌ قضایی برای آنها و...؛ نهایتاً در اسفندماه 88 نیز عاملان آن محاکمه و محکوم می‌شوند. پس از آن‌هم با شکایت خانواده‌ دو تن از مقتولین، آقای مرتضوی دادستان وقت تهران نیز محاکمه و پس از بررسی در دادگاه بدوی و تجدیدنظر، محکوم و در اردیبهشت سال (1397) روانه‌ زندان می‌شود.
از سوی دیگر یکی از نتایج مهمّ دنبال نکردن اعتراض به انتخابات از مجرای قانونی (صرف‌نظر از استنادات و اتقان ادّعاها)، برهم خوردن نظم عمومی و کشانده شدن پای نیروهای مجری و حافظ نظم و امنیّت در جامعه است. متأسّفانه در سال 88 چنین شد و درنتیجه، بعضاً‌تر و خشک باهم سوختند. در مواردی برخوردهای خشنی با مردم عادی صورت گرفت و حتّی با برخی مسئولین ازجمله فرمانده‌ وقت [سپاه] حفاظت ولیّ‌امر نیز از این برخوردهای نادرست شده بود. در مواردی هم نیروهای برقرارکننده‌ نظم و امنیّت فحش و کتک خوردند تا توانستند آرامش را به صحنه بازگردانند. مسئولین ذی‌ربط اذعان دارند نیروهای عمل‌کننده آمادگی مواجهه با آن حوادث را نداشتند و ناخواسته در وسط معرکه‌ای گرفتار شدند که دودش به چشم همه رفت.
در یکی از دیدارهای فرمانده‌ وقت و جمع محدودی از مسئولین نیروی انتظامی با رهبر انقلاب، ایشان نظرِ راهگشایی را چنین مطرح کردند که ما باید همیشه نیمه‌ خالی لیوان را هم ببینیم وگرنه برنامه‌ریزی برای پر کردن این نیمه نمی‌کنیم. نیروی انتظامی با هیچ‌کس از نیروهای نظامی قابل مقایسه نیست. در مرز، دشمن معلوم است و اطّلاعات می‌تواند وضع آنها را معلوم بکند؛ لکن در تهران معلوم نیست دشمن کجا است، چه می‌کند؛ باید شما مطّلع باشید دشمن کجا است و با آگاهی دنبال او بروید. با دشمن به‌عنوان مخالف مردم مواجه شوید نه دشمن خودتان. اگر این‌طور مواجه شدید، آن موقع مردم را از خود می‌دانید؛ وگرنه ممکن است چاقوی جرّاحی شما به‌جای بیرون کشیدن غدّه‌ سرطانی، بخشی از غدّه را با بخشی از بدن جدا کند. طوری برخورد بکنید که مردم رنجیده نشوند. شناخت دشمن از دوست خیلی مهم است. مراقبت کنید که اتّفاقات تلخ نیفتد. اقتدار نیروی انتظامی یکی از واجبات است و درستی عمل نیروی انتظامی هم یکی از واجبات است.
به گفته‌ مسئولین وقت دبیرخانه‌ شورای‌عالی امنیّت ملّی، رهبر انقلاب در این خصوص دغدغه‌ وافری داشتند و سفارش اکیدشان به نیروهای حافظ امنیّت این بود: «مواظب باشید با مجرم و غیر مجرم یک‌جور برخورد نکنید.»
امّا به‌رغم همه‌ تدابیر و مراقبت‌ها و سفارش‌ها، پیامدهای ناشی از برخورد با برهم‌زنندگان نظم و امنیّت در جامعه موجب شده بود که ذرّه‌ای از دغدغه و نگرانی رهبر انقلاب نسبت به آنچه در صحنه می‌گذرد کاسته نشود؛ تا جایی که ایشان در جمع محدودی نقل می‌کنند:
«بنده همان روزهایی که [حوادث پس از انتخابات] در جریان بوده مکرّر التجاء کردم به پروردگار عالم، پناه بردم. چون بالاخره یک کسی کتک بخورد، یکجایی‌اش زخمی بشود، خونی ریخته بشود، واقعاً برای من طاقت‌فرسا است. نماز حضرت صاحب‌الزّمان خواندم، توسّلات فراوان داشتم برای اینکه این چیزها پیش نیاید.»
از سوی دیگر از ابعاد پنهان فتنه کارهای زشت و وهن‌آلودی بود که در قم علیه برخی علمای برجسته مانند آیت‌الله جوادی آملی یا آیت‌الله استادی انجام شده بود. وقتی خبر این رفتارهای ناروا به آقا می‌رسد، ایشان ضمن ابراز ناراحتی و بیان اینکه این کارهای خیلی بدی است، تذکّر می‌دهند که بررسی شود چرا این کارها انجام شده است؛ این برخوردها باید در همان قم علاج و اصلاح شود. نکته‌ ظریف و امّا مهمّی که در این قضایا قابل‌توجّه است اینکه از برخی از کسانی که در اقدامات اعتراضی علیه این بزرگواران شرکت کرده بودند، شنیده می‌شد که رفتار زننده‌ خود را به‌طورکلّی به آقازاده‌های رهبر انقلاب نسبت می‌دهند. واضح بود که این القائات، دروغی بیش نبود؛ امّا رهبر انقلاب نقل می‌کنند وقتی این مطلب را شنیدم از تک‌تک پسرانم سؤال کردم و آنها نیز همگی این نسبت‌ را تکذیب و نفی کردند.
با این اوصاف بهتر می‌توان یکی از ابعاد فتنه را درک کرد. فتنه به شرایطی می‌گویند که افراد نتوانند حق را از باطل تشخیص بدهند و به اشتباه بیفتند. وقتی اقداماتی تحت پوشش تدیّن و انقلابی‌گری و دیگر عناوین مقدّس صورت می‌گیرد،
منجر به ممزوج شدن حق و باطل می‌شود؛ کارهایی که هم مشکوک بود و هم به شدّت شبهه‌زا و طیف وسیعی از نخبگان و بخشی از مردمی را که از ماجرا مطّلع می‌شدند مسئله‌دار می‌کرد. اضافه بر این خسارت بزرگ، اهمّیّت بیشتر این بخش پنهان فتنه، آن بود که حاشیه را بر متن حاکم می‌کرد؛ مسئله‌ اصلی را تحت تأثیر مسائل فرعی قرار می‌داد.
مسئله‌ اصلی، دروغ‌گویی و کشاندن مردم به خیابان‌ها و مشوّش کردن اذهان بخشی از جامعه و ستیز مستبدّانه در برابر قانون و صاف کردن جادّه برای طمع دشمنان ملّت و فرصت‌‌سازی برای دراز شدن زبان ناپاک خائنین به ملّت و فراهم‌‌سازی فشارهای بیگانگان بر کشور و امثال این جرائم سنگین بود. در چنین شرایطی به‌جای آنکه همه‌ مسئولین و نخبگان، یکپارچه در برابر دیکتاتوری نقاب‌دار که وقیحانه از سوی مقامات دولت آمریکا با اسم‌ورسم حمایت می‌شدند بایستند و همه‌ تلاش‌ها و مواضع دراین‌باره به‌کار گرفته شود، اقدامات مخرّبی در کهریزک و کوی سبحان و... اذهان عمومی خواص و حتّی برخی از مسئولین را منحرف می‌کند و وقت و انرژی زیادی از مجلس و قوّه‌ قضائیّه و دستگاه‌های انتظامی و امنیّتی و دبیرخانه‌ شورای‌عالی امنیّت ملّی و حتّی بخشی از وقت و تدابیر رهبر انقلاب را برای زدودن این‌گونه وصله‌های ناچسب از دامن پاک جمهوری اسلامی، به خود معطوف
می‌کند.
متأسّفانه در آن شرایط، دوستانی از سرِ نادانی یا غفلت و بی‌بصیرتی و عدم تشخیص مسائل اصلی از مسائل فرعی و یا حاکم شدن نفسانیّت و یا به علّت قبیله‌گرایی سیاسی و... در دام دشمنان دانا و وابستگان آنها افتادند.
ناگفته نماند که روشنگری‌های پی‌درپی رهبر انقلاب موجب شد برخی از خواص و مسئولین ولو با تأخیر، به خود آیند و جبران مافات کنند؛ هرچند برخی دیگر، همچنان‌اندر خم یک کوچه مانده‌اند. البتّه از حق نگذریم، در کنار خواص و مسئولینی که در گرداب غبارآلود فتنه راه را حتّی برای مدّتی گم کردند، جمع زیادی از مسئولین و به ویژه خواصّی از دانشگاهیان و حوزویان بودند که مسائل اصلی را از مسائل فرعی تشخیص دادند و بر صراط مستقیمی که بودند استوار ماندند.