آیت‌الله مکارم شیرازی با صدور پیامی خاطرنشان کرد: اینجانب ضمن عرض تسلیت به محضر امام زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) و نیز خانواده‌های داغدیده و ملت شریف افغانستان و آرزوی شفای کامل تمامی مجروحان این حادثه، آن را محکوم نموده و مؤکدا از دولتمردان، مقامات ملی و مذهبی افغانستان و همچنین مجامع بین‌المللی اسلامی می‌خواهم که با عاملان آن که برای ایجاد اختلاف در صفوف مسلمانان و مخدوش کردن چهره رحمانی اسلام انجام می‌شود، با شدت برخورد نمایند. ان‌شاءالله هر چه زودتر غده سرطانی تکفیر و تروریسم از بلاد اسلامی ریشه‌کن گردد.
آیت‌الله صافی گلپایگانی نیز در پیامی ابراز داشت: در ماه مبارک رمضان که ماه رحمت و ضیافت الهی است، گروهی مزدور اجانب و دشمنان بشریت، جمع زیادی از خانواده‌های مسلمان روزه‌دار را عزادار کرده و ضربه‌ای بزرگ بر پیکر عالم اسلام وارد نمودند.
وی خاطرنشان کرد: اینجانب با محکوم‌ نمودن این واقعه دلخراش، ضمن عرض تسلیت و تعزیت به تمام خانواده‌های عزادار و ملت شریف افغانستان، از خداوند متعال مسئلت دارم که ارواح شهدای عزیز این حادثه را با حضرت سیدالشهدا علیه‌السلام محشور نماید و به بیماران و مجروحان، شفای کامل عنایت فرماید.
همچنین، آیت‌الله نوری همدانی با صدور پیامی ضمن محكوم كردن واقعه تروریستی در افغانستان که موجب کشته و زخمی شدن تعداد زیادی از دانش‌آموزان افغان شد، تصریح کرد: لازم است امت اسلامی و هر انسان آزادیخواه در هر كجای از جهان این جنایت را محكوم نموده و عاملان و حامیان این فاجعه اسفناك را به مجازات عمل خویش برسانند.
آیت‌الله علوی گرگانی نیز در پیامی تأکید کرد: قطعاً کشورهای حامی تروریست‌ها کشورهایی که در گذشته موجبات رشد و گسترش این نوع گروهک‌ها را فراهم آورده و اسباب ناامنی را در افغانستان به وجود آورده‌اند، در این جنایت شریک خواهند بود. لازم است جامعه جهانی مخصوصاً کشورهای اسلامی تلاش خود را برای از بین بردن زمینه‌‌های رشد این نوع گروهک‌ها انجام دهند.
همچنین، آیت‌الله سبحانی با صدور پیامی خاطرنشان کرد: هدف قرار دادن کودکان و نوجوانان معصوم در ماه مبارک رمضان به جرم محبّت و ولایت اهل‌بیت (علیهم‌السلام) با هیچ منطق انسانی و اسلامی قابل توجیه نیست. اینجانب این حمله تروریستی تأسف‌بار را به ملت شریف افغانستان و خانواده‌های داغدار و عموم مسلمانان تسلیت عرض نموده و برای مجروحان آرزوی بهبودی‌‌ می‌نمایم و امید است در سایه همبستگی بین همه طوایف شاهد ریشه‌کن شدن تروریسم و برقراری صلح و ثبات در منطقه و جهان باشیم.
آیت‌الله مظاهری نیز در پیامی تصریح کرد: اكنون همۀ مسلمانان و جامعۀ جهانى بايد در قبال اين جنايات بى‌رحمانه و ددمنشانه، ساكت ننشينند، چنانكه حاكمان و رهبران طوايف ملّى و مذهبى افغانستان نيز بايد با تحكيم پايه‌هاى اتّحاد و برادرى، براى پايان يافتن اين مصائب غم‌انگيز و حمايت از مردم بى‌پناه و مظلوم افغان، چاره انديشى كنند.
همچنین، آیت‌الله سیستانی با صدور پیامی تأکید کرد: اگر چه سال‌ها است که غیرنظامیان بی‌پناه افغانستان هر از گاه یک بار مورد حملات وحشیانه گروه‌های افراطی و سنگدل واقع می‌شوند، ولی این جنایت در نوع خود کم‌نظیر و از جهاتی دردآورتر است. این فاجعه جانکاه را به ملت شریف و مظلوم افغانستان به‌ویژه به خانواده‌های داغدار تسلیت عرض می‌نماییم و از خداوند متعال برای آنان صبر و شکیبایی و برای مجروحین و آسیب‌دیدگان شفای عاجل را مسألت داریم.
وی تصریح کرد: در شرایط دشوار کنونی کشور عزیز افغانستان و با توجه به احتمال قدرت گرفتن بیش از پیش گروه‌های تندرو و افراطی، اتحاد و همبستگی ملی میان همه اقوام و ملیت‌های این کشور از هر زمانی دیگر ضروری‌تر است، انتظار می‌رود حکومت و رهبران ملی و دینی و بزرگان جامعه افغانستان جهت حمایت از غیر نظامیان ـ به‌خصوص اقلیت‌های قومی و مذهبی ـ در مقابل ظلم و جنایت گروه‌های تروریستی چاره‌ای بیندیشند و اقدامات مناسبی را در نظر بگیرند. کشورهای مسلمان و جامعه جهانی نیز وظیفه دارند ملت بی‌پناه افغانستان را در این شرایط سخت تنها نگذارند و اجازه ندهند نقشه شومی را که بدخواهان برای آینده این کشور ترسیم نموده‌اند اجرا شود و در نتیجه شمار بیشتری از مردم بی‌گناه هدف حملات جنایتکارانه گروه‌های افراطی قرار گیرند.
آیت‌الله اعرافی، مدیر حوزه‌های علمیه کشور نیز در پیامی تصریح کرد: بار دیگر دست پلید استکبار جهانی و صهیونیسم بین‌الملل از آستین برخی از ‌اشقیای تروریست بیرون آمد و در ماه میهمانی خداوند متعال تعدادی از گل‌های باغ بوستان دانش و معرفت را با زبان روزه به شهادت رساند. این جنایت تروریستی در غرب کابل که به شهادت تعدادی از دانش‌آموزان پاک  و بی‌گناه منجر شد، تلاشی مذبوحانه در آستانه خروج نیروهای ‌اشغالگر و تروریست آمریکایی با هدف نا امن جلوه دادن کشور افغانستان است که البته این توطئه‌ها به برکت خون پاک شهدا و وحدت و هم‌دلی ملت بزرگ و مظلوم کشور دوست و برادر افغانستان راه به‌جایی نخواهد برد و محکوم به شکست است.
مجمع جهانی اهل‌بیت(ع)، مجمع جهانی بیداری اسلامی و شورای سیاست‌گذاری ائمه جمعه کشور نیز با صدور پیام‌های جداگانه، این حادثه جانکاه را تسلیت گفتند.